Making sense of molecular signatures in the immune system

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 7, Issue 3, 2004, Pages 231-238

  Davies, Nicholas J ^a   Tadesse, Mahlet G T ^b   Vannucci, Marina ^b   Kikuchi, Hugh ^a   Trevino, Victor ^a   Sarti, Donatella ^a   Dragoni, Ilaria ^d   Contestabile, Andrea ^e   Zanders, Edward ^c   Falciani, Francesco ^a  

^a UNIVERSITY OF BIRMINGHAM   (United Kingdom)

^b TEXAS A AND M UNIVERSITY   (United States)

^c Purely Proteins Ltd   (United Kingdom)

^d Novartis Inst for Medical Sciences   (United Kingdom)

^e UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

Author keywords

Bioinformatics; Gene expression profiling; Immune system; Lymphocytes; Microarray

Indexed keywords

ACUTE GRANULOCYTIC LEUKEMIA; CELL DIFFERENTIATION; CELL FUNCTION; CELL HETEROGENEITY; CHRONIC INFLAMMATION; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOMICS; IMMUNE SYSTEM; IMMUNOCOMPETENT CELL; LYMPHOCYTE SUBPOPULATION; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; RHEUMATOID ARTHRITIS; STEM CELL; STROMA CELL;

EID: 2942537703     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1386207043328805     Document Type: Review

References (38)

