Diffusion coefficients as a monitor of reaction kinetics of biological molecules

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 8, Issue 5, 2006, Pages 545-557

  Terazima, Masahide ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; CYTOCHROME C; DRUG DERIVATIVE;

BIOPHYSICS; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; DIFFUSION; HYDROGEN BOND; KINETICS; LASER; MACROMOLECULE; PHOTOCHEMISTRY; PROTEIN FOLDING; REVIEW;

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; BIOPHYSICS; CIRCULAR DICHROISM; CYTOCHROMES C; DIFFUSION; HYDROGEN BONDING; KINETICS; LASERS; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; PHOTOCHEMISTRY; PROTEIN FOLDING;

EID: 33645461050     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b513509e     Document Type: Review

References (84)

1. K. Takeshita N. Hirota M. Terazima J. Photochem. Photobiol. A 2000 134 103 109
2. K. Takeshita N. Hirota Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga M. Terazima J. Am. Chem. Soc. 2000 l22 8524 8528
3. M. Sakakura S. Yamaguchi N. Hirota M. Terazima J. Am. Chem. Soc. 2001 123 4286 4294
4. Y. Nishioku M. Nakagawa M. Tsuda M. Terazima Biophys. J. 2001 80 2922 2927
5. M. Sakakura I. Morishima M. Terazima J. Phys. Chem. B 2001 105 10424 10434
6. M. Sakakura I. Morishima M. Terazima Biochemistry 2002 41 4837 4846
7. Y. Nishioku M. Nakagawa M. Tsuda M. Terazima Biophys. J. 2002 83 1136 1146
8. Y. Nishihara M. Sakakura Y. Kimura M. Terazima J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11877 11888
9. M. Terazima Bull. Chem. Soc. Jpn. 2004 77 23 41
10. K. Takeshita N. Hirota Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga M. Terazima J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8524 8528
11. K. Takeshita Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga M. Terazima Biochemistry 2002 41 3037 3048
12. K. Takeshita Y. Imamoto M. Kataoka K. Mihara F. Tokunaga M. Terazima Biophys. J. 2002 83 1567 1577
13. M. Terazima J. Photochem. Photobiol. C 2002 24 1 28
14. E. L. Cussler, Diffusion, Cambridge University Press, Cambridge, 2nd edn, 1997
15. H. J. V. Tyrrell and K. R. Harris, Diffusion in Liquids, Butterworth, London, 1984
16. H. Yamakawa, Modern Theory of Polymer Solutions, Harper and Row, NewYork, 1971
17. L. J. Gosting, Adv. Protein Chem., Academic press, NewYork, 1956
18. D. Magde E. Elson W. W. Webb Phys. Rev. Lett. 1972 29 705
19. E. L. Elson D. Magde Biopolymers 1974 13 1
20. S. R. Aragon R. Pecora Biopolymers 1975 14 119
21. U. Meseth T. Wohland R. Rigler H. Vogel Biophys. J. 1999 76 1619
22. V. A. Bloomfield, in Dynamic light scattering, ed., R. Pecora,, Plenum, NewYork, 1985
23. B. J. Berne and R. Pecora, Dynamic Light Scattering with Applications to Chemistry, Biology and Physics, John Wiley and Sons Inc., NewYork, 1976
24. K. S. Schmitz, An Introduction to Dynamic Light Scattering by Macromolecules, Academic Press, London, 1990
25. M. R. Merrill J. Magn. Reson., Ser. A 1993 103 223 225
26. D. K. Wilkins S. B. Grimshaw V. Receveur C. M. Dobson J. A. Jones L. J. Smith Biochemistry 1999 38 16424 16431
27. M. Terazima Acc. Chem. Res. 2000 33 687 694
28. H. J. Eichler, P. Günter and D. W. Pohl, Laser Induced Dynamic Gratings, Springer-Verlag, Berlin, 1986
29. M. D. Fayer Annu. Rev. Phys. Chem. 1982 33 63
30. R. J. D. Miller Ann. Rev. Phys. Chem. 1991 42 581
31. H. Kogelnik Bell System Tech. J. 1969 48 2909
32. M. Terazima, in Advances in Multiphoton Processes and Spectroscopy, ed., S. H. Lin,,, A. A. Villaeys, and, Y. Fujimura,, World Scientific, Singapore, 1996
33. M. Terazima Adv. Photochem. 1998 24 255 338
34. M. Terazima N. Hirota J. Chem. Phys. 1993 98 6257
35. M. Terazima K. Okamoto N. Hirota J. Phys. Chem. 1993 97 13387
36. M. Terazima K. Okamoto N. Hirota J. Mol. Liq. 1995 65/66 401 404
