Invasive Cleavage Reactions on DNA-Modified Diamond Surfaces

Biopolymers

Volumn 73, Issue 5, 2004, Pages 606-613

  Lu, Manchun ^a   Knickerbocker, Tanya ^a   Cai, Wei ^a   Yang, Wensha ^a   Hamers, Robert J ^a   Smith, Lloyd M ^a,b  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b Third Wave Technologies Inc   (United States)

Author keywords

Diamond; DNA chips; Invasive cleavage reaction; SNPs; Stability; Stable surfaces

Indexed keywords

BIOPOLYMERS; DIAMONDS; ENZYMES; SURFACE PHENOMENA;

INVASIVE CLEAVAGE REACTIONS; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP);

DNA;

DNA;

ARTICLE; DNA STRAND; DNA STRUCTURE; ENZYME MECHANISM; GENE TARGETING; HIGH TEMPERATURE; MOLECULAR STABILITY; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SURFACE PROPERTY;

APOLIPOPROTEINS E; DIAMOND; DNA; DNA MUTATIONAL ANALYSIS; HUMANS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; SURFACE PROPERTIES;

EID: 1842733347     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20007     Document Type: Article

References (39)

1. Sanchez-Carbayo, M. Clin Chem 2003, 49, 23-31.
2. Notterman, D. A.; Alon, U.; Sierk, A. J.; Levine, A. J. Cancer Res 2001, 61, 3124-3130.
3. Hacia, J. G.; Collins, F. S. J Med Genet 1999, 36, 730-736.
4. Iyer, V. R.; Horak, C. E.; Scafe, C. S.; Botstein, D.; Snyder, M.; Brown, P. O. Nature 2001, 409, 533-538
5. Strother, T.; Cai, W.; Zhao, X.; Hamers, R. J.; Smith, L. M. J Am Chem Soc 2000, 122, 1205-1209.
6. Cha, T. W.; Boiadjiev, V.; Lozano, J.; Yang, H.; Zhu, X. Y. Anal Biochem 2002, 311, 27-32.
7. Strother, T.; Hamers, R. J.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res 2000, 28, 3535-3541.
8. Frutos, A. G.; Brockman, J. M.; Corn, R. M. Langmuir 2000, 16, 2192-2197.
9. Lee, H. J.; Goodrich, T. T.; Corn, R. M. Anal Chem 2001, 73, 5525-5531.
10. Mathieu, H. J. Surf Interface Anal 2001, 32, 3-9.
11. Yang, W.; Auciello, O.; Butler, J. E.; Cai, W.; Carlisle, J. A.; Gerbi, J.; Gruen, D. M.; Knickerbocker, T.; Lasseter, T. L.; Russell, J. N.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Nat Mater 2002, 1, 253-257.
12. Knickerbocker, T.; Strother, T.; Schwartz, M. P.; Russell, J. N.; Butler, J.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Langmuir 2003, 19, 1938-1942.
13. Stephens, J. C.; Schneider, J. A.; Tanguay, D. A.; Choi, J.; Acharya, T. ; Stanley, S. E.; Jiang, R.; Messer, C. J.; Chew, A.; Han J. H.; Duan, J.; Carr, J. L.; Lee, M. S.; Koshy, B.; Kumar, A. M.; Zhang, G.; Newell, W. R.; Windemuth, A.; Xu, C.; Kalbfleisch, T. S.; Shaner, S. L.; Arnold, K.; Schulz, V.; Drysdale, C. M.; Nandabalan, K.; Judson, R. S.; Ruano, G.; Vovis, G. F. Science 2001, 293, 489-493.
14. Wang, D. G.; Fan, J. B.; Siao C. J.; Berno, A.; Young, P.; Sapolsky, R.; Ghandour, G.; Perkins, N.; Winchester, E.; Spencer, J.; Kruglyak, L.; Stein, L. ; Hsie, L.; Topaloglou, T.; Hubbell, E.; Robinson, E.; Mittmann, M.; Morris, M. S.; Shen, N.; Kilburn, D.; Rioux, J.; Nusbaum, C.; Rozen, S.; Hudson, T. J.; Lipshutz, R.; Chee, M.; Lander, E. S. Science 1998, 280, 1077-1082.
