Protein flexibility and ligand rigidity: A thermodynamic and kinetic study of ITAM-based ligand binding to Syk tandem SH2

ChemBioChem

Volumn 6, Issue 12, 2005, Pages 2261-2270

  De Mol, Nico J ^a   Catalina, M Isabel ^b,c   Dekker, Frank J ^a,d   Fischer, Marcel J E ^a   Heck, Albert J R ^b   Liskamp, Rob M J ^a  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^b UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^c LEIDEN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (Netherlands)

^d MAX PLANCK INSTITUTE OF MOLECULAR PHYSIOLOGY   (Germany)

Author keywords

Kinetics; Multivalent interactions phosphopeptides; Protein dynamics; Thermodynamics

Indexed keywords

DEUTERIUM; FC RECEPTOR; LIGAND; PROTEIN KINASE SYK; PROTEIN SH2; IMMUNOGLOBULIN E RECEPTOR; PEPTIDE FRAGMENT; PROTEIN TYROSINE KINASE; SIGNAL PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING AFFINITY; DEUTERIUM HYDROGEN EXCHANGE; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; ENTROPY; ENZYME STRUCTURE; KINETICS; LIGAND BINDING; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN MOTIF; SURFACE PLASMON RESONANCE; THERMODYNAMICS; CHEMISTRY; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION; SRC HOMOLOGY DOMAIN;

INTRACELLULAR SIGNALING PEPTIDES AND PROTEINS; KINETICS; LIGANDS; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN-TYROSINE KINASES; RECEPTORS, IGE; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SRC HOMOLOGY DOMAINS; SURFACE PLASMON RESONANCE; THERMODYNAMICS;

EID: 33845929089     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200500141     Document Type: Article

References (44)

