Correction of systematic errors in single-molecule force spectroscopy with polymeric tethers by atomic force microscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 8, 2007, Pages 1963-1974

  Ray, Chad ^a   Brown, Jason R ^a   Akhremitchev, Boris B ^a  

^a DUKE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMICAL BONDS; ERROR CORRECTION; MATHEMATICAL MODELS; RATE CONSTANTS; SYSTEMATIC ERRORS;

BELL-EVANS MODEL; DISSOCIATION RATE; FORCE SENSORS; SINGLE MOLECULE FORCE SPECTROSCOPY;

SINGLE CRYSTALS;

EID: 33947360322     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065530h     Document Type: Article

References (70)

1. Florin, E. L.; Moy, V. T.; Gaub, H. E. Science 1994, 264, 415.
2. Lee, G. U.; Chrisey, L. A.; Colton, R. J. Science 1994, 266, 771.
3. Ray, C.; Akhremitchev, B. B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14739.
4. Kersey, F. R.; Yount, W. C.; Craig, S. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3886.
5. Ray, C.; Brown, J. R.; Akhremitchev, B. B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17578.
6. Maczynski, A.; Wisniewska-Goclowska, B.; Goral, M. J. Phys. Chem. Ref. Data 2004, 33, 549.
7. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1997, 72, 1541.
8. Bell, G. I. Science 1978, 200, 618.
9. Neuert, G.; Albrecht, C.; Pamir, E.; Gaub, H. E. FEBS Lett. 2006, 580, 505.
10. Frisbie, C. D.; Rozsnyai, L. F.; Noy, A.; Wrighton, M. S.; Lieber, C. M. Science 1994, 265, 2071.
11. Hinterdorfer, P.; Gruber, H. J.; Kienberger, F.; Kada, G.; Riener, C.; Borken, C.; Schindler, H. Colloid Surf., B 2002, 23, 115.
12. Ratio, T. V.; Langry, K. C.; Rudd, R. E.; Balhorn, R. L.; Allen, M. J.; McElfresh, M. W. Biophys. J. 2004, 86, 2430.
13. Wieland, J. A.; Gewirth, A. A.; Leckband, D. E. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41037.
14. Kuhner, F.; Gaub, H. E. Polymer 2006, 47, 2555.
15. Hummer, G.; Szabo, A. Biophys. J. 2003, 85, 5.
16. Smith, D. A.; Brockwell, D. J.; Zinober, R. C.; Blake, A. W.; Beddard, G. S.; Olmsted, P. D.; Radford, S. E. Phil. Trans. R. Soc. A 2003, 361, 713.
17. Friedsam, C.; Wehle, A. K.; Kuhner, F.; Gaub, H. E. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15, S1709.
18. Levy, R.; Maaloum, M. Biophys. Chem. 2005, 117, 233.
19. Perret, E.; Leung, A.; Feracci, H.; Evans, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16472.
20. Ling, L. S.; Butt, H. J.; Berger, R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13992.
21. Auletta, T.; de Jong, M. R.; Mulder, A.; van Veggel, F.; Huskens, J.; Reinhoudt, D. N.; Zou, S.; Zapotoczny, S.; Schonherr, H.; Vancso, G. J.; Kuipers, L. J. Am. Chem. Soc: 2004, 126, 1577.
22. Zhang, X. H.; Moy, V. T. Biophys. Chem. 2003, 104, 271.
23. Lee, I.; Marchant, R. E. Surf. Sci. 2001, 491, 433.
24. Fisher, T. E.; Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Li, H. B., Marszalek, P. E.; Fernandez, J. M. Neuron 2000, 27, 435.
25. Yuan, C. B.; Chen, A.; Kolb, P.; Moy, V. T. Biochemistry 2000, 39, 10219.
26. Strunz, T.; Oroszlan, K.; Schafer, R.; Guntherodt, H. J. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1999, 96, 11277.
27. Fritz, J.; Katopodis, A. G.; Kolbinger, F.; Anselmetti, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12283.
28. Meadows, P. Y.; Bemis, J. E.; Walker, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4136.
29. Schlierf, M.; Rief, M. Biophys. J. 2006, 90, L33.
30. Sulchek, T. A.; Friddle, R. W.; Langry, K.; Lau, E. Y.; Albrecht, H.; Ratto, T. V.; DeNardo, S. J.; Colvin, M. E.; Noy, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16638.
31. Schlierf, M.; Rief, M. J. Mol. Biol. 2005, 354, 497.
