Analysis of interactions between green fluorescent protein and silicon substrates using molecular dynamics simulations

Japanese Journal of Applied Physics, Part 1: Regular Papers and Short Notes and Review Papers

Volumn 44, Issue 11, 2005, Pages 8210-8215

  Nishiyama, Katsuhiko ^a,c   Watanabe, Takanobu ^a,c   Hoshino, Tadatsugu ^b,c   Ohdomari, Iwao ^a  

^a WASEDA UNIVERSITY   (Japan)

^b CHIBA UNIVERSITY   (Japan)

^c JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

Biomedical application; GFP; Green fluorescent protein; MD; Molecular dynamics simulations; Nanostructure; Protein chip; Si substrates

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; FLUORESCENCE; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; SILICON;

GREEN FLUORESCENT PROTEIN; PROTEIN CHIP; SI SUBSTRATE;

PROTEINS;

EID: 31544431715     PISSN: 00214922     EISSN: 13474065     Source Type: Journal    
DOI: 10.1143/JJAP.44.8210     Document Type: Article

References (22)

1. J. Buijs, W. Norde and J. W. Th. Lichtenbelt: Langmuir 12 (1996) 1605.
2. T. Tanii, T. Goto, T. Iida, M. K. Masahara and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 40 (2001) L1135.
3. H. Itoh, A. Takahasi, K. Adachi, H. Noji, R. Yasuda, M. Yoshida and K. Kinosita, Jr.: Nature 427 (2004) 465.
4. C. F. Wertz and M. M. Santore: Langmuir 18 (2002) 1190.
5. Y. R. Kim, H. J. Paik, C. K. Ober, G. W. Coates and C. A. Batt: Biomacromolecules 5 (2004) 889.
6. Y. S. Lee and M. Mrksich: Trends Biotechnol. 20 (2002) s14.
7. H. Zhu and M. Snyder: Curr. Opin. Chem. Biol. 7 (2003) 55.
8. M. Koh, S. Sawara, T. Goto, Y. Ando, T. Shimada and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 39 (2000) 2186.
9. M. Koh, S. Sawara, T. Goto, Y. Ando, T. Shimada and I. Ohdomari: Jpn. J. Appl. Phys. 39 (2000) 5352.
10. M. C. L. Maste, W. Norde and A. J. W. G. Visser: J. Colloid Interface Sci. 196 (1997) 224.
11. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singth, P. K. Weiner and P. A. Kollman: AMBER7 University of California, San Francisco, 2002.
12. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar and J. D. Madura: J. Chem. Phys. 79 (1983) 926.
13. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M, Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Qrtiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople: Gaussian98 revision A.7 (Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1998).
14. H. Ohde, D. Katagiri, H. Ishikawa, S. Neya, M. Hata and T. Hoshino: in preparation for publication.
15. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola and J. R. Haak: J. Chem. Phys. 81 (1984) 3684.
16. T. Darden, D. York and L. Pedersen; J. Chem. Phys. 98 (1993) 10089.
17. P. A. Kollman, I. Massova, C. Reyes, B. Kuhn, S. Huo, L. Chong, M. Lee, T. Lee, Y. Duan, W. Wang, O. Donini, P. Cieplak, J. Srinivasan, D. A. Case and T. E. Cheatham: Acc. Chem. Res. 33 (2000) 889.
18. D. Sitkoff, K. A. Sharp and B. Honig: J. Phys. Chem. 98 (1994) 1978.
19. J. A. McCammon, B. R. Gelin, M. Karplus and P. G. Wolynes: Nature 262 (1976) 325.
20. J. Yguerabide, H. F. Epstein and L. Stryer: J. Mol. Biol. 51 (1970) 57.
21. T. Noda, S. Furuta and I. Suda: Carbohydrate Polym. 44 (2001) 189.
22. C. H. Scheyhing, F. Meersman, M. A. Ehrmann, K. Heremans and R. F. Vogel: Biopolymers 65 (2002) 244.