Declining plasma fibrinogen alpha fragment identifies HER2-positive breast cancer patients and reverts to normal levels after surgery

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 11, 2006, Pages 2947-2955

  Shi, Qian ^a,b   Harris, Lyndsay N ^a   Lu, Xin ^c   Li, Xiaochun ^d   Hwang, Justin ^a   Gentleman, Robert ^e   Iglehart, J Dirk ^a,f   Miron, Alexander ^a  

^a DANA FARBER CANCER INSTITUTE   (United States)

^b FUDAN UNIVERSITY   (China)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d HARVARD SCHOOL OF PUBLIC HEALTH   (United States)

^e Fred Hutchinson Cancer Research Center   (United States)

^f BRIGHAM AND WOMEN S HOSPITAL   (United States)

Author keywords

Breast cancer; Fibrinogen; HER2; Plasma; Proteomics

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2; ESTROGEN RECEPTOR; FIBRINOGEN; PROGESTERONE RECEPTOR;

AREA UNDER THE CURVE; ARTICLE; AUTOMATION; BREAST CANCER; CASE CONTROL STUDY; CONTROLLED STUDY; FIBRINOGEN BLOOD LEVEL; HUMAN; HUMAN TISSUE; LONGITUDINAL STUDY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; ROC CURVE; SAMPLING ERROR; STATISTICAL ANALYSIS; SURFACE ENHANCED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; VALIDATION PROCESS;

AMINO ACID SEQUENCE; AUTOMATION; BREAST NEOPLASMS; FALSE POSITIVE REACTIONS; FEMALE; FIBRINOGEN; HUMANS; LONGITUDINAL STUDIES; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; RECEPTOR, ERBB-2; REFERENCE VALUES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; ROBOTICS; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 33750998490     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060099u     Document Type: Article

References (55)

