Molecular dynamics simulations of PAMAM dendrimer-induced pore formation in DPPC bilayers with a coarse-grained model

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 37, 2006, Pages 18204-18211

  Lee, Hwankyu ^a   Larson, Ronald G ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; COMPUTER SIMULATION; ELECTRIC FIELDS; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; NANOSTRUCTURED MATERIALS;

ATOMISTIC SIMULATIONS; DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE (DPPC) BILAYERS; POLYAMIDOAMINE (PAMAM);

DENDRIMERS;

EID: 33749607009     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0630830     Document Type: Article

References (29)

1. Baker, J. R.; Quintana, A.; Piehler, L. T.; Holl, M. M. B.; Tomalia, D. A.; Raczka, E. Biomed. Microdevices 2001, 3, 61-69.
2. Tomalia, D. A.; Naylor, A. M.; Goddard, W. A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1990, 29, 138-175.
3. Malik, N.; Evagorou, E. G.; Duncan, R. Anti-Cancer Drugs 1999, 10, 767-776.
4. Choi, Y.; Thomas, T.; Kotlyar, A.; Islam, M. T.; Baker, J. R. Chem. Biol. 2005, 12, 35-43.
5. Hong, S.; Bielinska, A. U.; Mecke, A.; Keszler, B.; Beals, I. L.; Shi, X.; Balogh, L.; Orr, B. G.; Baker, J. R.; Banaszak Holl, M. M. Bioconj. Chem. 2004, 15, 774-782.
6. Mecke, A.; Lee, D. K.; Ramamoorthy, A.; Orr, B. G.; Banaszak Holl, M. M. Langmuir 2005, 21, 8588-8590.
7. Mecke, A.; Majoros, I. J.; Patri, A. K.; Baker, J. R.; Banaszak Holl, M. M.; Orr, B. G. Langmuir 2005, 21, 10348-10354.
8. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697-2704.
9. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3083-3094.
10. Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Ortiz, V.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3822-3828.
11. Maiti, P. K.; Cagin, T.; Lin, S. T.; Goddard, W. A. Macromolecules 2005, 38, 979-991.
12. Lin, S.; Maiti, P. K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8663-8672.
13. Lee, H.; Baker, J. R.; Larson, R. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 4014-4019.
14. Timoshenko, E. G.; Kuznetsov, Y. A.; Connolly, R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 9050-9062.
15. Gotze, I. O.; Likos, C. N. Macromolecules 2003, 36, 8189-8197.
16. Freire, J. J.; Rodriguez, E.; Rubio, A. M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154901.
17. Gurtovenko, A. A.; Lyulin, S. V.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2006, 124, 094904.
18. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760.
19. Mecke, A.; Lee, I.; Baker, J. R.; Banaszak Holl, M. M.; Orr, B. G. Eur. Phys. J. E. 2004, 14, 7-16.
20. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
21. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
22. Essmann, U. L.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592.
23. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
24. Prosa, T. J.; Bauer, B. J.; Amis, E. J.; Tomalia, D. A.; Scherrenberg, R. J. Polym. Sci. 1997, 35, 2913-2924.
25. Choi, Y.; Mecke, A.; Orr, B. G.; Banaszak Holl, M. M.; Baker, J. R. Nano Lett. 2004, 4, 391-397.
26. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223-244.
27. Koynova, R.; Caffrey, M. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1376, 91-145.
28. Nagle, J. F.; Tristram-Nagel, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159-195.
29. Egberts, E.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3718-3732.