Interaction of Adenine Adducts with Thymine: A Computational Study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 11, 2007, Pages 2991-2998

  Sahu, Prabhat K ^a   Kuo, Chang Wang ^a   Lee, Shyi Long ^a  

^a NATIONAL CHUNG CHENG UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DNA; ENTHALPY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE;

ADENINE ADDUCT; THYMINE INTERACTION;

AMINES;

EID: 34047198044     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp066856t     Document Type: Article

References (43)

1. Bartsch, H. IARC. Sci. Publ 1999, 150, 1.
2. Bartsch, H.; Nair, J. Cancer Detect. Prev. 2004, 28, 385.
3. Leithauser, M. T.; Liem, A; Stewart, B. C.; Miller, E. C.; Miller, J. A. Carcinogenesis 1990, 3, 463.
4. Nair, J.; Barbin, A.; Guichard, Y.; Bartsch, H. Carcinogenesis 1995, 3, 613.
5. Ghissassi, F. E.; Barbin, A.; Nair, J.; Bartsch, H. Chem. Res. Toxicol 1995, 8, 278.
6. Singer, B.; Bartsch, H. IARC Sci. Publ. 1999, 150
7. Basu, A. K.; Wood, M. L.; Niedernhofer, L. J.; Ramos, L. A.; Essigmann, J. M. Biochemistry 1993, 32, 12793.
8. Guliaev, A. B.; Hang, B.; Singer, B. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3778.
9. Pandya, G. A.; Moriya, M. Biochemistry 1996, 35, 11487.
10. Kouchakdjian, M.; Eisenberg, M.; Yarema, K.; Basu, A.; Essigmann, J.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1820.
11. Guerra, F. C.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117.
12. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
13. Clary, D. C.; Benoit, D. M.; van Mourik, T. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 441.
14. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4735.
15. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 23, 10272.
16. Hanus, M.; Ryjacek, F.; Kabelac, M.; Kubar, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
17. Sahu, P. K.; Mishra, R. K.; Lee, S.-L. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2887.
18. Kabelac, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 14515.
19. Becke, A. D. Phys. Rev. 1988, A38, 3098.
20. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
21. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1997, 107, 8554.
22. Schmider, H. L.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 9624.
23. Sim, A.; Amant, A.; Papai, I.; Salahub, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4391.
24. Kim, K.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10089.
25. Novoa, J. J.; Sosa, C. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15837.
26. Lundell, J.; Latajka, Z. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5004.
27. McAllister, M. A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 427, 39.
28. Rablen, P. R.; Lockman, J. W.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3782.
29. Langley, C. H.; Allinger, N. L. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5208.
30. Aloisio, S.; Hintze, P. E.; Vaida, V. J. Phys. Chem. A 2003, 106, 363.
31. Ruckenstein, E.; Shulgin, I. L.; Tilson, J. L. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2289.
32. Wetmore, S. D.; Schofield, R.; Smith, D. M.; Radom, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8718.
33. Rabuck, A. D.; Scuseria, G. E. Theor. Chem. Acc. 2000, 104, 439.
34. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, L; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
36. Seeman, N. C.; Rosenberg, J. M.; Suddath, F. L.; Kim, J. J. P.; Rich, A. J. Mol. Biol. 1976, 104, 109.
37. Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 15, 619.
38. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc.1994, 116, 2493.
39. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem.1996, 100, 1965.
40. Brameld, K.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4851.
41. Santamaria, R.; VaŸquez, A. J. Comput. Chem. 1994, 15, 981.
42. Bertran, J.; Oliva, A.; Santiago, R. L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159.
43. Bernstein, H.; Byerly, H.; Hopf, F.; Michod, R. Science 1985, 229, 1277.