1. National Center for Health Statistics. SEER Cancer Statistics Review, 1973-1995, U.S. National Cancer Institute, Washington, DC, 1998.
2. Carter, C. L.; Allen, C.; Henson, D. E. Cancer 1989, 63, 181-7.
3. Valagussa, P.; Bonadonna, G.; Veronesi, U. Cancer 1978, 41, 1170-8.
4. Sorlie, T.; Perou, C. M.; Tibshirani, R.; Aas, T.; Geisler, S.; Johnsen, H.; Hastie, T.; Eisen, M. B.; van de Rijn, M.; Jeffrey, S. S.; Thorsen, T.; Quist, H.; Matese, J. C.; Brown, P. O.; Botstein, D.; Eystein Lonning, P.; Borresen-Dale, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10869-74.
5. Sorlie, T.; Tibshirani, R.; Parker, J.; Hastie, T.; Marron, J. S.; Nobel, A.; Deng, S.; Johnsen, H.; Pesich, R.; Geisler, S.; Demeter, J.; Perou, C. M.; Lonning, P. E.; Brown, P. O.; Borresen-Dale, A. L.; Botstein, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8418-23.
6. Wang, Z. C.; Lin, M.; Wei, L. J.; Li, C.; Miron, A.; Lodeiro, G.; Harris, L.; Ramaswamy, S.; Tanenbaum, D. M.; Meyerson, M.; Iglehart, J. D.; Richardson, A. Cancer Res. 2004, 64, 64-71.
7. Yarden, Y.; Sliwkowski, M. X. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 127-37.
8. Schnitt, S. J. J. Natl. Cancer Inst. Monogr. 2001, 22-6.
9. Perou, C. M.; Sorlie, T.; Eisen, M. B.; van de Rijn, M.; Jeffrey, S. S.; Rees, C. A.; Pollack, J. R.; Ross, D. T.; Johnsen, H.; Akslen, L. A.; Fluge, O.; Pergamenschikov, A.; Williams, C.; Zhu, S. X.; Lonning, P. E.; Borresen-Dale, A. L.; Brown, P. O.; Botstein, D. Nature 2000, 406, 747-52.
10. Miller, A. B.; Baines, C. J.; To, T.; Wall, C. Can. Med. Assoc. J. 1992, 147, 1459-76.
11. Seregni, E.; Coli, A.; Mazzucca, N. Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imaging 2004, 31 (Suppl. 1), S15-22.
12. Heer, K.; Kumai, H.; Read, J. R.; Fox, J. N.; Monson, J. R.; Kerin, M. J. Clin. Cancer Res. 2001, 7, 3491-4.
13. Karande, A. A.; Sridhar, L.; Gopinath, K. S.; Adiga, P. R. Int. J. Cancer 2001, 95, 277-81.
14. Tang, N.; Tornatore, P.; Weinberger, S. R. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 34-44.
15. Seibert, V.; Wiesner, A.; Buschmann, T.; Meuer, J. Pathol. Res. Pract. 2004, 200, 83-94.
16. Grizzle, W. E.; Semmes, O. J.; Basler, J.; Izbicka, E.; Feng, Z.; Kagan, J.; Adam, B. L.; Troyer, D.; Srivastava, S.; Thornquist, M.; Zhang, Z.; Thompson, I. M. Urol. Oncol. 2004, 22, 337-43.
17. Liu, J.; Zheng, S.; Yu, J. K.; Zhang, J. M.; Chen, Z. J. Zhejiang Univ., Sci. 2005, 6, 4-10.
18. Yu, J. K.; Chen, Y. D.; Zheng, S. World J. Gastroenterol. 2004, 10, 3127-31.
19. Chen, Y. D.; Zheng, S.; Yu, J. K.; Hu, X. Clin. Cancer Res. 2004, 10, 8380-5.
20. Tolson, J.; Bogumil, R.; Brunst, E.; Beck, H.; Eisner, R.; Humeny, A.; Kratzin, H.; Deeg, M.; Kuczyk, M.; Mueller, G. A.; Mueller, C. A.; Flad, T. Lab. Invest. 2004, 84, 845-56.
21. Wilson, L. L.; Tran, L.; Morton, D. L.; Hoon, D. S. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2004, 1022, 317-22.
22. Xiao, X.; Zhao, X.; Liu, J.; Guo, F.; Liu, D.; He, D. Sci. China, Ser. C: Life Sci. 2004, 47, 219-23.
23. Wadsworth, J. T.; Somers, K. D.; Cazares, L H.; Malik, G.; Adam, B. L.; Stack, B. C., Jr.; Wright, G. L., Jr.; Semmes, O. J. Clin. Cancer Res. 2004, 10, 1625-32.
24. Soltys, S. G.; Le, Q. T.; Shi, G.; Tibshirani, R.; Giaccia, A. J.; Koong, A. C. Clin. Cancer Res. 2004, 10, 4806-12.
25. Zhang, Z.; Bast, R. C., Jr.; Yu, Y.; Li, J.; Sokoll, L. J.; Rai, A. J.; Rosenzweig, J. M.; Cameron, B.; Wang, Y. Y.; Meng, X. Y.; Berchuck, A.; Van Haaften-Day, C.; Hacker, N. F.; de Bruijn, H. W.; van der Zee, A. G.; Jacobs, I. J.; Fung, E. T.; Chan, D. W. Cancer Res. 2004, 64, 5882-90.
26. Wang, Z.; Yip, C.; Ying, Y.; Wang, J.; Meng, X. Y.; Lomas, L.; Yip, T. T.; Fung, E. T. Clin. Chem. 2004, 50, 1939-42.
27. Becker, S.; Cazares, L. H.; Watson, P.; Lynch, H.; Semmes, O. J.; Drake, R. R.; Laronga, C. Ann. Surg. Oncol. 2004, 11, 907-14.