37. M. Terazima K. Okamoto N. Hirota J. Chem. Phys. 1995 102 2506 2515
38. K. Okamoto M. Terazima N. Hirota J. Chem. Phys. 1995 103 10445 10452
39. M. Terazima H. Tomioka K. Hirai Y. Tanimoto Y. Fujiwara Y. Akimoto J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1996 92 2361 2368
40. K. Okamoto N. Hirota M. Terazima J. Phys. Chem. A 1997 101 5269 5277
41. K. Okamoto N. Hirota M. Terazima J. Phys. Chem. A 1997 101 5380 5381
42. Y. Kimura D. Kanda M. Terazima N. Hirota J. Phys. Chem. B 1997 101 4442 4447
43. K. Okamoto N. Hirota M. Terazima J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998 94 185 194
44. M. Terazima K. Hirai H. Tomioka Chem. Phys. Lett. 1998 289 253 260
45. K. Okamoto N. Hirota M. Terazima J. Phys. Chem. A 1998 102 3447 3454
46. K. Okamoto N. Hirota T. Tominaga M. Terazima J. Phys. Chem. A 2001 105 6586 6593
47. K. Okamoto Y. Nogami T. Tominaga M. Terazima Chem. Phys. Lett. 2003 372 419 422
48. T. Ohmori Y. Kimura N. Hirota M. Terazima J. Phys. Chem. B 2003 107 5958 5966
49. G. Srinivas S. Bhattacharyya B. Bagchi J. Chem. Phys. 1999 110 4477 4482
50. R. Biswas S. Bhattacharyya B. Bagchi J. Phys. Chem. B 1998 102 3252 3256
51. A. Morita S. Kato J. Am. Chem. Soc. 1997 119 4021 4032
52. A. Morita S. Kato J. Chem. Phys. 1998 108 6818
53. J. Choi M. Terazima Photochem. Photobiol. Sci. 2003 2 767 773
54. M. G. Hibberd J. A. Dantzig D. R. Trentham Y. E. Goldman Science 1985 228 1317 1319
55. J. A. Dantzig H. Higuchi Y. E. Goldman Methods Enzymol. 1998 291 307 348
56. J. H. Kaplan H. Forbush III J. F. Hoffman Biochemistry 1978 17 1929 1935
57. Y. E. Goldman M. G. Hibberd J. A. McCray D. R. Trentham Nature 1982 300 701 705
58. Y. Tatsu T. Nishigaki A. Darszon N. Yumoto FEBS Lett. 2002 525 20 24
59. X. Du H. Frei S. Kim J. Biol. Chem. 2000 275 8492 8500
60. S. Abbruzzetti C. Viappiani J. R. Small L. J. Libertini E. W. Small J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6649 6653
61. Y. V. Il'ichev J. Wirz J. Phys. Chem. A 2000 104 7856 7870
62. T. Nada M. Terazima Biophys. J. 2003 85 1876 1881
63. S. Nishida T. Nada M. Terazima Biophys. J. 2004 87 2663 2675
64. S. Nishida T. Nada M. Terazima Biophys. J.
65. R. H. Pain, Mechanism of Protein Folding, Oxford University Press, Oxford, 2nd edn, 2000
66. C. M. Jones E. R. Henry Y. Hu C. Chan S. D. Luck A. Bhuyan H. Roder J. Hofrichter W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci., USA 1993 90 11860 11864
67. S. Abbruzzettri C. Viappiani J. R. Small L. J. Libertini E. W. Small J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6649 6653
68. A. K. Bhuyan J. B. Udgaonkar J. Mol. Biol. 2001 312 1135 1160
69. G. W. Bushnell G. V. Louie G. D. Brayer J. Mol. Biol. 1990 214 585 595
70. S. W. Englander T. R. Sosnick L. C. Mayne M. Shtilerman P. X. Qi Y. Bai Acc. Chem. Res. 1998 31 737 744
71. S. Godbole B. E. Bowler Biochemistry 1999 38 487 495
72. S. J. Hagen J. Hofrichter W. A. Eaton J. Phys. Chem. B 1997 101 2352 2365
73. E. Chen P. Wittung-Stefshede D. S. Kliger J. Am. Chem. Soc. 1999 121 3811 3817
74. T. Pascher J. P. Chesick J. R. Winkler H. B. Gray Science 1996 271 1558 1560
75. J. R. Telford P. Wittung-Stafshede H. B. Gray J. R. Winkler Acc. Chem. Res. 1998 31 755 763
76. J. R. Telford F. A. Tezcan H. B. Gray J. R. Winkler Biochemistry 1999 38 1944 1949
77. T. Pascher Biochemistry 2001 40 5812 5820
78. Y. Orii Biochemistry 1993 32 11910 11914
79. C. Tanford Adv. Prot. Chem. 1970 23 218
80. K. C. Aune C. Tanford Biochemistry 1969 8 4586 4590
81. S. E. Jackson A. R. Fersht Biochemistry 1991 30 10428 10435
82. J. K. Myers C. N. Pace J. M. Scholtz Protein Sci. 1995 4 2138 2148
83. J. N. Onuchic P. G. Wolynes Curr. Opin. Stat. Biol. 2004 14 70 75
84. A. M. Fernández-Escamilla M. S. Cheung M. C. Vega M. Wilmanns J. N. Onuchic L. Serrano Proc. Natl. Acad. Sci., USA 2004 101 2834 2839