Four stage liquid chromatographic selection of methionyl peptides for peptide-centric proteome analysis: The proteome of human multipotent adult progenitor cells

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 6, 2006, Pages 1415-1428

  Gevaert, Kris ^a   Pinxteren, Jef ^a   Demol, Hans ^a   Hugelier, Koen ^a   Staes, An ^a   Van Damme, Jozef ^a   Martens, Lennart ^a   Vandekerckhove, Joël ^a  

^a GHENT UNIVERSITY   (Belgium)

Author keywords

COFRADIC; Diagonal chromatography; Gel free proteomics; Multidimensional chromatography

Indexed keywords

METHIONINE; PROTEASOME; PROTEIN TYROSINE KINASE; PROTEOME; SULFINIC ACID DERIVATIVE; SULFOXIDE; UBIQUITIN;

ARTICLE; CATION EXCHANGE; CELL DIFFERENTIATION; CELL ISOLATION; CELL LINE; CELL PROLIFERATION; CELL RENEWAL; EVALUATION; FRACTIONATION; GENE EXPRESSION; HUMAN; HUMAN CELL; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; MULTIPOTENT STEM CELL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ADULT; CELL DIFFERENTIATION; CELL LINE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; CHROMOSOMES, HUMAN; HUMANS; METHIONINE; MULTIPOTENT STEM CELLS; PEPTIDES; PROTEIN-TYROSINE KINASES; PROTEOME; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; UBIQUITIN;

EID: 33744986528     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060026a     Document Type: Article

References (55)

1. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
2. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
3. Yates, J. R., 3rd; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
4. Nagano, K.; Taoka, M.; Yamauchi, Y.; Itagaki, C.; Shinkawa, T.; Nunomura, K.; Okamura, N.; Takahashi, N.; Izumi, T.; Isobe, T. Proteomics 2005, 5, 1346-1361.
5. Sandhu, C.; Connor, M.; Kislinger, T.; Slingerland, J.; Emili, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 674-689.
6. Tyan, Y. C.; Jong, S. B.; Liao, J. D.; Liao, P. C.; Yang, M. H.; Liu, C. Y; Klauser, R.; Himmelhaus, M.; Grunze, M. J. Proteome Res. 2005, 4, 748-757.
7. Wang, H.; Qian, W. J.; Mottaz, H. M.; Clauss, T. R.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Camp, D. G., 2nd; Khan, A. H.; Sforza, D. M.; Pallavicini, M.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2397-2403.
8. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
9. Chen, H. S.; Rejtar, T.; Andreev, V.; Moskovets, E.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2005, 77, 7816-7825.
10. Perkins, J. R.; Smith, B.; Gallagher, R. T.; Jones, D. S.; Davis, S. C.; Hoffman, A. D.; Tomer, K. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 670-684.
11. Wang, M. Z.; Fitzgerald, M. C. Anal. Chem. 2001, 73, 625-631.
12. Issaq, H. J.; Janini, G. M.; Chan, K. C.; Veenstra, T. D. J. Chromatogr. A 2004, 1053, 37-42.
13. Fliser, D.; Wittke, S.; Mischak, H. Electrophoresis 2005, 26, 2708-2716.
14. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
15. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
16. Brown, J. R.; Hartley, B. S. Biochem. J. 1966, 101, 214-228.
17. Gevaert, K.; Van Damme, J.; Goethals, M.; Thomas, G. R.; Hoorelbeke, B.; Demol, H.; Martens, L.; Puype, M.; Staes, A.; Vandekerckhove, J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 896-903.
18. Gevaert, K.; Goethals, M.; Martens, L.; Van Damme, J.; Staes, A.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 566-569.
19. Gevaert, K.; Ghesquiere, B.; Staes, A.; Martens, L.; Van Damme, J.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J. Proteomics 2004, 4, 897-908.
20. Gevaert, K.; Staes, A.; Van Damme, J.; De Groot, S.; Hugelier, K.; Demol, H.; Martens, L.; Goethals, M.; Vandekerckhove, J. Proteomics 2005, 5, 3589-3399.
21. Pinxteren, J. A. Craeye, D.; Raedt R.; Waeytens, A.; Plum, J. and Bart Vandekerckhove, B. A. Biochem. Soc. Trans. 2004, 32S, G016.
22. Kersey, P. J.; Duarte, J.; Williams, A.; Karavidopoulou, Y.; Birney, E.; Apweiler, R. Proteomics 2004, 4, 1985-1988.
23. Martens, L.; Hermjakob, H.; Jones, P.; Taylor, C.; Gevaert, K.; Vandekerckhove, J.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 3537-3545.
24. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
25. Turecek, F.; Drinkwater, D. E.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7696-7701.
26. Lagerwerf, F. M.; van de Weert, M.; Heerma, W.; Haverkamp, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1905-1910.
27. Jiang, X.; Smith, J. B.; Abraham, E. C. J. Mass Spectrom. 1998, 31, 1309-1310.
28. Steen, H.; Mann, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 228-232.
29. Moore, S. J. Biol. Chem. 1963, 238, 235-237.
30. Hirs, C. H. W. Methods Enzymol. 1967, 11, 197-199.
31. Dal, J.; Zhang, Y.; Wang, J.; Li, X.; Lu, Z.; Cal, Y.; Qian, X. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 1130-1138.
32. Van Damme, P.; Martens, L.; Van Damme, J.; Hugelier, K.; Staes, A.; Vandekerckhove, J. and Gevaert, K. Nat. Methods 2005, 2, 771-777.
33. Liu, P.; Feasley, C. L.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A. 2004, 1047, 221-227.
34. Hao, P.; He, W. Z.; Huang, Y.; Ma, L. X.; Xu, Y.; Xi, H.; Wang, C.; Liu, B. S.; Wang, J. M.; Li, Y. X.; Zhong, Y. Bioinformatics 2005, 21, 2142-2143.
35. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
36. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537-542.
37. Rappsilber, J.; Ryder, U.; Lamond, A. I.; Mann, M. Genome Res. 2002, 12, 1231-1245.
38. Sanders, S. L.; Jennings, J.; Canutescu, A.; Link, A. J.; Weil, P. A. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 4723-4738.
39. Allet, N.; Barrillat, N.; Baussant, T.; Boiteau, C.; Botti, P.; Bougueleret, L.; Budin, N.; Canet, D.; Carraud, S.; Chiappe, D.; Christmann, N.; Colinge, J.; Cusin, I.; Dafflon, N.; Depresle, B.; Fasso, I.; Frauchiger, P.; Gaertner, H.; Gleizes, A.; Gonzalez-Couto, E.; Jeandenans, C.; Karmime, A.; Kowall, T.; Lagache, S.; Mahe, E.; Masselot, A.; Mattou, H.; Moniatte, M.; Niknejad, A.; Paolini, M.; Perret, F.; Pinaud, N.; Ranno, F.; Raimondi, S.; Reffas, S.; Regamey, P. O.; Rey, P. A.; Rodriguez-Tome, P.; Rose, K.; Rossellat, G.; Saudrais, C.; Schmidt, C.; Villain, M.; Zwahlen, C. Proteomics 2004, 4, 2333-2351.
40. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1265-1272.
41. Martens, L.; Van Damme, J.; Staes, A.; Timmerman, E.; Ghesquière, B.; Van Damme, P.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. Proteomics 2005, 5, 3193-3204.
42. Gururaja, T.; Li, W.; Noble, W. S.; Payan, D. G.; Anderson, D. C. J. Proteome Res. 2003, 2, 394-404.
43. Kuhne, C.; Banks, L. J. Biol. Chem. 1998, 273, 34302-34309.
44. Colter, D. C., Sekiya, I.; Prockop, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 7841-7845.
45. Reyes, M.; Lund, T.; Lenvik, T.; Aguiar, D.; Koodie, L.; Verfafflie, C. M. Blood 2001, 98, 2615-2625.
46. D'Ippolito, G.; Diabira, S.; Howard, G. A.; Menei, P.; Roos, B. A.; Schiller, P. C. J. Cell Sci. 2004, 117, 2971-2981.
47. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580.
48. Moller, S.; Croning, M. D.; Apweiler, R. Bioinformatics 2001, 17, 646-653.
49. Quirici, N.; Soligo, D.; Bossolasco, P.; Servida, F.; Lumini, C.; Deliliers, G. L. Exp. Hematol. 2002, 30, 783-791.
50. Linnekin, D.; DeBerry, C. S.; Mou, S. J. Biol. Chem. 1997, 272, 27450-27455.
51. Daheron, L.; Opitz, S. L.; Zaehres, H.; Lensch, W. M.; Andrews, P. W.; Itskovitz-Eldor, J.; Daley, G. Q. Stem Cells 2004, 22, 770-778.
52. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29.
53. Zhang, H.; Yan, W.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 66-75.
54. Gevaert, K.; Van Damme, P.; Martens, L.; Vandekerckhove, J. Anal. Biochem. 2005, 345, 18-29.
55. Spengler, B.; Kirsch, D.; Kaufmann, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 198-202.