1. J. Kuriyan, D. Cowburn, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 259.
2. S. E. Shoelson, Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 227.
3. C. S. Navara, Curr. Pharm. Des. 2004, 10, 1739.
4. B. D. Gomperts, Y. Churcher, A. Koffer, T. H. Lillie, P. E. Tatham, T. D. Whalley, Int. Arch. Allergy Appl. Immunol. 1991, 94, 38.
5. H. Turner, J. P. Kinet, Nature 1999, 402, B24.
6. V. Rolli, M. Gallwitz, T. Wossning, A. Flemming, W. W. Schamel, C. Zurn, M. Reth, Mol. Cell 2002, 10, 1057.
7. J. Zhang, M. L. Billingsley, R. L. Kincaid, R. P. Siraganian, J. Biol. Chem. 2000, 275, 35 442.
8. S. Atwell, J. M. Adams, J. Badger, M. D. Buchanan, I. K. Feil, K. J. Froning, X. Gao, J. Hendle, K. Keegan, B. C. Leon, H. J. Muller-Dieckmann, V. L. Nienaber, B. W. Noland, K. Post, K. R. Rajashankar, A. Ramos, M. Russell, S. K. Burley, S. G. Buchanan, J. Biol. Chem. 2004, 279, 55 827.
9. S. Latour, J. Zhang, R. P. Siraganian, A. Veillette, Embo J. 1998, 17, 2584.
10. S. Kumaran, R. A. Grucza, G. Waksman, Proc. Natl. Acad Sci. USA 2003, 100, 14 828.
11. M. H. Hatada, X. Lu, E. R. Laird, J. Green, J. P. Morgenstern, M. Lou, C. S. Marr, T. B. Phillips, M. K. Ram, K. Theriault, et al., Nature 1995, 377, 32.
12. R. H. Folmer, S. Geschwindner, Y. Xue, Biochemistry 2002, 41, 14 176.
13. K. Futterer, J. Wong, R. A. Grucza, A. C. Chan, G. Waksman, J. Mol. Biol. 1998, 281, 523.
14. M. I. Catalina, M. J. E. Fischer, F. J. Dekker, R. M. J. Liskamp, A. J. R. Heck, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1039.
15. L. M. Keshvara, C. Isaacson, M. L. Harrison, R. L. Geahlen, J. Biol. Chem. 1997, 272, 10 377.
16. P. J. Barnes, Nature 1999, 402, B31.
17. J. M. Oliver, C. L. Kepley, E. Ortega, B. S. Wilson, Immunopharmacology 2000, 48, 269.
18. W. S. Wong, K. P. Leong, Biochim. Biophys. Acta 2004, 1697, 53.
19. R. Ruijtenbeek, J. A. Kruijtzer, W. van de Wiel, M. J. E. Fischer, M. Fluck, F. A. M. Redegeld, R. M. J. Liskamp, F. P. Nijkamp, ChemBioChem 2001, 2, 171.
20. F. J. Dekker, N. J. de Mol, J. van Ameijde, M. J. E. Fischer, R. Ruijtenbeek, F. A. M. Redegeld, R. M. J. Liskamp, ChemBioChem 2002, 3, 238.
21. F. J. Dekker, N. J. de Mol, M. J. E. Fischer, R. M. J. Liskamp, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 1241.
22. J. Rao, J. Lahiri, R. M. Weis, G. M. Whitesides, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2698.
23. N. J. de Mol, M. B. Gillies, M. J. E. Fischer, Bioorg. Med. Chem. 2002, 10, 1477.
24. E. A. Ottinger, M. C. Botfield, S. E. Shoelson, J. Biol. Chem. 1998, 273, 729.
25. T. Chen, B. Repetto, R. Chizzonite, C. Pullar, C. Burghardt, E. Dharm, Z. Zhao, R. Carroll, P. Nunes, M. Basu, W. Danho, M. Visnick, J. Kochan, D. Waugh, A. M. Gilfillan, J. Biol. Chem. 1996, 271, 25 308.
26. R. A. Grucza, K. Futterer, A. C. Chan, G. Waksman, Biochemistry 1999, 38, 5024.
27. N. J. de Mol, M. I. Catalina, M. J. E. Fischer, I. Broutin, C. S. Maier, A. J. R. Heck, Biochim. Biophys. Acta 2004, 1700, 53.
28. J. R. Faeder, W. S. Hlavacek, I. Reischl, M. L. Blinov, H. Metzger, A. Redondo, C. Wofsy, B. Goldstein, J. Immunol. 2003, 170, 3769.
29. B. L. Chen, W. A. Baase, J. A. Schellman, Biochemistry 1989, 28, 691.
30. X. Yan, J. Watson, P. S. Ho, M. L. Deinzer, Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 10.
31. A. Miranker, C. V. Robinson, S. E. Radford, R. T. Aplin, C. M. Dobson, Science 1993, 262, 896.
32. T. A. Morton, D. G. Myszka, Methods Enzymol. 1998, 295, 268.
33. J. R. Engen, W. H. Gmeiner, T. E. Smithgall, D. L. Smith, Biochemistry 1999, 38, 8926.
34. M. Y. Kim, C. S. Maier, D. J. Reed, M. L. Deinzer, Protein Sci. 2002, 11, 1320.
35. R. Anderegg, D. Wagner, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1374.
36. P. Schuck, Biophys. J. 1996, 70, 1230.
37. Y. S. Day, C. L. Baird, R. L. Rich, D. G. Myszka, Protein Sci. 2002, 11, 1017.
38. N. J. de Mol, F. J. Dekker, I. Broutin, M. J. E. Fischer, R. M. J. Liskamp, J. Med. Chem. 2005, 48, 753.
39. A. Mohimen, A. Dobo, J. K. Hoerner, I. A. Kaltashov, Anal. Chem. 2003, 75, 4139.
40. S. S. Narula, R. W. Yuan, S. E. Adams, O. M. Green, J. Green, T. B. Philips, L. D. Zydowsky, M. C. Botfield, M. Hatada, E. R. Laird, et al., Structure 1995, 3, 1061.
41. J. Huskens, A. Mulder, T. Auletta, C. A. Nijhuis, M. J. Ludden, D. N. Reinhoudt, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6784.
42. J. R. Horn, D. Russell, E. A. Lewis, K. P. Murphy, Biochemistry 2001, 40, 1774.
43. D. A. Lauffenburger, J. J. Linderman, Receptors: Models for Binding, Trafficking, and Signalling, Oxford University Press, Oxford, 1993.
44. N. J. de Mol, E. Plomp, M. J. E. Fischer, R. Ruijtenbeek, Anal. Biochem. 2000, 279, 61.