Excited-state dynamics of carotenoids in light-harvesting complexes. 2. Dissecting pulse structures from optimal control experiments

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 11, 2006, Pages 5737-5746

  Papagiannakis, Emmanouil ^a   Vengris, Mikas ^a,b   Valkunas, Leonas ^b,c   Cogdell, Richard J ^d   Van Grondelle, Rienk ^a   Larsen, Delmar S ^e  

^a VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

^b VILNIUS UNIVERSITY   (Lithuania)

^c CENTER FOR PHYSICAL SCIENCES AND TECHNOLOGY   (Lithuania)

^d UNIVERSITY OF GLASGOW   (United Kingdom)

^e UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; MATHEMATICAL MODELS; OPTIMIZATION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

ANNIHILATION; CAROTENOIDS; LIGHT-HARVESTING COMPLEXES; MULTIPUMP-PROBE (PPP) SPECTROSCOPY; POPULATION DYNAMICS;

HYDROCARBONS;

EID: 33645668361     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054634+     Document Type: Article

References (51)

1. Assion, A.; Baumert, T.; Bergt, M.; Brixner, T.; Kiefer, B.; Seyfried, V.; Strehle, M.; Gerber, G. Science 1998, 282, 919.
2. Brumer, P.; Shapiro, M. Sci. Am. 1995, 272, 56.
3. Rice, S. A. Science 1992, 258, 412.
4. Rice, S. A.; Zhao, M. Optical Control of Molecular Dynamics; Wiley-Interscience: New York, 2000.
5. Kennis, J. T. M.; Larsen, D. S.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; van Thor, J. J.; van Grondelle, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 52, 17988.
6. Bardeen, C. J.; Yakovlev, V. V.; Wilson, K. R.; Carpenter, S. D.; Weber, P. M.; Warren, W. S. Chem. Phys. Lett. 1997, 280, 151.
7. Prokhorenko, V. I.; Nagy, A. M.; Miller, R. J. D. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184502.
8. Daniel, C.; Full, J.; González, L.; Lupulescu, C.; Manz, J.; Merli, A.; Vajda, S.; Wöste, L. Science 2003, 299, 536.
9. Daniel, C.; Full, J.; Gonzalez, L.; Kaposta, C.; Krenz, M.; Lupulescu, C.; Manz, J.; Minemoto, S.; Oppel, M.; Rosendo-Francisco, P.; Vajda, S.; Woste, L. Chem. Phys. 2001, 267, 247.
10. Weinacht, T. C.; White, J. L.; Bucksbaum, P. H. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10166.
11. Yip, F. L.; Mazziotti, D. A.; Rabitz, H. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7264.
12. Zhu, W. S.; Rabitz, H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3619.
13. Zhu, W. S.; Rabitz, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 472.
14. Zhu, W. S.; Botina, J.; Rabitz, H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1953.
15. Weiner, A. M. Rev. Sci. Instrum. 2000, 71, 1929.
16. Verluise, F.; Laude, V.; Cheng, Z.; Spielmann, C.; Tournois, P. Opt. Lett. 2000, 25, 575.
17. Meshulach, D.; Yelin, D.; Silberberg, Y. J. Opt. Soc. Am. B 1998, 15, 1615.
18. Herek, J. L.; Wohlleben, W.; Cogdell, R. J.; Zeidler, D.; Motzkus, M. Nature 2002, 417, 533.
19. Meshulach, D.; Silberberg, Y. Nature 1998, 396, 239.
20. Wohlleben, W.; Buckup, T.; Herek, J. L.; Cogdell, R. J.; Motzkus, M. Biophys. J. 2003, 85, 442.
21. Rondonuwu, F. S.; Yokoyama, K.; Fujii, R.; Koyama, Y.; Cogdell, R., J,; Watanabe, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 390, 314.
22. Macpherson, A. N.; Arellano, J. B.; Fraser, N. J.; Cogdell, R. J.; Gillbro, T. Biophys. J. 2001, 80, 923.
23. Wohlleben, W.; Buckup, T.; Herek, J. L.; Motzkus, M. ChemPhysChem 2005, 6, 850.
24. Papagiannakis, E.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R.; Larsen, D. S. J. Phys. Chem. B 2005, 110, 5727.
25. Larsen, D. S.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; van der Horst, M.; de Weerd, F. L.; Hellingwerf, K.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2004, 87, 1858.
26. Papagiannakis, E.; Larsen, D. S.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; Hiller, R. G.; van Grondelle, R. Biochemistry 2004, 43, 15303.
27. Larsen, D. S.; Papagiannakis, E.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; Kennis, J. T. M.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 733.
28. Larsen, D. S.; Papagiannakis, E.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; Kennis, J. T. M.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 733.
29. Wohlleben, W.; Buckup, T.; Hashimoto, H.; Cogdell, R. J.; Herek, J. L.; Motzkus, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3320.
30. Sundström, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327.
31. Rondonuwu, F. S.; Watanabe, Y.; Zhang, J. P.; Furuichi, K.; Koyama, Y. Chem. Phys. Lett. 2002, 357, 376.
32. Trinkunas, G.; Herek, J. L.; Polivka, T.; Sundström, V.; Pullerits, T. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4167.
33. van Amerongen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific: Singapore, 2000.
34. van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 147.
35. Brüggemann, B.; Herek, J. L.; Sundström, V.; Pullerits, T.; May, V. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11391.
36. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
37. Valkunas, L.; van Grondelle, R.; Larsen, D. S., manuscript in preparation.
38. Batista, V. S.; Brumer, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 10321.
39. Brumer, P.; Shapiro, M. Chem. Phys. 1989, 139, 221.
40. Hornung, T.; Meier, R.; Motzkus, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 326, 445.
41. Demtröder, W. Laser Spectroscopy, 2nd ed.; Pergamon Press: New York, 1987.
42. Valkunas, L.; Trinkunas, G.; Liuolia, V.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1995, 69, 1117.
43. Papagiannakis, E.; Kennis, J. T. M.; van Stokkum, I. H. M.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6017.
44. Pope, M.; Swanberg, C. E. Electronic Processes in Organic Crystals and Polymers; Oxford University Press: New York, 1999.
45. Gadermaier, C.; Cerullo, G.; Sansone, G.; Leising, G.; Scherf, U.; Lanzani, G. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 117402.
46. Groot, M. L.; van Grondelle, R.; Leegwater, J. A.; van Mourik, F. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7869.
47. Castner, E. W.; Maroncelli, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1987, 86, 1090.
48. Mandal, D.; Tahara, T.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1102.
49. Vengris, M.; van der Horst, M.; Zgrablic, G.; van Stokkum, I. H. M.; Haacke, S.; Chergui, M.; Hellingwerf, K. J.; van Grondelle, R.; Larsen, D. S. Biophys. J. 2004, 87, 1848.
50. Hasson, K. C.; Gai, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15124.
51. van Dijk, E. M. H. P.; Hernando, J.; Garcia-Lopez, J.-J.; Crego-Calama, M.; Reinhoudt, D. N.; Kuipers, L.; Garcia-Parajo, M. F.; van Hulst, N. F. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 078302.