Interactions of a transmembrane helix and a membrane: Comparative simulations of bacteriorhodopsin helix A

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 28, 2004, Pages 10149-10159

  Ulmschneider, Martin B ^a,c   Tieleman, D Peter ^b   Sansom, Mark S P ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF CALGARY   (Canada)

^c SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; AROMATIC COMPOUNDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; COSTS; CRYSTAL STRUCTURE; ELECTRON MICROSCOPY; ELECTROSTATICS; INTERFACES (MATERIALS); INTERPOLATION; IONIZATION; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; ROBUSTNESS (CONTROL SYSTEMS); X RAY SPECTROSCOPY;

BACTERIORHODOPSIN (BR); CONFORMATIONAL DYNAMICS; LIPID BILAYER MEMBRANES; TRANSMEMBRANE (TM);

BIOLOGICAL MEMBRANES;

EID: 3442875273     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0379650     Document Type: Article

References (87)

1. Lanyi, J. K.; Luecke, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 415.
2. Woolf, T. B. Biophys. J. 1997, 73, 2376.
3. Woolf, T. B. Biophys. J. 1998, 74, 115.
4. Logunov, I.; Humphrey, W.; Schulten, K.; Sheves, M. Biophys. J. 1995, 68, 1270.
5. Hermone, A.; Kuczera, K. Biochemistry 1998, 37, 2843.
6. Simon, C.; Aalouach, M.; Smith, J. C. Faraday Discuss. 1998, 111, 95.
7. Hermone, A.; Kuczera, K. Biochemistry 1998, 37, 2843.
8. Baudry, J.; Crouzy, S.; Roux, B.; Smith, J. C. Biophys. J. 1999, 76, 1909.
9. Tajkhorshid, E.; Baudry, J.; Schulten, K.; Suhai, S. Biophys. J. 2000, 78, 683.
10. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857.
11. Rajamani, R.; Gao, J. L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 96.
12. Shen, L.; Bassolino, D.; Stouch, T. Biophys. J. 1997, 73, 3.
13. Belohorcova, K.; Davis, J. H.; Woolf, T. B.; Roux, B. Biophys. J. 1997, 73, 3039.
14. Petrache, H. I.; Grossfield, A.; MacKenzie, K. R.; Engelman, D. M.; Woolf, T. B. J. Mol. Biol. 2000, 302, 727.
15. Law, R. J.; Forrest, L. R.; Ranatunga, K. M.; La Rocca, P.; Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. P. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2000, 39, 47.
16. Saiz, L.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 482.
17. Lopez, C. F.; Montai, M.; Blasie, J. K.; Klein, M. L.; Moore, P. B. Biophys. J. 2002, 83, 1259.
18. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4031.
19. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 881.
20. Pervushin, K. V.; Arseniev, A. S. FEBS Lett. 1992, 308, 190.
21. Lomize, A. L.; Pervushkin, K. V.; Arseniev, A. S. J. Biomol. NMR 1992, 2, 361.
22. Barsukov, I. L.; Nolde, D. E.; Lomize, A. L.; Arseniev, A. S. Eur. J. Biochem. 1992, 206, 665.
23. Hunt, J. F.; Earnest, T. N.; Bousche, O.; Kalghatgi, K.; Reilly, K.; Horvath, C.; Rothschild, K. J.; Engelman, D. M. Biochemistry 1997, 36, 15156.
24. Hunt, J. F.; Rath, P.; Rothschild, K. J.; Engelman, D. M. Biochemistry 1997, 36, 15177.
25. Katragadda, M.; Alderfer, J. L.; Yeagle, P. L. Biophys. J. 2001, 81, 1029.
26. Schiffer, M.; Chang, C. H.; Stevens, F. J. Protein Eng. 1992, 5, 213.
27. Yau, W. M.; Wimley, W. C.; Gawrisch, K.; White, S. H. Biochemistry 1998, 37, 14713.
28. Grossfield, A.; Woolf, T. B.; Pearson, J. G. Int. J. Quantum Chem. 1999, 75, 197.
29. Grossfield, A.; Woolf, T. B. Langmuir 2002, 18, 198.
30. Ulmschneider, M. B.; Sansom, M. S. P. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1512, 1.
31. Lee, A. G. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1612, 1.
32. Killian, J. A.; von Heijne, G. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 429.
33. de Planque, M. R. R.; Killian, J. A. Mol. Membr. Biol 2003, 20, 271.
34. Petrache, H. I.; Zuekerman, D. M.; Sachs, J. N.; Killian, J. A.; Koeppe, R. E.; Woolf, T. B. Langmuir 2002, 18, 1340.
35. Sass, H. J.; Buldt, G.; Gessenich, R.; Hehn, D.; Neff, D.; Schlesinger, R.; Berendzen, J.; Ormos, P. Nature 2000, 406, 649.
36. Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. P.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1999, 76, 40.
37. Faraldo-Gómez, J.; Smith, G. R.; Sansom, M. S. P. Eur. Biophys. J. 2002, 31, 217.
38. Ulmschneider, M. B.; Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. P. Manuscript in preparation.
