Experimental and theoretical studies of protein folding-unfolding

Journal of the Chinese Chemical Society

Volumn 51, Issue 5 B, 2004, Pages 1161-1173

  Shiu, Y J ^a   Su, Catherlene ^a   Yeh, Y L ^a   Liang, K K ^a,d   Hayashi, M ^b   Mo, Yan ^c   Yan, Yijing ^c   Lin, S H ^a  

^a INSTITUTE OF ATOMIC AND MOLECULAR SCIENCES   (Taiwan)

^b NATIONAL TAIWAN UNIVERSITY   (Taiwan)

^c HONG KONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Hong Kong)

^d NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

Cytochrome c; Free energy; Ising model; Mean field theory; Protein folding unfolding

Indexed keywords

EID: 33746072954     PISSN: 00094536     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jccs.200400172     Document Type: Article

References (62)

1. Wu, H. Chin. J. Physiol. 1991, 5, 321.
2. Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223.
3. Levinthal, C. J. Chim. Phys. 1968, 65, 44.
4. Bryngelson, J. C.; Wolynes, P. G. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6902.
5. Sivaraman, T.; Kumar, T. K. S.; Tu, Y. T.; Wang, W.; Lin, W. Y.; Chen, H. M.; Yu, C. Biochem. Biophys. Rev. Commun. 1999, 260, 284.
6. Agashe, V. R.; Shastry, M. C. R.; Udganokar, J. B. Nature 1999, 377, 754.
7. Karplus, M.; Weaver, D. L. Nature 1976, 260, 404.
8. Karplus, M.; Weaver, D. L. Protein Sci. 1994, 3, 650.
9. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459.
10. Baldwin, R. L. Trends. Biochem. Sci. 1989, 14, 291.
11. Uzawa, T.; Akiyama, S.; Kimura, T.; Takahashi, S.; Ishimoi, K.; Morishima, I.; Fujisawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 1171.
12. Zwanzig, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 148.
13. Baker, D. Nature 2000, 405, 39.
14. Guerois, R.; Serano, L. J. Mol. Biol. 2000, 304, 967.
15. Dill, Ken A. Biochemistry 1985, 24, 1501.
16. Sadqi, M.; Lapidus, L. J.; Muñoz, V. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 12117.
17. Muñoz, V.; Eaton, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 11311.
18. Dickerson, R. E.; Takano, T.; Eisenberg, D.; Kallai, O.; Samson, L.; Cooper, A.; Margoliash, E. J. Mol. Biol. 1971, 62, 283.
19. Mines, G. A.; Pascher, T.; Lee, S. C.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Chem. & Biol. 1996, 3, 491.
20. Sauder, J. M.; Roder, H. Folding & Design 1998, 3, 293.
21. Diederix, R. E. M.; Ubbink, M.; Canters, G. W. Biochem. 2002, 41, 13067.
22. Moosavi-Movahedi, A. A.; Chamani, J.; Goto, Y.; Hakimelahi, G. H. J. Biochem. 2003, 133, 93.
23. Santoro, M. M.; Bolen, B. T. Biochemistry 1988, 27, 8063.
24. Kamatri, Y. O.; Konno, T.; Kataka, M.; Akasaka, K. J. Mol. Biol. 1996, 259, 512.
25. Konermann, L.; Douglas, D. J. Biochemistry 1997, 36, 12296.
26. Pernilla, W. S. Protein Science 1999, 8, 1523.
27. Chen, H. M.; Dimagno, T. J.; Wang, W.; Leung, E.; Lee, C. H.; Chan, S. I. Eur. J. Biochem. 1999, 267, 599.
28. Andersen, N. H.; Nørgaard, A.; Jensen, T. J.; Ulstrup, J. J. Inorg. Chem. 2002, 88, 316.
29. Chamani, J.; Moosavi-Movahedi, A. A.; Saboury, A. A.; Gharanfoli, M.; Hakimelahi, G. H. J. Chem. Thermodynamics 2003, 35, 199.
30. Xu, A.-H. Nancy; Yeung, E. S. Science 1998, 281, 1650.
31. Kim, J.; Somorjai, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3150.
32. Cheng, Y.-Y.; Lin, S. H.; Chang, H.-C.; Su, M.-C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10687.
33. Tsong, T. Y. Biochem. 1975, 14, 1542.
34. Tsong, T. Y. J. Biolog. Chem. 1974, 249, 1988.
35. Akiyama, S.; Takahashi, S.; Ishimoi, K.; Morishima, I. Nat. Str. Bio. 2000, 7, 514.
36. Herbold, C. W.; Miller, J. H.; Goheen, S. C. J. Chromatogr. A 1999, 863, 137.
37. Chan, H. S. Proteins 2000, 40, 543.
38. Kaya, H.; Chan, H. S. Proteins 2000, 40, 637.
39. Gō, N. Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183.
40. Gō, N.; Abe, H.; Mizuno, H.; Taketomi, H. In Protein Folding; Jaenicke, R., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 1980; pp. 81-167.
41. Ueda, Y.; Taketomi, H.; Gō, N. Biopolymers 1978, 17, 1531.
42. Wang, J.; Wang, W. Nature Struct. Biol. 1999, 6, 1033.
43. Kaya, H.; Chan, H. S. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4823.
44. Kaya, H.; Chan, H. S. Proteins 2003, 52, 510.
45. Knott, M.; Kaya, H.; Chan, H. S. Polymer 2004, 45, 623.
46. Muñoz, V. Current Opt. Struct. Biol. 2001, 11, 212.
47. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, A. Nature 1997, 390, 196.
48. Flammini, A.; Banavar, J. R.; Maritan, A. Europhys. Lett. 2002, 58, 623.
49. Bruscolini, P.; Pelizzola, A. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 258101.
50. Liang, K. K.; Hayashi, M.; Shiu, Y. J.; Mo, Y.; Shao, J.; Yan, J.; Lin, S. H. J. Chin. Chem. Soc. 2003, 50, 335.
51. Liang, K. K.; Hayashi, M.; Shiu, Y. J.; Mo, Y.; Shao, J.; Yan, J.; Lin, S. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 5300.
52. Babul, J.; Stellwagen, E. Biochemistry 1972, 7, 1195.
53. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1978, 23, 8420.
54. Koppenol, W. H.; Margoliash, E. J. J. Biol. Chem. 1982, 257, 4426.
55. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Proteins Struct. Fund. Genet. 1995, 21, 167.
56. Huang, C. Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 2788.
57. Myers, J. K.; Oas, T. G. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 783.
58. Potekhin, S.; Pfeil, W. Biophys. Chem. 1989, 34, 55.
59. Kuroda, Y.; Kidokoro, S.; Wada, A. Mol. Biol. 1992, 223, 660.
60. Kamiyama, T.; Sadahide, Y.; Nogusa, Y.; Gekko, K. Biochem. Biophys. Acta 1999, 1434, 44.
61. Satoh, T.; Itoga, A.; Isogai, Y.; Kurihara, M.; Yamada, S.; Natori, M.; Suzuki, N.; Suruga, K.; Kawachi, R.; Arahira, M.; Nishio, T.; Fukazawa, C.; Oku, T. FEBS Lett. 2002, 531, 543.
62. Goto, Y.; Calciano, L. J.; Fink, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 573.