1. Burdon, T.; Smith, A.; Savatier, P. Trends. Cell. Biol., 2002, 12, 432.
2. Niwa, H. Cell Struct. Funct., 2001, 26, 137.
3. Ramalho-Santos, M.; Yoon, S.; Matsuzaki, Y.; Mulligan, R. C.; Melton, D. A. Science, 2002, 298, 597.
4. Sperger, J. M.; Chen, X.; Draper, J. S.; Antosiewicz, J. E.; Chon, C. H. ; Jones, S. B.; Brooks, J. D.; Andrews, P. W.; Brown, P. O.; Thomson, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003, 100, 13350.
5. Akashi, K.; He, X.; Chen, J.; Iwasaki, H.; Niu, C.; Steenhard, B.; Zhang, J.; Haug, J.; Li, L. Blood, 2003, 101, 383.
6. Graf, T. Blood, 2002, 99, 3089.
7. Lagasse, E.; Shizuru, J. A.; Uchida, N.; Tsukamoto, A.; Weissman, I. L. Immunity, 2001, 14, 425.
8. Alizadeh, A. A.; Eisen, M. B.; Davis, R. E.; Ma, C.; Lossos, I. S.; Rosenwald, A.; Boldrick, J. C.; Sabet, H.; Tran, T.; Yu, X.; Powell, J. I.; Yang, L.; Marti, G. E.; Moore, T.; Hudson, J. Jr.; Lu, L.; Lewis, D. B.; Tibshirani, R.; Sherlock, G.; Chan, W. C.; Greiner, T. C.; Weisenburger, D. D.; Armitage, J. O.; Warnke, R.; Levy, R.; Wilson, W.; Grever, M. R.; Byrd, J. C.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Staudt, L. M. Nature, 2000, 403, 503.
9. Alizadeh, A. A.; Staudt, L. M. Curr. Opin. Immunol., 2000, 12, 219.
10. Ma, C.; Staudt, L. M. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 2001, 356, 83.
11. O'Connor, B. P.; Cascalho, M.; Noelle, R. J. J. Exp. Med., 2002, 195, 737.
12. Slifka, M. K.; Antia, R.; Whitmire, J. K.; Ahmed, R. Immunity, 1998, 8, 363.
13. Tarte, K.; Zhan, F.; De Vos, J.; Klein, B.; Shaughnessy, J. Jr. Blood, 2003, 102, 592.
14. Salomon, B.; Bluestone, J. A. Annu. Rev. Immunol, 2001, 19, 225.
15. Teague, T. K.; Hildeman, D.; Kedl, R. M.; Mitchell, T.; Rees, W.; Schaefer, B. C.; Bender, J.; Kappler, J.; Marrack, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 12691.
16. Van Parijs, L.; Abbas, A. K. Science, 1998, 280, 243.
17. Diehn, M.; Alizadeh, A. A.; Rando, O. J.; Liu, C. L.; Stankunas, K.; Botstein, D.; Crabtree, G. R.; Brown, P. O. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 11796.
18. Macian, F.; Garcia-Rodriguez, C.; Rao, A. EMBO J., 2000, 19, 4783.
19. Parsonage, G.; Falciani, F.; Burman, A.; Filer, A.; Ross, E.; Bofill, M. ; Martin, S.; Salmon, M.; Buckley, C. D. Thromb. Haemost., 2003, 90, 688.
20. Alcalay, M.; Orleth, A.; Sebastiani, C.; Meani, N.; Chiaradonna, F.; Casciari, C.; Sciurpi, M. T.; Gelmetti, V.; Riganelli, D.; Minucci, S.; Fagioli, M.; Pelicci, P. G. Oncogene, 2001, 20, 5680.
21. Alcalay, M.; Meani, N.; Gelmetti, V.; Fantozzi, A.; Fagioli, M.; Orleth, A.; Riganelli, D.; Sebastiani, C.; Cappelli, E.; Casciari, C.; Sciurpi, M. T.; Mariano, A. R.; Minardi, S. P.; Luzi, L.; Muller, H.; Di Fiore, P. P.; Frosina, G.; Pelicci, P. G. J. Clin. Invest., 2003, 112, 1751.
22. Bahler, D. W.; Levy, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 6770.
23. Damle, R. N.; Wasil, T.; Fais, F.; Ghiotto, F.; Valetto, A.; Allen, S. L.; Buchbinder, A.; Budman, D.; Dittmar, K.; Kolitz, J.; Lichtman, S. M.; Schulman, P.; Vinciguerra, V. P.; Rai, K. R.; Ferrarini, M.; Chiorazzi, N. Blood, 1999, 94, 1840.
24. Hamblin, T. J.; Davis, Z.; Gardiner, A.; Oscier, D. G.; Stevenson, F. K. Blood, 1999, 94, 1848.
25. Rosenwald, A.; Staudt, L. M. Semin. Oncol., 2002, 29, 258.
26. Kraan, M. C.; Haringman, J. J.; Post, W. J.; Versendaal, J.; Breedveld, F. C.; Tak, P. P. Rheumatology (Oxford), 1999, 38, 1074.
27. Tak, P. P.; Smeets, T. J.; Daha, M. R.; Kluin, P. M.; Meijers, K. A.; Brand, R.; Meinders, A. E.; Breedveld, F. C. Arthritis Rheum., 1997, 40, 217.
28. van der Pouw Kraan, T. C.; van Gaalen, F. A.; Kasperkovitz, P. V.; Verbeet, N. L.; Smeets, T. J.; Kraan, M. C.; Fero, M.; Tak, P. P.; Huizinga, T. W.; Pieterman, E.; Breedveld, F. C.; Alizadeh, A. A.; Verweij, C. L. Arthritis Rheum., 2003, 48, 2132.
29. Szabo, A.; Boucher, K.; Carroll, W. L.; Klebanov, L. B.; Tsodikov, A. D. ; Yakovlev, A. Y. Math Biosci., 2002, 176, 71.
30. Morel, P. A., Front Biosci, 1998, 3, d338.
31. Sha, N.; Vannucci, M.; Brown, P. J.; Trower, M.; Amphlett, G.; Falciani, F. Comp. Funct. Genom., 2003, 4, 171.
32. Sha, N.; Vannucci, M.; Tadesse, M. G.; Brown, P. J.; Dragoni, I.; Davies, N.; Roberts, T. C.; Contestabile, A.; Salmon, M.; Buckley, C.; Falciani, F. Biometrics, 2004, In Press.
33. Brown, P. J.; Vannucci, M.; Fearn, T. J. Roy. Stat. Soc. B., 2002, 64, 519.
34. Kim, S. Y.; Imoto, S.; Miyano, S. Brief Bioinform, 2003, 4, 228.
35. Beal, M. J.; Falciani, F.; Ghahramani, Z.; Rangel, C.; Wild, D. Submitted to Bioinformatics, 2004.
36. Rangel, C.; Angus, J.; Ghahramani, Z.; Lioumi, M.; Sotheran, E.; Gaiba, A.; D., W.; Falciani, F. Bioinformatics, 2004, In Press.
37. Rangel, C.; Gharamani, Z.; Gaiba, A.; Wild, D.; Falciani, F. Proceedings of the International Conference on System biology, November 2001.
38. Rangel, C.; Angus, J.; Ghahramani, Z.; Wild, D. L. In Applications of probabilistic modelling in medical informatics and bioinformatics, Husmeier, D. ; Roberts, S.; Dybowski, R. Ed. Springer-Verlag: New York, In Press.