Hybrid QM/MM potentials of mean force with interpolated corrections

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 24, 2004, Pages 8427-8433

  Ruiz Pernía, J Javier ^a   Silla, Estanislao ^a   Tuñón, Iñaki ^a   Martí, Sergio ^b   Moliner, Vicent ^b  

^a UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

^b UNIVERSITAT JAUME I   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; CATALYSIS; COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SIMULATION; CORRELATION METHODS; FREE ENERGY; HAMILTONIANS; INTERPOLATION; MOLECULAR DYNAMICS; POLARIZATION; POTENTIAL ENERGY; QUANTUM THEORY; SOLUTIONS;

FREE ENERGY PERTURBATION (FEP); MOLECULAR MECHANICS; POTENTIAL ENERGY SURFACES; POTENTIALS OF MEAN FORCE (PMF);

REACTION KINETICS;

EID: 3042691605     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049633g     Document Type: Article

References (67)

1. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
2. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 6, 700-733.
3. Théry, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J. L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. G. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269-282.
4. Gao, J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298-305.
5. Tuñón, I.; Millot, C.; Martins-Costa, M. T. C.; Ruiz-López, M. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 3633-3642.
6. Field, M. J.; Albe, M.; Bret, C.; Proust-de Martin, F.; Thomas, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1088-1100.
7. Kollman, P. A.; Kuhn, B.; Donini, O.; Peräkylä, M.; Stanton, R.; Bakowies, D. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 72-79.
8. Villà, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7887-7907.
9. Mullholland, A. J. Theor. Comput. Chem. 2001, 9, 597-653.
10. Gao, J.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467-505.
11. Field, M. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 48-58.
12. Rivail, J. L.; Rinaldi, D.; Ruiz-López, M. F. In Theoretical and Computational Models for Organic Chemistry; Formosinho, S. J., Arnaut, L., Csizmadia, I., Eds.; Kluwer: Dodrecht, The Netherlands, 1991.
13. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
14. Cramer, C. J.; Thrular, D. G. In Reviews in Computacional Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1995; Vol. 6, pp 1-72.
15. Kollman, P. A.; Kuhn, B.; Donini, O.; Peräkylä, M.; Stanton, R.; Bakowies, D.; Acc. Chem. Res. 2001, 34, 72.
16. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282.
17. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
18. Pople, J. A.; Santry, D. P.; Segal, G. A. J. Chem. Phys. 1965, 43, 129-135.
19. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909.
20. Stewart, J. J. P. J. Comput. Aided Mol. Des. 1990, 4, 1-105.
21. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218-6226.
22. Warshel, A. In Computer modelling of chemical reactions in enzymes and solutions; John Wiley & Sons: New York, 1991.
23. González-Lafont, A.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4618-4627.
24. Lau, E. Y.; Kahn, K.; Bash, P. A.; Bruice, T. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9937-9942.
25. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1768-1798.
26. (a) Alhambra, C.; Corchado, J. C.; Sanchez, M. L.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8197-8203.
27. (b) Devi-Kesavan, L. A.; García-Viloca, M.; Gao, J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 133-139.
28. Strajbl, M.; Hong, G.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 13333-13343.
29. Corchado, J. C.; Coitiño, E. L.; Chuang, Y.; Fast, P. L.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2424-2438.
30. Chuang, Y.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1140-1149.
31. Nguyen, K. A.; Rossi, I.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5522.
32. Moliner, V.; Turner, A. J.; Williams, I. H. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1997, 1271-1272.
33. Turner, A. J.; Moliner, V.; Williams, I. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 1323-1331.
34. Schmidt, M. W., Gordon, M. S.; Dupuis, M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 2585-2589.
35. (a) Renka, R. J. SIAM J. Stat. Comput. 1987, 8, 393.
36. (b) Renka, R. J. ACM Trans. Math. Software 1993, 19, 81.
37. Menshutkin, N. Z Phys. Chem. 1890, 5, 589.
38. Solà, M.; Lledos, A.; Duran, M.; Bertran, J.; Abboud, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2873.
39. Chuang, Y.-Y.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 887-896.
40. Castejon, H.; Wiberg, K. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2139-2146.
41. Dillet, V.; Rinaldi, D.; Bertrán, J.; Rivail, J. L. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9437-9444.
42. Gao, J.; Xia, X. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9667-9675.
43. Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7796
44. Naka, K.; Sato, H.; Morita, A.; Hirata, F.; Kato, S. Theor. Chem. Acc. 1999, 102, 165-169.
45. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
46. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
47. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
48. Field, M. J. A practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1999.
49. Schenter, G. K.; Garrett, B. C.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5828-5833.
50. Okamoto, K.; Fukui, S.; Shingu, H. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1967, 40, 1920.
51. (b) Okamoto, K.; Fukui, S.; Nitta, I.; Shingu, H. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1967, 40, 2354.
52. Alhambra, C.; Corchado, J.; Sánchez, M. A.; García-Viloca, Truhlar, D. G.; M.; Gao, J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 177-190.
53. Stratt, R. M.; Cho, M. J. Chem. Phys. 1994, 100, 6700-6706.
54. Haslam, E. Shikimic Acid: Metabolism and Metabolites; John Wiley & Sons: New York, 1993.
55. Chook, Y. M.; Ke, H.; Lipscomb, W. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8600-8603.
56. Cload, S. T.; Liu, D. R.; Pastor, R. M.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1787-1788.
57. Kast, P.; Asif-Ullah, M.; Hilvert, D. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 2691-2694.
58. Mandai, A.; Hilvert, D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5598-5599.
59. Lyne, P. D.; Mulholland, A. J.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11345-11350.
60. Martí, S.; Andrés, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tuñón. I.; Bertrán, J.; Field, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1709-1712.
61. Martí, S.; Andrés, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tuñón, I.; Bertrán, J. Chem. Eur. J. 2003, 9, 984-991.
62. Hur, S.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1472-1473.
63. Strajbl, M.; Shurki, A.; Kato, M.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10228-10237.
64. Ranaghan, K. E.; Ridder, L.; Szefczyk, B.; Sokalski, W. A.; Hermann, J. C.; Mulholland, A. J. Mol. Phys. 2003, 107, 2696-2714.
65. (a) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B. 1988, 37, 785-789.
66. (b) Becke, A. D. Phys. Rev. A. 1988, 38, 3098-3100.
67. Hu, W.-P.; Liu, Y.-P.; Truhlar, D. G. J. Chem. Faraday Trans. 1994, 90, 1715-1725.