Hydrogen-bonded nucleic acid base pairs containing unusual base tautomers: Complete basis set calculations at the MP2 and CCSD(T) levels

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 3, 2007, Pages 641-645

  Rejnek, Jaroslav ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR BIOLOGY; PROBABILISTIC LOGICS;

GUANINE-CYTOSINE PAIRS; INTERACTION ENERGY; TAUTOMERS;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 33846999347     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0661692     Document Type: Article

References (36)

1. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
2. Watson, J. D. The Double Helix; A Mentor Book: New York, 1969.
3. Fogarasi, G. J. Mol. Struct. 1997, 413, 271.
4. Aleman, C. Chem. Phys. 2000, 253, 13.
5. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272.
6. Clary, D. C.; Benoit, D. M.; van Mourik, T. Acc. Chem. Res. 2000, 35, 441.
7. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1934.
8. Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Elhanine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5088.
9. Carles, S.; Lecomte, F.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10662.
10. Plutzer, C.; Nir, E.; de Vries, M. S.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5466.
11. Sukhanov, O. S.; Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Podolyan, Y.; Les'zczynski, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2846.
12. van Mourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1288.
13. Trygubenko, S. A.; Bogdan, T. V.; Rueda, M.; Orozco, M.; Luque, F. J.; Sponer, J.; Slavíček, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 4192.
14. Hanus, M.; Ryjáček, F.; Kabeláč, M.; Kubař, T.; Bogdan, T. V.; Trygubenko, S. A.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7678.
15. Hanus, M.; Kabeláč, M.; Rejnek, J.; Ryjáček, F.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2087.
16. Rejnek, J.; Hanus, M.; Kabeláč, M.; Ryjáček, F.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2006.
17. Jurečka, P.; Šponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
18. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
19. Trahlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 45.
20. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Jeppe, O.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243.
21. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437.
22. Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
23. Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
24. Dabkowska, I.; Gonzales, H. V.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1131.
25. Dabkowska, I.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204322.
26. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
27. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
28. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89.
29. Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Knowles, P. J.; Korona, T.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Manby, F. R.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Rauhut, G.; Schutz, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, R.; Tarroni; Thorsteinsoon, T.;. Werner. H.-J. Molpro, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P.J. Knowles, version 2002, 1, 2002.
30. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669.
31. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 404.
32. Klamt, A.; Krooshof, G. J. P.; Taylor, R. AIChE J. 2002, 48, 2332.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; lyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 2003.
35. Florio, G. M.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 974.
36. Snoek, L. C.; van Mourik, T.; Çarçabal, P.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4519.