Isomers of the uracil dimer: An ab initio benchmark study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 13, 2007, Pages 3534-3542

  Frey, Jann A ^a   Müller, Andreas ^a   Losada, Martin ^b   Leutwyler, Samuel ^a  

^a UNIVERSITY OF BERN   (Switzerland)

^b UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CONFORMATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DIMERS; HYDROGEN BONDS; ISOMERS; PERTURBATION TECHNIQUES;

AB INITIO CALCULATIONS; GAS PHASE; URACIL;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 34247507657     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0683162     Document Type: Article

References (41)

1. Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3479.
2. Crick, F. H. C. J. Mol. Biol. 1966, 19, 548.
3. Baeyends, K. J.; Bondt, H. L. D.; Holbrook, S. R. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 52.
4. (4).Wahl, M. C.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Nature Struct. Biol. 1996, 3, 24.
5. Wahl, C.; Sundaralingam, M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 97.
6. Carter, A. P.; Clemons, W. M.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Wimberley, B. T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 340.
7. Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2249.
8. Stewart, R. Acta Crystallogr. 1967, 23, 1102.
9. Carrabine, J. A.; Sundaralingam, M. Biochemistry 1971, 10, 292.
10. Kratochvil, M.; Engkvist, O.; Šponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
11. Leininger, M. L.; Nielsen, I. M. B.; Colvin, M. E.; Janssen, C. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3850.
12. Hobza, P.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802.
13. Dabkowska, I.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2004, 122, 204322.
14. Portalone, G.; Beneivenni, L.; Colapietro, M.; Pieretti, A.; Ramondo, F. Acta Chem. Scand. 1999, 53, 57.
15. Nguyen, M. T.; Chandra, K.; Zeegers-Huyskens, T. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 1277.
16. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1288.
17. Zhang, R. B.; Zeegers-Huyskens, T.; Ceulemans, A.; Nguyen, M. T. Chem. Phys. 2005, 316, 35.
18. Chandra, A. K.; Michalska, D.; Wysokinsky, R.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9593.
19. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8853.
20. Peterson, K. A.; Woon, D. E.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1994, 100, 7410.
21. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
22. Feyereisen, M. W.; Feller, D.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2993.
23. Klopper, W. M.; Lüthi, H. P. Mol. Phys. 1999, 96, 559.
24. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8265.
25. Tsuzuki, S.; Lüthi, H. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3949.
26. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 104.
27. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 565, 89.
28. Frey, J. A.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 12512.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel H. B.; et al. Gaussian 03, Rev. A.1; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
30. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165 (current version: http://www.turbomole.de).
31. Peterson, K. A.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1995, 102, 2032.
32. Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 1996, 104, 8821.
33. Schütz, M.; Brdarski, S.; Widmark, P.-O.; Lindh, R.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4597.
34. Xantheas, S. S.; Burnham, C. J.; Harrison, R. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1493.
35. Müller, A.; Losada, M.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 157.
36. Frey, J. A.; Leutwyler, S. Chimia 2005, 59, 511.
37. Frey, J. A.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6990.
38. Brady, B. B.; Peteanu, L. A.; Levy, D. H. Chem. Phys. Lett. 1988, 147, 538.
39. Lias, S.; Liebman, J.; Levin, R. J. Phys. Chem. Ref. Data 1984, 13, 695.
40. Hunter, E.; Lias, S. J. Phys. Chem. Ref. Data 1998, 27, 413.
41. Kurinovich, M. A.; Lee, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6258.