32. Hukkanen, E. J.; Wieland, J. A.; Gewirth, A.; Leckband, D. E.; Braatz, R. D. Biophys. J. 2005, 89, 3434.
33. Zou, S.; Schonherr, H.; Vancso, G. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11230.
34. Brockwell, D. J.; Beddard, G. S.; Pari, E.; West, D. K.; Olmsted, P. D.; Smith, D. A.; Radford, S. E. Biophys. J. 2005, 89, 506.
35. Nevo, R.; Brumfeld, V.; Kapon, R.; Hinterdorfer, P.; Reich, Z. EMBO Rep. 2005, 6, 482.
36. Wieland, J. A.; Gewirth, A. A.; Leckband, D. E. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5985.
37. Meadows, P. Y.; Walker, G. C. Langmuir 2005, 21, 4096.
38. Ganchev, D. N.; Rijkers, D. T. S.; Snel, M. M. E.; Killian, J. A.; de Kruijff, B. Biochemistry 2004, 43, 14987.
39. Zhang, X. H.; Craig, S. E.; Kirby, H.; Humphries, M. J.; Moy, V. T. Biophys. J. 2004, 87, 3470.
40. Kuhner, F.; Costa, L. T.; Bisch, P. M.; Thalhammer, S.; Heckl, W. M.; Gaub, H. E. Biophys. J. 2004, 87, 2683.
41. Sletmoen, M.; Skjak-Braek, G.; Stokke, B. T. Biomacromolecules 2004, 5, 1288.
42. Hanley, W.; McCarty, O.; Jadhav, S.; Tseng, Y.; Wirtz, D.; Konstantopoulos, K. J. Biol. Chem. 2003, 278, 10556.
43. Evans, E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 105.
44. Dettmann, W.; Grandbois, M.; Andre, S.; Benoit, M.; Wehle, A. K.; Kaltner, H.; Gabius, H. J.; Gaub, H. E. Arch. Biochem. Biophys. 2000, 383, 157.
45. Schwesinger, F.; Ros, R.; Strunz, T.; Anselmetti, D.; Guntherodt, H. J.; Honegger, A.; Jermutus, L.; Tiefenauer, L.; Pluckthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9972.
46. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1999, 76, 2439.
47. Dudko, O. K.; Hummer, G.; Szabo, A. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 108 101.
48. Raible, M.; Evstigneev, M.; Bartels, F. W.; Eckel, R.; Nguyen-Duong, M.; Merkel, R.; Ros, R.; Anselmetti, D.; Reimann, P. Biophys. J. 2006, 90, 3851.
49. Dudko, O. K.; Filippov, A. E.; Klafter, J.; Urbakh, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11378.
50. Grier, D. G. Nature 2003, 424, 810.
51. Brower-Toland, B. D.; Smith, C. L.; Yeh, R. C.; Lis, J. T.; Peterson, C. L.; Wang, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1960.
52. Li, P. T. X.; Collin, D.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; Tinoco, I. Biophys. J. 2006, 90, 250.
53. Tanford, C. Science 1978, 200, 1012.
54. Chandler, D. Nature 2005, 437, 640.
55. Widom, B.; Bhimalapuram, P.; Koga, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 3085.
56. Southall, N. T.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1326.
57. Southall, N. T.; Dill, K. A. Biophys. Chem. 2002, 101, 295.
58. Choudhury, N.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3556.
59. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4570.
60. Sheng, Y. J.; Jiang, S. Y.; Tsao, H. K. J. Chem. Phys. 2005, 123.
61. Garg, A. Phys. Rev. B 1995, 51, 15592.
62. Al-Maawali, S.; Bemis, J. E.; Akhremitchev, B. B.; Leecharoen, R.; Janesko, B. G.; Walker, G. C. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3965.
63. Hermanson, G. T. Bioconjugate Techniques; Academic Press: San Diego, 1996.
64. Proksch, R.; Schaffer, T. E.; Cleveland, J. P.; Callahan, R. C.; Viani, M. B. Nanotechnology 2004, 15, 1344.
65. Oesterhelt, F.; Rief, M.; Gaub, H. E. New J. Phys. 1999, 1, 6.1.
66. Merkel, R.; Nassoy, P.; Leung, A.; Ritchie, K.; Evans, E. Nature 1999, 397, 50.
67. Bevington, P. R.; Robinson, D. K. Data Reduction and Error Analysis for the Physical Sciences, 2nd ed.; McGraw-Hill: New York, 1991.
68. Pratt, L. R.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1977, 67, 3683.
69. Rank, J. A.; Baker, D. Protein Sci. 1997, 6, 347.
70. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10469.