Explaining the visible and near-infrared circular dichroism spectra of light-harvesting 1 complexes from purple bacteria: A modeling study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 7, 2006, Pages 3344-3353

  Georgakopoulou, Sofia ^a   Van Grondelle, Rienk ^a   Van Der Zwan, Gert ^a  

^a VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION SPECTROSCOPY; BACTERIA; CHLOROPHYLL; EXCITONS; HYDROCARBONS;

BACTERIOCHLOROPHYLL (BCHL); HIGH-RESOLUTION STRUCTURES; NONCONSERVATIVITY;

DIMERS;

EID: 33644889651     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp051794c     Document Type: Article

References (51)

1. Fleming, G. R.; van Grondelle, R. Phys. Today 1994, 47, 48-55.
2. Pullerits, T.; Sundström, V. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 381-389.
3. Hu, X. C.; Schulten, K. Phys. Today 1997, 50, 28-34.
4. Hu, X. C.; Damjanovic, A.; Ritz, T.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5935-5941.
5. Sundstrom, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327-2346.
6. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Miki, K.; Huber, R.; Michel, H. Nature 1985, 318, 618-624.
7. Karrasch, S.; Bullough, P. A.; Ghosh, R. EMBO J. 1995, 14, 631-638.
8. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 574, 517-521.
9. Koepke, J.; Hu, X. C.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581-597.
10. Fritzsch, G.; Koepke, J.; Diem, R.; Kuglstatter, A.; Baciou, L. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 1660-1663.
11. Roszak, A. W.; Howard, T. D.; Southall, J.; Gardiner, A. T.; Law, C. J.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J. Science 2003, 302, 1969-1972.
12. Papiz, M. Z.; Prince, S. M.; Howard, T. D.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1523-1538.
13. Sauer, K.; Cogdell, R. J.; Prince, S. M.; Freer, A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564-576.
14. Alden, R. G.; Johnson, E.; Nagarajan, V.; Parson, W. W.; Law, C. J.; Cogdell, R. G. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4667-4680.
15. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378-5386.
16. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9540-9553.
17. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4519-4528.
18. Linnanto, J.; Korppi-Tommopa, J. E. I.; Helenius, V. M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8739-8750.
19. Koolhaas, M. H. C.; van der Zwan, G.; Frese, R. N.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7262-7270.
20. Koolhaas, M. H. C.; Frese, R. N.; Fowler, G. J. S.; Bibby, T. S.; Georgakopoulou, S.; van der Zwan, G.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Biochemistry 1998, 37, 4693-4698.
21. Pullerits, T.; Chachisvilis, M.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10787-10792.
22. Novoderezhkin, V.; Monshouwer, R.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10540-10548.
23. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241-7248.
24. Georgakopoulou, S.; Frese, R. N.; Johnson, E.; Koolhaas, M. H. C.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R.; van der Zwan, G. Biophys. J. 2002, 82, 2184-2197.
25. Bahatyrova, S.; Frese, R. N.; Siebert, C. A.; Olsen, J. D.; van der Werf, K. O.; van Grondelle, R.; Niederman, R. A.; Bullough, P. A.; Otto, C.; Hunter, C. N. Nature 2004, 430, 1058-1062.
26. Bahatyrova, S.; Frese, R. N.; van der Werf, K. O.; Otto, C.; Hunter, C. N.; Olsen, J. D. J. Biol. Chem. 2004, M313039200.
27. Iida, K.; Inagaki, J. I.; Shinohara, M.; Suemori, Y.; Ogawa, M.; Dewa, T.; Nango, M. Langmuir 2005, 21, 3069-3075.
28. Scheuring, S.; Francia, F.; Busselez, J.; Melandri, B. A.; Rigaud, J. L.; Levy, D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 3620-3626.
29. Scheuring, S.; Levy, D.; Rigaud, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1712, 109-127.
30. Hu, X.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 75, 683-694.
31. Pandit, A.; van Stokkum, I. H. M.; Georgakopoulou, S.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. Photosynth. Res. 2003, 75, 235-248.
32. Parkes-Loach, P. S.; Sprinkle, J. R.; Loach, P. A. Biochemistry 1988, 27, 2718-2727.
33. Visschers, R. W.; Nunn, R.; Calkoen, F.; van Mourik, F.; Hunter, C. N.; Rice, D. W.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1992, 1100, 259-266.
34. Germeroth, L.; Lottspeich, F.; Robert, B.; Michel, H. Biochemistry 1993, 32, 5615-5621.
35. Georgakopoulou, S.; van Grondelle, R.; van der Zwan, G. Biophys. J. 2004, 87, 3010-3022.
36. Koolhaas, M. H. C.; van Mourik, F.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Lumin. 1994, 60-1, 515-519.
37. Koolhaas, M. H. C.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4489-4502.
38. Koolhaas, M. H. C.; van der Zwan, G.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1997, 72, 1828-1841.
39. Scherz, A.; Rosenbach-Belkin, V.; Fisher, J. R. E. In Chlorophylls; Scheer, H., Ed.; CRC Press: Boca Raton, 1991; pp 237-268.
40. Georgakopoulou, S.; Cogdell, R. J.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 655-658.
41. Mukamel, S. In Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Lapp, M., Nishizawa, J.-I., Snavely, B. B., Stark, H., Tarn, A. C., Wilson, T., Eds.; Oxford University Press: New York, Oxford, 1995; pp 209-259.
42. Brunisholz, R. A.; Zuber, H. J. Photochem. Photobiol., B 1992, 15, 113-140.
43. Cogdell, R. J.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1985, 42, 669-678.
44. Georgakopoulou, S.; van der Zwan, G.; Olsen, J. D.; Niederman, R. A.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. 2006, 110, 3354-3361.
45. Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Cogdell, R. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2543-2553.
46. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560-10567.
47. Novoderezhkin, V.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6025-6037.
48. Britton, G. In Carotenoids; Britton, G., Liaaen-Jensen, S., Pfander, H., Eds.; Birkhäuser: Basel, Boston, Berlin, 1995; Vol. 1B (Spectroscopy), pp 13-62.
49. Weiss, C. In The Porphyrins; Dolphin, D., Ed.; Academic Press: New York, San Francisco, London, 1978; Vol. III, pp 211-223.
50. Gasymov, O. K.; Abduragimov, A. R.; Yusifov, T. N.; Glasgow, B. J. Anal. Biochem. 2003, 318, 300-308.
51. Gall, A.; Cogdell, R. J.; Robert, B. Biochemistry 2003, 42, 7252-7258.