28. Pusztai, L.; Gregory, B. W.; Baggerly, K. A.; Peng, B.; Koomen, J.; Kuerer, H. M.; Esteva, F. J.; Symmans, W. F.; Wagner, P.; Hortobagyi, G. N.; Laronga, C.; Semmes, O. J.; Wright, G. L., Jr.; Drake, R. R.; Vlahou, A. Cancer 2004, 100, 1814-22.
29. Villanueva, J.; Shaffer, D. R.; Philip, J.; Chaparro, C. A.; Erdjument-Bromage, H.; Olshen, A. B.; Fleisher, M.; Lilja, H.; Brogi, E.; Boyd, J.; Sanchez-Carbayo, M.; Holland, E. C.; Cordon-Cardo, C.; Scher, H. I.; Tempst, P. J. Clin. Invest. 2006, 116, 271-84.
30. Liotta, L. A.; Petricoin, E. F.; Villanueva, J.; Philip, J.; Entenberg, D.; Chaparro, C. A.; Tanwar, M. K.; Holland, E. C.; Tempst, P.; Villanueva, J.; Shaffer, D. R.; Philip, J.; Chaparro, C. A.; Erdjument-Bromage, H.; Olshen, A. B.; Fleisher, M.; Lilja, H.; Brogi, E.; Boyd, J.; Sanchez-Carbayo, M.; Holland, E. C.; Cordon-Cardo, C.; Scher, H. I.; Tempst, P. J. Clin. Invest. 2006, 116, 26-30.
31. Villanueva, J.; Philip, J.; Entenberg, D.; Chaparro, C. A.; Tanwar, M. K.; Holland, E. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 2004, 76, 1560-70.
32. Mani, D. R.; Gillette, M. A. In Next Generation of Data-Mining Application?, Kantardzic, M., Zurada, J., Eds.; Wiley-IEEE Press: Piskataway, NJ, 2005.
33. Zhang, X. G.; Lu, X.; Xu, X. Q.; Leung, H. E.; Wong, W. H.; Liu, J. S. 2006, manuscript in preparation.
34. Breiman, L. Mach. Learning 2001, 45, 5-32.
35. Duda, R. O.; Hart, P. E. Pattern Classification and Scene Analysis; John Wiley & Sons: New York, 1973.
36. Metz, C. E. Semin. Nucl. Med. 1978, 8, 283-98.
37. Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Coombes, K. R. Bioinformatics 2004, 20, 777-85.
38. Gillette, M. A.; Mani, D. R.; Carr, S. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 1143-54.
39. Qu, Y.; Adam, B. L.; Yasui, Y.; Ward, M. D.; Cazares, L. H.; Schellhammer, P. F.; Feng, Z.; Semmes, O. J.; Wright, G. L., Jr. Clin. Chem. 2002, 48, 1835-43.
40. Vlahou, A.; Laronga, C.; Wilson, L.; Gregory, B.; Fournier, K.; McGaughey, D.; Perry, R. R.; Wright, G. L., Jr.; Semmes, O. J. Clin. Breast Cancer 2003, 4, 203-9.
41. Paweletz, C. P.; Trock, B.; Pennanen, M.; Tsangaris, T.; Magnant, C.; Liotta, L. A.; Petricoin, E. F., III. Dis. Markers 2001, 17, 301-7.
42. Ambroise, C.; McLachlan, G. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6562-6.
43. Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Wang, J.; Gold, D.; Xiao, L. C.; Coombes, K. R. Proteomics 2003, 3, 1667-72.
44. Yasui, Y.; Pepe, M.; Thompson, M. L.; Adam, B. L.; Wright, G. L., Jr.; Qu, Y.; Potter, J. D.; Winget, M.; Thornquist, M.; Feng, Z. Biostatistics 2003, 4, 449-63.
45. Bail, G.; Mian, S.; Holding, F.; Allibone, R. O.; Lowe, J.; Ali, S.; Li, G.; McCardle, S.; Ellis, I. O.; Creaser, C.; Rees, R. C. Bioinformatics 2002, 18, 395-404.
46. Coombes, K. R.; Pritsche, H. A., Jr.; Clarke, C.; Chen, J. N.; Baggerly, K. A.; Morris, J. S.; Xiao, L. C.; Hung, M. C.; Kuerer, H. M. Clin. Chem. 2003, 49, 1615-23.
47. Simpson-Haidaris, P. J.; Rybarczyk, B. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2001, 936, 406-25.
48. Gray, A. J.; Park, P. W.; Broekelmann, T. J.; Laurent, G. J.; Reeves, J. T.; Stenmark, K. R.; Mecham, R. P. J. Biol. Chem. 1995, 270, 26602-6.
49. Thompson, W. D.; Smith, E. B.; Stirk, C. M.; Wang, J. Blood Coagulation Fibrinolysis 1993, 4, 113-5.
50. Francis, C. W.; Bunce, L. A.; Sporn, L. A. Blood Cells 1993, 19, 291-306; discussion 306-7.
51. Greiling, D.; Clark, R. A. J. Cell Sci. 1997, 110 (Pt 7), 861-70.
52. Skogen, W. F.; Senior, R. M.; Griffin, G. L.; Wilner, G. D. Blood 1988, 71, 1475-9.
53. Ye, B.; Cramer, D. W.; Skates, S. J.; Gygi, S. P.; Pratomo, V.; Fu, L.; Horick, N. K.; Licklider, L. J.; Schorge, J. O.; Berkowitz, R. S.; Mok, S. C. Clin. Cancer Res. 2003, 9, 2904-11.
54. O'Reilly, M. S.; Boehm, T.; Shing, Y.; Fukai, N.; Vasios, G.; Lane, W. S.; Flynn, E.; Birkhead, J. R.; Olsen, B. R.; Folkman, J. Cell 1997, 88, 277-85.
55. Blackwell, K.; Haroon, Z.; Broadwater, G.; Berry, D.; Harris, L.; Iglehart, J. D.; Dewhirst, M.; Greenberg, C. J. Clin. Oncol. 2000, 18, 600-8.