39. Spassov, V. Z.; Luecke, H.; Gerwert, K.; Bashford, D. J. Mol. Biol. 2001, 312, 203.
40. Nina, M.; Roux, B.; Smith, J. C. Biophys. J. 1995, 68, 25.
41. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 95, 43.
42. van Gunsteren, W. F.; Kruger, P.; Billeter, S. R.; Mark, A. E.; Eising, A. A.; Scott, W. R. P.; Huneberger, P. H.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; Biomos & Hochschulverlag AG an der ETH Zurich: Groningen and Zurich, Switzerland, 1996.
43. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Intermodular Forces; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981.
44. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002.
45. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
46. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
47. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786.
48. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 95, 10089.
49. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
50. VanAalten, D. M. F.; DeGroot, B. L.; Findlay, J. B. C.; Berendsen, H. J. C.; Amadei, A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 169.
51. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 17, 412.
52. Hess, B. Phys. Rev. E 2000, 62, 8438.
53. Wiener, M. C.; White, S. H. Biophys. J. 1992, 61, 434.
54. Bowie, J. U. J. Mol Biol. 1997, 272, 780.
55. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
56. de Planque, M. R. R.; Kruijtzer, J. A. W.; Liskamp, R. M. J.; Marsh, D.; Greathouse, D. V.; Koeppe, R. E.; de Kruijff, B.; Killian, J. A. J. Biol. Chem. 1999, 274, 20839.
57. Forrest, L. R.; Sansom, M. S. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 174.
58. Pebay-Peyroula, E.; Rummel, G.; Rosenbusch, J. P.; Landau, E. M. Science 1997, 277, 1676.
59. Luecke, H.; Richter, H. T.; Lanyi, J. K. Science 1998, 280, 1934.
60. Gelin, B. R.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975, 72, 2002.
61. Gelin, B. R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 6996.
62. Skalicky, J. J.; Mills, J. L.; Sharma, S.; Szyperski, T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 388.
63. Nall, B. T.; Zuniga, E. H. Biochemistry 1990, 29, 7576.
64. Strandberg, E.; Killian, J. A. FEBS Lett. 2003, 544, 69.
65. Mishra, V.; Palgunachari, M.; Segrest, J.; Anantharamaiah, G. J. Biol. Chem. 1994, 269, 7185.
66. Wada, A. Adv. Biophys. 1976, 9, 1.
67. Hol, W. G. J.; van Duijnen, P. T.; Berendsen, H. J. C. Nature 1978, 273, 443.
68. Mathew, M. K.; Balaram, P. FEBS Lett. 1983, 157, 1.
69. Edmonds, D. T. Eur. Biophys. J. 1985, 13, 31.
70. Kienker, P. K.; DeGrado, W. F.; Lear, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 4859.
71. Bostick, D. L.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2003, 85, 97.
72. Sessions, R. B.; Gibbs, N.; Dempsey, C. E. Biophys. J. 1998, 74, 138.
73. Chambers, E. J.; Bloomberg, G. B.; Ring, S. M.; Tanner, M. J. A. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1289.
74. Girvin, M. E.; Rastogi, V. K.; Abildgaard, F.; Markley, J. L.; Fillingame, R. H. Biochemistry 1998, 37, 8817.
75. Rastogi, V. K.; Girvin, M. E. Nature 1999, 402, 263.
76. Dmitriev, O. Y.; Abildgaard, F.; Markley, J. L.; Fillingame, R. H. Biochemistry 2002, 41, 5537.
77. Arora, A.; Abildgaard, F.; Bushweller, J. H.; Tamm, L. K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 334.
78. Tamm, L. K.; Abildgaard, F.; Arora, A.; Blad, H.; Bushweller, J. H. FEBS Lett. 2003, 555, 139.
79. Fernandez, C.; Hilty, C.; Bonjour, S.; Adeishvili, K.; Pervushin, K.; Wuthrich, K. FEES Lett. 2001, 504, 173.
80. Fernandez, C.; Wüthrich, K. FEBS Lett. 2003, 555, 144.
81. Pautsch, A.; Vogt, J.; Model, K.; Siebold, C.; Schulz, G. E. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1999, 34, 167.
82. Pautsch, A.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 2000, 298, 273.
83. Bond, P.; Sansom, M. S. P. J. Mol. Biol. 2003, 329, 1035.
84. Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426.
85. Killian, J. A. FEBS Lett. 2003, 555, 134.
86. Engelman, D. M.; Chen, Y.; Chin, C.; Curran, R.; Dixon, A. M.; Dupuy, A. ; Lee, A.; Lehnert, U.; Mathews, E.; Reshetnyak, Y.; Senes, A.; Popot, J. L. FEBS Lett. 2003, 555, 122.
87. Domene, C.; Bond, P. J.; Deol, S. S.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14966.