Analysis of interactions between luciferase and si substrates using molecular dynamics simulations

Japanese Journal of Applied Physics, Part 1: Regular Papers and Short Notes and Review Papers

Volumn 45, Issue 2 A, 2006, Pages 1021-1025

  Nishiyama, Katsuhiko ^a,c   Watanabe, Takanobu ^a,c   Hoshino, Tadatsugu ^b,c   Ohdomari, Iwao ^a  

^a WASEDA UNIVERSITY   (Japan)

^b CHIBA UNIVERSITY   (Japan)

^c JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

Biomedical application; Luciferase; MD; Molecular dynamics simulations; Nanostructure; Protein chip; Si substrates

Indexed keywords

ADSORPTION; COMPUTER SIMULATION; HYDROPHILICITY; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; WATER;

BIOMEDICAL APPLICATION; LUCIFERASE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NANOSTRUCTURE; PROTEIN CHIP; SI SUBSTRATES;

SILICON;

EID: 32244442512     PISSN: 00214922     EISSN: 13474065     Source Type: Journal    
DOI: 10.1143/JJAP.45.1021     Document Type: Article

References (18)

1. T. Tanii, T. Goto, T. Iida, M. K. Masahara and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 40 (2001) L1135.
2. H. Itoh, A. Takahasi, K. Adachi, H. Noji, R. Yasuda, M. Yoshida and K. Kinosita, Jr.: Nature 427 (2004) 465.
3. J. Buijs, W. Norde and J. W. Th. Lichtenbelt: Langmuir 12 (1996) 1605.
4. C. F. Wertz and M. M. Santore: Langmuir 18 (2002) 1190.
5. Y. R. Kim, H. J. Paik, C. K. Ober, G. W. Coates and C. A. Batt: Biomacromolecules 5 (2004) 889.
6. Y. S. Lee and M. Mrksich: Trends Biotechnol. 20 (2002) s14.
7. H. Zhu and M. Snyder: Curr. Opin. Chem. Biol. 7 (2003) 55.
8. M. Koh, S. Sawara, T. Goto, Y. Ando, T. Shimada and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 39 (2000) 2186.
9. M. Koh, S. Sawara, T. Goto, Y. Ando, T. Shimada and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 39 (2000) 5352.
10. K. Nishiyama, T. Watanabe, T. Hoshino and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 44 (2005) 8210.
11. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singth, P. K. Weiner and P. A. Kollman: AMBER7, University of California, San Francisco, 2002.
12. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar and J. D. Madura: J. Chem. Phys. 79 (1983) 926.
13. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Jr. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Qrtiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople: Gaussian98 revision A.7 (Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1998).
14. H. Ohde, D. Katagiri, H. Ishikawa, S. Neya, M. Hata and T. Hoshino: in preparation for publication.
15. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola and J. R. Haak: J. Chem. Phys. 81 (1984) 3684.
16. T. Darden, D. York and L. Pedersen: J. Chem. Phys. 98 (1993) 10089.
17. P. A. Kollman, I. Massova, C. Reyes, B. Kuhn, S. Huo, L. Chong, M. Lee, T. Lee, Y. Duan, W. Wang, O. Donini, P. Cieplak, J. Srinivasan, D. A. Case and T. E. Cheatham: Acc. Chem. Res. 33 (2000) 889.
18. B. R. Branchini, R. A. Magyar, M. H. Murtiashaw, S. M. Anderson and M. Zimmer: Biochemistry 37 (1998) 15311.