Minimalist explicit solvation models for surface loops in proteins

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 4, 2006, Pages 1135-1151

  White, Ronald P ^a   Meirovitch, Hagai ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846194179     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct0503217     Document Type: Article

References (89)

1. Kwasigroch, J. M.; Chomilier, J.; Mornon, J. P. J. Mol. Biol. 1996, 259, 855.
2. Martin, A. C.; Toda, K.; Stirk, H. J.; Thornton, J. M. Protein Eng. 1995, 8, 1093.
3. Oliva, B.; Bates, P. A.; Querol, E.; Aviles F. X.; Sternberg M. J. J. Mol. Biol. 1997, 266, 814.
4. Fetrow, J. S. FASEB J. 1995, 9, 708.
5. Getzoff, E. D.; Geysen, H. M.; Rodda, S. J.; Alexander, H.; Tainer, J. A.; Lerner, R. A. Science 1987, 235, 1191.
6. Rini, J. M.; Schulze-Gahmen, U.; Wilson, I. A. Science 1992, 255, 959.
7. Constantine, K. L.; Friedrichs, M. S.; Wittekind, M.; Jamil, H.; Chu, C. H.; Parker, R. A.; Goldfarb, V.; Mueller, L.; Farmer, B. T. Biochemistry 1998, 37, 7965.
8. Bates, P. A.; Sternberg, M. J. Proteins 1999, Suppl 3, 47.
9. Mosimann, S.; Meleshko, R.; James, M. N. Proteins 1995, 23, 301.
10. Sali, A. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 437.
11. Petrey, D.; Xiang, Z.; Tang, C. L.; Xie, L.; Gimpepev, M.; Mitros, T.; Soto, C. S.; Goldsmith-Fischman, S.; Kernytsky, A.; Schlessinger, A.; Koh, I. Y. Y.; Alexov, E.; Honig, B. Proteins 2003, 53, 430.
12. Crasto, C. J.; Feng, J. Proteins 2001, 42, 399.
13. Leszczynski, J. F.; Rose, G. D. Science 1986, 234, 849.
14. Donate, L. E.; Rufino, S. D.; Canard, L. H.; Blundell, T. L. Protein Sci. 1996, 5, 2600.
15. Fechteler, T.; Dengler, U.; Schomburg, D. J. Mol. Biol. 1995, 253, 114.
16. Chothia, C.; Lesk, A. M. J. Mol. Biol. 1987, 196, 901.
17. Chothia, C.; Lesk, A. M.; Tramontano, A.; Levitt, M.; Smith-Gill, S. J.; Air, G.; Sheriff, S.; Padlan, E. A.; Davies, D.; Tulip, W. R. Nature 1989, 342, 877.
18. Go, N.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1970, 3, 178.
19. Dudek, M. J.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 121.
20. Bruccoleri, R. E.; Karplus, M. Biopolymers 1987, 26, 137.
21. Summers, N. L.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1990, 216, 991.
22. Tappura, K. Proteins 2001, 44, 167.
23. Moult, J.; James, M. N. Proteins 1986, 1, 146.
24. Fine, R. M.; Wang, H.; Shenkin, P. S.; Yarmush, D. L.; Levinthal, C. Proteins 1986, 1, 342.
25. Shenkin, P. S.; Yarmush, D. L.; Fine, R. M.; Wang, H. J.; Levinthal, C. Biopolymers 1987, 26, 2053.
26. Higo, J.; Collura, V.; Garnier, J. Biopolymers 1992, 32, 33.
27. Rosenfeld, R.; Zheng, Q.; Vajda, S.; DeLisi, C. J. Mol. Biol. 1993, 234, 515.
28. Zheng, Q.; Rosenfeld, R.; Vajda, S.; DeLisi, C. J. Comput. Chem. 1993, 14, 556.
29. Caralacci, L.; Englander, S. W. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1002.
30. Das, B.; Meirovitch, H. Proteins 2001, 43, 303.
31. Das, B.; Meirovitch, H. Proteins 2003, 43, 470.
32. Mas, M. T.; Smith, K. C.; Yarmush, D. L.; Aisaka, K.; Fine, R. M. Proteins 1992, 14, 483.
33. Smith, K. C.; Honig, B. Proteins 1994, 18, 119.
34. Wesson, L.; Eisenberg, D. Protein Sci. 1992, 1, 227.
35. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem A 1997, 101, 3005.
36. Rapp, C. S.; Friesner, R. A. Proteins 1999, 35, 173.
37. de Bakker, P. I. W.; DePristo, M. A.; Burke, D. F.; Blundell, T. L. Proteins 2003, 51, 21.
38. DePristo, M. A.; de Bakker, P. I. W.; Lovell, S. C.; Blundell, T. L. Proteins 2003, 51, 41.
39. Jacobson, M. P.; Pincus, D. L.; Rapp, C. S.; Day, T. J. F.; Honig, B.; Shaw, D. E.; Friesner, R. A. Proteins 2004, 55, 351.
40. Ghosh, A.; Rapp, C. S.; Friesner, R. J. Phys. Chem. 1998, 102, 10983.
41. Gallicchio, E.; Zhang, L. Y.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2002, 23, 517.
42. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
43. Zhang, C.; Liu, S.; Zhou, Y. Protein Sci. 2004, 13, 391.
44. Xiang, X.; Soto, C. S.; Honig, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7432.
45. Tanner, J. J.; Nell, L. J.; McCammon, J. A. Biopolymers 1992, 32, 23.
46. Szarecka, A.; Meirovitch, H. J. Phys. Chem. B. 2006, 110, 2869.
47. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
48. Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459.
49. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
50. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
51. Ponder, J. W. TINKER, Software Tools for Molecular Design, version 4.2; Washington University: St. Louis, MO, 2004.
52. Brooks, C. L., III; Brünger, A. T.; Karplus, M. Biopolymers 1985, 24, 843.
53. Meirovitch, H.; Hendrickson, T. F. Proteins 1997, 29, 127.
54. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1986, 235, 574.
55. Merz, K. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 406.
56. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8402.
57. Essex, J. W.; Severance, D. L.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1997, 101, 9663.
58. Smith, R. H., Jr.; Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J.; Lamb, M. L.; Janssen, P. A. J.; Michejda, C. J.; Kroeger Smith, M. B. J. Med. Chem. 1998, 41, 5272.
59. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135.
60. Beglov, D.; Roux, B. Biopolymers 1995, 35, 171.
61. Swope, W. C.; Andersen, H. C.; Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1982, 76, 637.
62. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
63. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
64. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
65. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 95, 10089.
66. Levitt, M.; Sharon, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 7557.
67. Makarov, V. A.; Feig, M.; Andrews, B. K.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 150.
68. Brunne, R. M.; Liepinsh, E.; Otting, G.; Wuthrich, K.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1993, 231, 1040.
69. Makarov, V. A.; Andrews, B. K.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 2000, 79, 2966.
70. Sterpone, F.; Ceccarelli, M.; Marchi, M. J. Mol. Biol. 2001, 311, 409.
71. Marchi, M.; Sterpone, F.; Ceccarelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 124, 6787.
72. Luise, A.; Falconi, M.; Desideri, A. Proteins 2000, 39, 56.
73. Feller, S. C.; Pastor, R. W.; Rojnukarin, A.; Bogusz, S.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011.
74. Otting, G.; Liepinsh, E.; Wuthrich, K. Science 1991, 254, 974.
75. Modig, K.; Liepinsh, E.; Otting, G.; Halle, B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 102.
76. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
77. Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; Hasner: New York, 1988.
78. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
79. Sham, Y. Y.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7940.
80. King, G.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3647.
81. Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 3100.
82. Lounnas, V.; Ludemann, S. K.; Wade, R. C. Biophys. Chem. 1999, 78, 157.
83. Alper, H.; Levy, R. M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9847.
84. Lee, M. S.; Salsbury, F. R., Jr.; Olson, M. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1967.
85. Lee, M. S.; Olson, M. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5223.
86. White, R. P.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10889.
87. White, R. P.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214908.
88. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054903.
89. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21963.