Computer simulation of the distribution of hexane in a lipid bilayer: Spatially resolved free energy, entropy, and enthalpy profiles

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 1, 2006, Pages 125-130

  MacCallum, Justin L ^a   Tieleman, D Peter ^a  

^a UNIVERSITY OF CALGARY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DENSITY CONTROL (SPECIFIC GRAVITY); ENTHALPY; ENTROPY; FREE ENERGY; HYDROPHOBICITY; PHARMACODYNAMICS; PROTEINS;

"BILAYER"; "NONCLASSICAL"; HEXANE; MEMBRANE PARTITIONING;

LIPIDS;

DIOLEOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; HEXANE; LIPID;

ARTICLE; ATOMIC PARTICLE; CALCULATION; COMPUTER SIMULATION; ENERGY; ENTHALPY; ENTROPY; HYDROPHOBICITY; LIPID BILAYER; PARTICLE SIZE; PARTITION CHROMATOGRAPHY; PROTEIN FOLDING; TEMPERATURE DEPENDENCE;

COMPUTER SIMULATION; ENTROPY; HEXANES; HYDROPHOBICITY; LIPID BILAYERS; MODELS, CHEMICAL; PHOSPHATIDYLCHOLINES; THERMODYNAMICS;

EID: 30744448428     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0535099     Document Type: Article

References (58)

1. Bemporad D.; Essex, J. W.; Luttmann, C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4875-4884.
2. Bemporad, D.; Luttmann, C.; Essex, J. W. Biophys. J. 2004, 87, 1-13.
3. Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4155-4168.
4. Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16729-16738.
5. Xiang, T. X.; Anderson, B. D. Biophys. J. 1998, 75, 2658-2671.
6. Eckenhoff, R. G. Mol. Interventions 2001, 1, 258-268.
7. Pohorille, A.; Wilson, M. A.; New, M. H.; Chipot, C. Toxicol. Lett. 1998, 101, 421-430.
8. Hessa, T.; Kim, H.; Bihlmaier, K.; Lundin, C.; Boekel, J.; Andersson, H.; Nilsson, I.; White, S. H.; von Heijne, G. Nature 2005, 433, 377-381.
9. DeVido, D. R.; Dorsey, J. G.; Chan, H. S.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7272-7279.
10. De Young, L. R.; Dill, K. A. Biochemistry 1988, 27, 5281-5289.
11. De Young, L. R.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 801-809.
12. Wimley, W. C.; White, S. H. Biochemistry 1993, 32, 6307-6312.
13. White, S. H.; King, G. I.; Cain, J. E. Nature 1981, 290, 161-163.
14. Baber, J.; Ellena, J. F.; Cafiso, D. S. Biochemistry 1995, 34, 6533-6539.
15. Eckenhoff, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2807-2810.
16. Feller, S. E.; Brown, C. A.; Nizza, D. T.; Gawrisch, K. Biophys. J. 2002, 82, 1396-1404.
17. Shimizu, S.; Chan, H. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 4683-4700.
18. Shimizu, S.; Chan, H. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2083-2084.
19. Rick, S. W.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10488-10493.
20. New, M. H.; Berne, B. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7172-7179.
21. Moghaddam, M. S.; Shimizu, S.; Chan, H. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 303-316.
22. Shimizu, S.; Chan, H. S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1414-1421.
23. Huang, D. M.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8324-8327.
24. Huang, D. M.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2047-2053.
25. Huang, D. M.; Geissler, P. L.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6704-6709.
26. Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11953-11958.
27. Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 11742-11748.
28. Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2885-2892.
29. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1552-1555.
30. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Pratt, L. R. Chem. Phys. 2000, 258, 349-370.
31. Maibaum, L.; Dinner, A. R.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6778-6781.
32. Hummer, G.; Garde, S. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 4193-4196.
33. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10469-10482.
34. Zhou, R. H.; Huang, X. H.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Science 2004, 305, 1605-1609.
35. ten Wolde, P. R.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6539-6543.
36. Koubi, L.; Tarek, M.; Klein, M. L.; Scharf, D. Biophys. J. 2000, 78, 800-811.
37. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5125-5131.
38. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
39. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Modell. 2001, 7, 306-317.
40. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013.
41. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J., SPC. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, 1981; pp 331-342.
42. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 52, 1695-1697.
43. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962.
44. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Frauije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
45. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
46. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592.
47. Torrie, G. M.; Vallenu, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
48. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
49. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; van Schaik R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529-539.
50. MacCallum, J. L.; Tieleman, D. P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1930-1935.
51. Ben-Tal, N.; Honig, B.; Bagdassarian, C. K.; Ben-Shaul, A. Biophys. J. 2000, 79, 1180-1187.
52. Lide, D. R. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 85th ed.; CRC Press: Cleveland, OH, 2004.
53. Venable, R. M.; Zhang, Y. H.; Hardy, B. J.; Pastor, R. W. Science 1993, 262, 223-226.
54. Marqusee, J. A.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 1986, 85, 434-444.
55. Marrink, S. J., Sok, R. M.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9090-9099.
56. Xiang, T. X.; Anderson, B. D. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1807-1818.
57. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. BBA Rev. Biomembr. 2000, 1469, 159-195.
58. Jacobs, R. E.; White, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 6909-6912.