Scoring single-nucleotide polymorphisms at the single-molecule level by counting individual DNA cleavage events on surfaces

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 20, 2005, Pages 6594-6600

  Nie, Bei ^a   Shortreed, Michael R ^a   Smith, Lloyd M ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMPLIFICATION; CELLS; DNA; FLUORESCENCE; GENES; OPTIMIZATION;

DNA MOLECULES; FLUORESCENCE MICROSCOPY; ROLLING CIRCLE AMPLIFICATION (RCA); SURFACE DENSITY;

GENETIC ENGINEERING;

DNA; FLUORESCENT DYE; GENOMIC DNA; SINGLE STRANDED DNA;

ARTICLE; DNA CLEAVAGE; DNA SEQUENCE; FLUORESCENCE MICROSCOPY; GENE AMPLIFICATION; GENE TARGETING; GENETIC VARIABILITY; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

DNA; GENE FREQUENCY; GENOME, HUMAN; HUMANS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; NUCLEOTIDES; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SURFACE PROPERTIES; VARIATION (GENETICS);

EID: 27144529891     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac051025p     Document Type: Article

References (35)

1. Wang, W.; Barratt, B. J.; Clayton, D. G.; Todd, J. A. Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 109-118.
2. Kruglyak, L. Nat. Genet. 1997, 17, 21-24.
3. Gunderson, K. L.; Steemers, F. J.; Lee, G.; Mendoza, L. G.; Chee, M. S. Nat. Genet. 2005, 37, 549-554.
4. Melton, L. Nature 2003, 422, 917-923.
5. Lu, M.; Hall, J. G.; Shortreed, M. R.; Wang, L.; Berggren, W. T.; Stevens, P. W.; Kelso, D, M.; Lyamichev, V.; Neri, B.; Skinner, J. L.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7924-7931.
6. Olivier, M.; Chuang, L.; Chang, M.; Chen, Y.; Pei, D.; Ranade, K.; Witte, A. D.; Nguyet, J. A.; Pratt, R.; Neri, B.; Wang, L.; David, R.; Cox, D. R. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e53.
7. Chen, Y.; Shortreed, M. R.; Peelen, D.; Lu, M.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3016-3017.
8. Paez, J. G.; Lin, M.; Beroukhim, R.; Lee, J. C.; Zhao, X.; Richter, D. J.; Gabriel, S.; Herman, P.; Sasaki, H.; Altshuler, D.; Li, C.; Meyerson, M.; Sellers, W. R. Nucleic Acids Res. 2004, 32, e71.
9. Tzvetkov, M. V.; Becker, C.; Kulle, B.; Nurnberg, P.; Brockmoller, J.; Wojnowski, L. Electrophoresis 2005, 26, 710-715.
10. Hosono, S.; Faruqi, A. F.; Dean, F. B.; Du, Y.; Sun, Z.; Wu, X; Du, J.; Kingsmore, S. F.; Egholm, M.; Lasken, R. S. Genome Res. 2003, 13, 954-964.
11. Dean, F. B.; Hosono, S.; Fang, L.; Wu, X.; Faruqi, A. F.; Ward, P. B.; Sun, Z.; Zong, Q.; Du, Y.; Du, J.; Driscoll, M.; Song, W.; Kingsmore, S. F.; Egholm, M.; Lasken, R. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5261-5266.
12. Syvänen, A. C. Nat. Genet. 2005, 37, S5-10.
13. Nallur, G.; Luo, C.; Fang, L.; Cooley, S.; Dave, V.; Lambert, J.; Kukanskis, K.; Kinsmore, K.; Lasken, R.; Schweitzer, B. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e118.
14. Lyamichev, V. I.; Mast, A. L.; Hall, J. G.; Prudent, J. R; Kaiser, M. W.; Takova, T.; Kwiatkowski, R. W.; Sander, T. J.; de Arruda, M.; Arco, D. A. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 292-296.
15. Lyamichev, V. I.; Kaiser, M. W.; Lyamicheva, N. E.; Vologodskii, A. V.; Hall, J. G.; Ma, W. P.; Allawi, H. T.; Neri, B. P. Biochemistry 2000, 39, 9523-9532.
16. Hall, J. G.; Eis, P. S.; Law, S. M.; Reynaldo, L. P.; Prudent, J. R.; Marshall, D. J.; Allawi, H. T.; Mast, A. L.; Dahlberg, J. E.; Kwiatkowski, R. W.; de Arruda, M.; Neri, B. P.; Lyamichev, V. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8272-8277.
17. Chen, Y.; Shortreed, M. R.; Olivier, M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 2005, 77, 2400-2405.
18. Brookes, A. J. Gene 1999, 234, 177-186.
19. Glen Research Corp. User Guide to DNA Modification and Labeling; 1996.
20. Lizardi, P. M.; Huang, X.; Zhu, Z.; Bray-Ward, P.; Thomas, D. C.; Ward, D. C. Nat. Genet. 1998, 19, 225-232.
21. Zipper, H.; Brunner, H.; Bernhagen, J.; Vitzthum, F. Nucleic Acids Res. 2004, 32, e103.
22. Guo, Z.; Guilfoyle, R. A.; Thiel, A. J.; Wang, R.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5456-5465.
23. Brockman, J. M.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8044-8051.
24. Bernad, A.; Lazaro, J. M.; Martin, G.; Garmenida, C.; Salas, M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8935-8940.
25. Soengas, M. S.; Gutierrez, M. S.; Salas, M. J. Mol. Biol. 1995, 253, 517-529.
26. Gerhard, A. B.; Schmidt, T.; Nilsson, M. Anal. Chem. 2004, 76, 495-498.
27. Christian, A. T.; Melissa, S.; Pattee, M. S.; Attix, C. M.; Reed, B. E.; Sorensen, K. J.; Tucker, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14238-14243.
28. Samad, A. H.; Cai, W.; Hu, X.; Irvin, B.; Jing, J.; Reed, J.; Meng, X.; Huang, J.; Huff, E.; Porter, B.; Shenkar, A.; Anantharaman, T.; Mishra, B.; Clarke, V.; Dimalanta, E.; Edington, J.; Hiort, C.; Rabbah, R.; Skiada, J.; Schwartz, D. C. Nature 1995, 378, 516-517.
29. Guo, X.; Huff, E. J.; Schwartz, D. C. Nature 1992, 359, 783-784.
30. Xavier, M. Nano Lett. 2001, 1, 341-343.
31. Woolley, A. T.; Kelly, R. T. Nano Lett. 2001, 1, 345-348.
32. Mizuta, R.; Mizuta, M.; Kitamura, D. Arch. Histol. Cytol. 2003, 66, 175-181.
33. Peelen, D.; Smith, L. M. Langmuir 2005, 21, 266-271.
34. Lu, M.; Knickerbocker, T.; Cai, W.; Yang, W.; Hamers, R. J.; Smith, L. M. Biopolymers 2004, 73, 606-613.
35. Yang, W.; Auciello, O.; Butler, J. E.; Cai, W.; Carlisle, J. A.; Gerbi, J. E.; Gruen, D. M.; Knickerbocker, T.; Lasseter, T. L.; Russell, J. N.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Nat. Mater. 2002, 1, 253-257.