Screening and identification of linear B-cell epitopes and entry-blocking peptide of severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus using synthetic overlapping peptide library

Journal of Combinatorial Chemistry

Volumn 7, Issue 5, 2005, Pages 648-656

  Hu, Hongbo ^b   Li, Li ^a   Kao, Richard Y ^c   Kou, Binbin ^a   Wang, Zhanguo ^a   Zhang, Liang ^a   Zhang, Huiyuan ^b   Hao, Zhiyong ^b   Tsui, Wayne H ^c   Ni, Anping ^d   Cui, Lianxian ^b   Fan, Baoxing ^e   Guo, Feng ^b   Rao, Shuan ^b   Jiang, Chengyu ^b   Li, Qian ^f   Sun, Manji ^f   He, Wei ^b   Liu, Gang ^a  

^a INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b PEKING UNION MEDICAL COLLEGE   (China)

^c UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^d PEKING UNION MEDICAL COLLEGE HOSPITAL   (China)

^e CHINESE PLA GENERAL HOSPITAL   (China)

^f BEIJING INSTITUTE OF MICROBIOLOGY AND EPIDEMIOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EPITOPE; PEPTIDE LIBRARY; VIRUS ANTIGEN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; GENETICS; IMMUNOLOGY; MOLECULAR GENETICS; SARS CORONAVIRUS; SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME;

AMINO ACID SEQUENCE; ANTIGENS, VIRAL; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; EPITOPES, B-LYMPHOCYTE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE LIBRARY; SARS VIRUS; SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME;

EID: 27744442815     PISSN: 15204766     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cc0500607     Document Type: Article

References (45)

