Molecular dynamics characterization of the structures and induction mechanisms of a reverse phenotype of the tetracycline receptor

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 21, 2007, Pages 6006-6014

  Seidel, Ute ^a   Othersen, Olaf G ^a   Haberl, Florian ^a   Lanig, Harald ^a   Beierlein, Frank R ^a   Clark, Timothy ^a  

^a UNIVERSITY OF ERLANGEN NUREMBERG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODELING; PROTEINS;

INDUCTION MECHANISMS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHENOTYPE; TETRACYCLINE RECEPTOR;

MUTAGENS;

EID: 34250333044     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0674468     Document Type: Article

References (34)

1. Bertrand, K. P.; Postle, K.; Wray, L. V., Jr.; Reznikoff, W. S. Gene 1983, 23, 149-156.
2. Levy, S. B. Am. Soc. Microbiol. News 1988, 54, 418-421.
3. Orth, P.; Schnappinger, D.; Hillen, W.; Sänger, W.; Hinrichs, W. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 215-219.
4. Kisker, C.; Hinrichs, W.; Tovar, K.; Hillen, W.; Sänger, W. J. Mol. Biol. 1995, 247, 260-280.
5. Hinrichs, W.; Kisker, C.; Duvel, M.; Muller, A.; Tovar, K.; Hillen, W.; Sänger, W. Science 1994, 264, 418-420.
6. Orth, P.; Sänger, W.; Hinrichs, W. Biochemistry 1999, 38, 191-198.
7. Lanig, H.; Othersen, O. G.; Beierlein, F. R.; Seidel, U.; Clark, T. J. Mol. Biol. 2006, 359, 1125-1136.
8. Brook's, B. R.; Janežič, D.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522-1542.
9. Scholz, O.; Henssler, E.-M.; Bail, J.; Schubert, P.; Bogdanska-Urbaniak, J.; Sopp, S.; Reich, M.; Wisshak, S.; Köstner, M.; Bertram, R.; Hillen, W. Mol. Microbiol. 2004, 53, 777-789.
10. Vriend, G. J. Mol. Graph. Model. 1990, 8, 52-56.
11. Hooft, R. W. W.; Vriend, G.; Sander, C.; Abola, E. E. Nature 1996, 387, 272-272.
12. Hinrichs, W.; Kisker, C.; Saenger, W. http:/www.pdb.org entry 2TRT (accessed January 2006); see also reference 5.
13. Guex, N.; Peitsch, M. C. Electrophoresis 1997, 18, 2714-2723; http://www.expasy.org/spdbv (accessed January 2006).
14. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7. University of California, San Francisco, 2000.
15. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
16. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909.
17. Clark, T.; Alex, A.; Beck, B.; Burkhardt, F.; Chandrasekhar, J.; Gedeck, P.; Horn, A. H. C.; Hutter, M.; Martin, B.; Rauhut, G.; Sauer, W.; Schindler, T.; Steinke, T. VAMP 9.2. Computer-Chemie-Centrum, Universität Erlangen-Nürnberg: Erlangen, Germany, 2005.
18. Beck, B.; Clark, T.; Glen, R. C. J. Comput. Chem. 1997, 18, 744-756.
19. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
20. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys., 1984, 81, 3684-90.
21. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
22. Beierlein, F. R.; Othersen, O. G.; Lanig, H.; Schneider, S.; Clark, T. J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 5142-5152.
23. Reichheld, S. E.; Davidson, A. R. J. Mol. Biol. 2006, 361, 382-389.
24. Brooks, B. R.; Janežič, D.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522-1542.
25. Garcia, A. Phys. Rev. Lett. 1992, 17, 2696-2699.
26. Wheeler, R. A.; Dong, H. Chem. Phys. Chem. 2003, 4, 1227-1230.
27. Wheeler, R. A.; Dong, H.; Boesch, S. E. Chem. Phys. Chem. 2003, 4, 382-384.
28. Van Aalten, D. M. F.; de Groot, B. L.; Findlay, J. B. C.; Berendsen, H. J. C.; Amandei, A. J. Comput. Chem. 1997, 2, 169-181.
29. Amadei, A.; Linssen, A. B.; de Groot, B. L.; van Aalten, D. M.; Berendsen, H. J. C. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 4, 615-625.
30. Lanig, H.; Othersen, O. G.; Seidel, U.; Beierlein, F. R.; Exner, T.; Clark, T. J. Med. Chem. 2006, 49, 3444-3447.
31. Cooper, A.; Dryden, D. T. F. Eur. Biophys. J. 1984, 11, 103-109.
32. Volkman, B. F.; Lipson, D.; Wemmer, D. E.; Kern, D. Science 2001, 291, 2429-2433.
33. Kern, D.; Zuiderweg, E. R. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 748-757.
34. Kamionka, A.; Majewski, M.; Roth, K.; Bertram, R.; Kraft, C.; Hillen, W. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3834-3841.