Serum Peptide Profiling by Magnetic Particle-Assisted, Automated Sample Processing and MALDI-TOF Mass Spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 6, 2004, Pages 1560-1570

  Villanueva, Josep ^a   Philip, John ^a   Entenberg, David ^a   Chaparro, Carlos A ^a   Tanwar, Meena K ^a   Holland, Eric C ^a   Tempst, Paul ^a  

^a MEMORIAL SLOAN KETTERING CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; DATA ACQUISITION; LEARNING ALGORITHMS; MASS SPECTROMETRY; SENSITIVITY ANALYSIS;

ELUANTS; PEPTIDES;

POLYPEPTIDES;

PLASMA PROTEIN;

ARTICLE; AUTOANALYSIS; CANCER SCREENING; GLIOBLASTOMA; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEIN BLOOD LEVEL; ROBOTICS;

ALGORITHMS; AUTOMATION; BLOOD PROTEINS; BRAIN NEOPLASMS; COATED MATERIALS, BIOCOMPATIBLE; GLIOBLASTOMA; HUMANS; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; MAGNETICS; PEPTIDES; PILOT PROJECTS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 1542617944     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0352171     Document Type: Article

References (28)

1. Etzioni, R.; Urban, N.; Ramsey, S.; McIntosh, M.; Schwartz, S.; Reid, B. ; Radich, J.; Anderson, G.; Hartwell, L. Nat. Rev. Cancer 2003, 3, 243-252.
2. Wulfkuhle, J. D.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F. Nat. Rev. Cancer 2003, 3, 267-275.
3. Petricoin, E. F.; Zoon, K. C.; Kohn, E. C.; Barrett, J. C.; Liotta, L. A. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 683-695.
4. Perou, C. M.; Sorlie, T.; Eisen, M. B.; van de Rijn, M.; Jeffrey, S. S.; Rees, C. A.; Pollack, J. R.; Ross, D. T.; Johnsen, H.; Akslen, L. A.; Fluge, O. ; Pergamenschikov, A.; Williams, C.; Zhu, S. X.; Lonning, P. E.; Borresen-Dale, A. L.; Brown, P. O.; Botstein, D. Nature 2000, 406, 747-752.
5. Alizadeh, A. A.; Eisen, M. B.; Davis, R. E.; Ma, C.; Lossos, I. S.; Rosenwald, A.; Boldrick, J. C.; Sabet, H.; Tran, T.; Yu, X.; Powell, J. I.; Yang, L.; Marti, G. E.; Moore, T.; Hudson, J., Jr.; Lu, L.; Lewis, D. B.; Tibshirani, R.; Sherlock, G.; Chan, W. C.; Greiner, T. C.; Weisenburger, D. D.; Armitage, J. O.; Warnke, R.; Levy, R.; Wilson, W.; Grever, M. R.; Byrd, J. C.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Staudt, L. M. Nature 2000, 403, 503-511.
6. Golub, T. R.; Slonim, D. K.; Tamayo, P.; Huard, C.; Gaasenbeek, M.; Mesirov, J. P.; Coller, H.; Loh, M. L.; Downing, J. R.; Caligiuri, M. A.; Bloomfield, C. D.; Lander, E. S. Science 1999, 286, 531-537.
7. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 947-955.
8. Tirumalai, R. S.; Chan, K. C.; Prieto, D. A.; Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D. Mol. Cell. Proteomics 2003.
9. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
10. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437-473.
11. Hillenkamp, F.; Karas, M.; Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1991, 63, 1193A-1203A.
12. Petricoin, E. F.; Ardekani, A. M.; Hitt, B. A.; Levine, P. J.; Fusaro, V. A.; Steinberg, S. M.; Mills, G. B.; Simone, C.; Fishman, D. A.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. Lancet 2002, 359, 572-577.
13. Li, J.; Zhang, Z.; Rosenzweig, J.; Wang, Y. Y.; Chan, D. W. Clin. Chem. 2002, 48, 1296-1304.
14. Adam, B. L.; Qu, Y.; Davis, J. W.; Ward, M. D.; Clements, M. A.; Cazares, L. H.; Semmes, O. J.; Schellhammer, P. F.; Yasui, Y.; Feng, Z.; Wright, G. L., Jr. Cancer Res. 2002, 62, 3609-3614.
15. Richter, R.; Schulz-Knappe, P.; Schrader, M.; Standker, L.; Jurgens, M.; Tammen, H.; Forssmann, W. G. J. Chromatogr., B: Biomed. Sci. Appl. 1999, 726, 25-35.
16. Qu, Y.; Adam, B. L.; Yasui, Y.; Ward, M. D.; Cazares, L. H.; Schellhammer, P. F.; Feng, Z.; Semmes, O. J.; Wright, G. L., Jr. Clin. Chem. 2002, 48, 1835-1843.
17. Wu, B.; Abbott, T.; Fishman, D.; McMurray, W.; Mor, G.; Stone, K.; Ward, D.; Williams, Williams, K.; Zhao, H. Bioinformatics 2003, 19, 1636-1643.
18. Tanwar, M. K.; Gilbert, M. R.; Holland, E. C. Cancer Res. 2002, 62, 4364-4368.
19. Azuaje, F. BMC Bioinformatics 2003, 4, 5.
20. Wang, M. Z.; Howard, B.; Campa, M. J.; Patz, E. F., Jr.; Fitzgerald, M. C. Proteomics 2003, 3, 1661-1666.
21. Erdjument-Bromage, H.; Lui, M.; Lacomis, L.; Grewal, A.; Annan, R. S.; McNulty, D. E.; Carr, S. A.; Tempst, P. J Chromatogr., A 1998, 826, 167-181.
22. Burtis, C. A., Ashwood, E. R., Eds. Tietz Fundamentals of Clinical Chemistry, 5th ed.; W. B. Saunders Co.: Philadelphia, PA, 2001.
23. Turner, M. W.; Hulme, B. The Plasma Proteins: An introduction; Pitman Medical & Scientific Publishing Co.: London, 1970.
24. Cohen, S. L.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1996, 68, 31-37.
25. Holland, E. C. Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 120-129.
26. Chong, B. E.; Hamler, R. L.; Lubman, D. M.; Ethier, S. P.; Rosenspire, A. J.; Miller, F. R. Anal. Chem. 2001, 73, 1219-1227.
27. Pan, W. Bioinformatics 2002, 18, 546-554.
28. Wagner, M.; Naik, D.; Pothen, A. Proteomics 2003, 3, 1692-1698.