1. Ksizaek, T. G.; Goldsmith, C. S.; Zaki, S. R.; Peret, T.; Emery, S.; Tong, S.; Urbani, C.; et al. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1947-1959.
2. World Health Organization (WHO). www.who.int/csr/sars/en/.
3. Drosten, C.; Gunther, S.; Preiser, W.; van der Werf, S.; Brodt, H. R.; Becker, S.; Rabenau, H.; Panning, M.; Kolesnikova, L.; Fouchier, R. A.; Berger, A.; Burguiere, A. M.; Cinatl, J.; Eickmann, M.; Escriou, N.; Grywna, K.; Kramme, S.; Manuguerra, J. C.; Muller, S.; Rickerts, V.; Sturmer, M.; Vieth, S.; Klenk, H. D.; Osterhaus, A. D.; Schmitz, H.; Doerr, H. W.; et al. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1967-1976.
4. Li, W.; Moore, M. J.; Vasilieva, N.; Sui, J.; Wong, S. K.; Berne, M. A.; Somasundaran, M.; Sullivan, J. L.; Luzuriaga, K.; Greenough, T. C.; Choe, H.; Farzan, M.; et al. Nature 2003, 426, 450-454.
5. Xiao, X.; Chakraborti, S.; Dimitrov, A. S.; Gramatikoff, K.; Dimitrov, D. S.; et al. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 312, 1159-1164.
6. Wong, S. K.; Li, W.; Moore, M. J.; Choe, H.; Farzan, M.; et al. J. Biol. Chem. 2004, 30, 3197-201.
7. Yuan, K. H.; Yi, L.; Chen, J.; Qu, X. X.; Qing, T. T.; Rao, X.; Jiang, P. F.; Hu, J. H.; Xiong, Z. K.; Nie, Y. C.; Shi, X. L.; Wang, W.; Ling, C.; Yin, X. L.; Fan, K. Q.; Lai, L. H.; Ding, M. X.; Deng, H. K.; et al. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 319, 746-752.
8. Narayanan, K.; Chen, C. J.; Maeda, J.; Makino, S.; et al. J. Virol. 2004, 77, 2922-2927.
9. Wang, Y. D.; Sin, W. Y.; Xu, G. B.; Yang, H. H.; Wong, T. Y.; Pang, X. W.; He, X. Y.; Zhang, H. G.; Ng, J. N.; Cheng, C. S.; Yu, J.; Meng, L.; Yang, R. F.; Lai, S. T.; Guo, Z. H.; Xie, Y.; Chen, W. F.; et al. J. Virol. 2004, 78, 5612-5618.
10. Wang, B.; Chen, H.; Jiang, X.; Zhang, M.; Wan, T.; Li, N.; Zhou, X.; Wu, Y.; Yang, F.; Yu, Y.; Wang, X.; Yang, R.; Cao, X.; et al. Blood 2004, 104, 200-206.
11. Liu, G.; Cheng, G. F.; Li, L.; Yang, H. Z. T-cell epitopes specific for SARS-CoV; Patent Application No. CN 2004100745665.
12. Andres, C. J.; Swann, R. T.; Severino, J.; Grant-Young, K.; Edinger, K.; Mongillo, J.; Deshpande, M. S.; et al. Biotechnol. Bioeng. 1998, 61, 93-94.
13. Redman, J. E.; Ghadiri, M. R. Org. Lett. 2002, 4, 4467-4469.
14. Bagno, A.; Bicciato, S.; Dettin, M.; Di Bello, C. J. Pept. Res. 1997, 50, 231-237.
15. Ho, T. Y.; Wu, S. L.; Cheng, S. E.; Wei, Y. C.; Huang, S. P.; Hsiang, C. Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 313, 938-947.
16. Harlow, E.; Lane, D. Using Antibodies: A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Plainview, NY, 1998.
17. Combinatorial Peptide and Non-Peptide Libraries, a Handbook; Jung, G., Ed.; VCH: New York, 1996.
18. (a) Geysen, H. M.; Meloen, R. H.; Barteling, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 3998-4002.
19. (b) Geysen, H. M.; Rodda, S. J.; Mason, T. J.; Tribbick, G.; Schoofs, P. G. J. Immunol. Methods 1987, 102, 259-274.
20. (a) Liu, G.; Lam, K. S. "One-Bead One-Compound" Combinatorial Library Method. In Combinatorial Chemistry, Practical Approach; Fenniri, H., Ed.; Oxford University Press: New York, 2000; Chapter 2, pp 33-49.
21. (b) Lam, K. S.; Salmon, S. E.; Hersh, E. M.; Hruby, V. J.; Kazmierski, W. M.; Knapp, R. J. Nature 1991, 354, 82-84.
22. Furka, A. Comb. Chem. High Throughput Screening 2000, 3, 197-209.
23. (a) Houghten, R. A.; Pinilla, C.; Blondelle, S. E.; Appel, J. R.; Dooley, C. T.; Cuervo, J. H. Nature 1991, 354 (6348), 84-6.
24. (b) Pinilla, C.; Appel, J. R.; Houghten, R. A. Methods Mol. Biol. 1996, 66, 171-179.
25. Panicker, R. C.; Huang, X.; Yao, S. Q. Comb. Chem. High Throughput Screening 2004, 7 (6), 547-556.
26. (a) Nicolaou, K. C.; Xiao, X. Y.; Parandoosh, Z.; Senyei, A.; Nova, M. P. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 2289-2291. (
27. b) Xiao, X. Y.; Zhao, C.; Postash, H.; Nova, M. P. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1997, 36, 780-782.
28. Marshall, E.; Enserink, M. Science 2004, 303, 944-946.
29. Subbarao, K.; McAuliffe, J.; Vogel, L.; Fahle, G.; Fischer, S.; Tatti, K.; Packard, M.; Shieh, W. J.; Zaki, S.; Murphy, B. J. Virol. 2004, 78, 3572-3577.
30. Gao, W.; Tamin, A.; Soloff, A.; D'Aiuto, L.; Nwanegbo, E.; Robbins, P. D.; Bellini, W. J.; Barratt-Boyes, S.; Gambotto, A. Lancet 2003, 362, 1895-1896.
31. Yang, Z. Y.; Kong, W. P.; Huang, Y.; Roberts, A.; Murphy, R. B.; Subbarao, K.; Nabel, G. J. Nature 2004, 428, 561-564.
32. Kim, T. W.; Lee, J. H.; Hung, C. F.; Peng, S. W.; Roden, R.; Wang, M. C.; Viscidi, R.; Tsai, Y. C.; He, L. M.; Chen, P. J.; Boyd, D. A. K.; Wu, T. C. J. Virol. 2004, 78, 4638-4645.
33. Oba, Y. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 2034-2035.
34. Wang, H.; Ding, Y.; Li, X.; Yang, L.; Zhang, W.; Kang, W. N. Engl. J. Med. 2003, 349, 507-508
35. Enserink, M. Science 2004, 304, 1097.
36. Wang, J.; Wen, J.; Li, J.; Yin, J.; Zhu, Q.; Wang, H.; Yang, Y.; Qin, E.; You, B.; Li, W.; Li, X.; Huang, S.; Yang, R.; Zhang, X.; Yang, L.; Zhang, T.; Yin, Y.; Cui, X.; Tang, X.; Wang, L.; He, B.; Ma, L.; Lei, T.; Zeng, C.; Fang, J.; Yu, J.; Wang, J.; Yang, H.; West, M. B.; Bhatnagar, A.; Lu, Y.; Xu, N.; Liu, S. Clin. Chem. 2003, 49, 1989-1996.
37. Lin, Y.; Shen, X.; Yang, R. F.; Li, Y. X.; Ji, Y. Y.; He, Y. Y.; Shi, M. D.; Lu, W.; Shi, T. L.; Wang, J.; Wang, H. X.; Jiang, H. L.; Shen, J. H.; Xie, Y. H.; Wang, Y.; Pei, G.; Shen, B. F.; Wu, J. R.; Sun, B. Cell Res. 2003, 13, 141-145.
38. Hua, R.; Zhou, Y.; Wang, Y.; Hua, Y.; Tong, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 319, 929-935.
39. Chen, Z.; Pei, D.; Jiang, L.; Song, Y.; Wang, J.; Wang, H.; Zhou, D.; Zhai, J.; Du, Z.; Li, B.; Qiu, M.; Han, Y.; Guo, Z.; Yang, R. Clin. Chem. 2004, 50, 988-95.
40. He, Y.; Zhou, Y.; Wu, H.; Luo, B.; Chen, J.; Li, W.; Jiang, S. J. Immunol. 2004, 173, 4050-4057.
41. Narayanan, K.; Kim, K. H.; Makino, S. Virus Res. 2003, 98, 131-140.
42. Zhang, H.; Wang, G.; Li, J.; Nie, Y.; Shi, X.; Lian, G.; Wang, W.; Yin, X.; Zhao, Y.; Qu, X.; Ding, M.; Deng, H. J. Virol. 2004, 78, 6938-6945.
43. Prabakaran, P.; Xiao, X.; Dimitrov, D. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 314, 235-241.
44. Liu, S.; Xiao, G.; Chen, Y.; He, Y.; Niu, J.; Escalante, C. R.; Xiong, H.; Farmar, J.; Debnath, A. K.; Tien, P.; Jiang, S. Lancet 2004, 363, 938-947.
45. He, Y.; Zhou, Y.; Liu, S.; Kou, Z.; Li, W.; Farzan, M.; Jiang, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 324, 773-781.