15. Brooks, A. J. Gene 1999, 234, 177-186.
16. Kruglyak, L. Nat Genet 1999, 22, 139-144.
17. Lyamichev, V.; Mast, A. L.; Hall, J. G.; Prudent, J. R.; Kaiser, M. W.; Takova, T.; Kwiatkowski, R. W.; Sander, T. J.; Arruda, M. D.; Arco, D. A.; Neri, B. P.; Brow, M. A. D. Nat Biotechnol 1999, 17, 292-296.
18. Hall, J. G.; Eis, P. S.; Law, S. M.; Reynaldo, L. P.; Prudent, J. R.; Marshall, D. J.; Allawi, H. T.; Mast, A. L.; Dahlberg, J. E.; Kwiatkowski, R. W.; Arruda, M. D.; Neri, B. P. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97, 8272-8277.
19. Kwiatkowski, R. W.; Lyamichev, V.; de Arruda, M.; Neri, B. Mol Diagn 1999, 4, 353-364.
20. Lyamichev, V; Brow, M. A. D.; Dahlberg, J. E. Science 1993, 260, 778-783.
21. Lyamichev, V. I.; Kaiser, M. W.; Lyamicheva, N. E.; Vologodskii, A. V.; Hall, J. G.; Ma, W. P.; Allawi, H. T.; Neri, B. P. Biochemistry 2000, 39, 9523-9532.
22. Erlich, H. A.; Gelfand, D.; Sninsky, J. J. Science 1991, 252, 1643-1651.
23. Weissensteiner, T.; Lanchbury, J. S. BioTechniques 1996, 21, 1102-1108.
24. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Genome Res 1996, 6, 986-994.
25. Griffin, T. J.; Hall, J. G.; Prudent, J. R.; Smith, L. M. Proc Natl Acad Sci USA 1999 96, 6301-6306.
26. Stevens, P. W.; Hall, J. G.; Lyamichev, V.; Neri, B. P.; Lu, M.; Wang, L.; Smith, L. M.; Kelso, D. M. Nucleic Acids Res (Methods Online) 2001, 29, 77e.
27. Lu, M.; Hall, J. G.; Shortreed, M. R.; Wang, L.; Berggren, W. T.; Stevens, P. W.; Kelso, D. M.; Lyamichev, V.; Neri, B.; Skinner, J. L.; Smith, L. M. J Am Chem Soc 2002, 124, 7924-7931.
28. Lu, M.; Shortreed, M. R.; Hall, J. G.; Wang, L.; Berggren, W. T.; Stevens, P. W.; Kelso, D. M.; Lyamichev, V.; Neri, B.; Skinner, J. L.; Smith, L. M. Human Mutation 2002, 19, 416-422.
29. Guo, Z.; Guilfoyle, R. A.; Thiel, A. J.; Wang, R.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res 1994, 22, 5456-5465.
30. Glen Research Corporation, User Guide to DNA Modification and Labeling; Glen Research: Sterling, VA; 1996.
31. Frutos, A. G.; Liu, Q.; Thiel, A. J.; Sanner, A. W.; Condon, A. E.; Smith, L. M.; Corn, R. M. Nucl Acids Res 1997, 25, 4748-4757.
32. Cai, W.; Lin, A.; Strother, T.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. J Phys Chem B 2002, 106, 2656-2664.
33. Everett, W. R.; Fritschfaules, I. Anal Chim Acta 1995, 307, 253-268.
34. Delamarche, E.; Michel, B.; Kang, H.; Gerber, C. Langmuir 1994, 10, 4103-4108.
35. Lin, Z.; Strother, T.; Cai, W.; Cao, X.; Smith, L. M.; Hamers, R. J. Langmuir 2002, 18, 788-796.
36. Gray, D. E.; Case-Green, S. C.; Fell, T. S.; Dobson, P. J.; Southern, E. M. Langmuir 1997, 13, 2833-2842.
37. Major, R. C.; Zhu, X. Y. Langmuir 2001, 17, 5576-5580.
38. Zhang, X. G. Electrochemistry of Silicon and Its Oxide; Kluwer Academic/Plenum Publishers: New York, 2001, pp 294-306.
39. Qiagen, QIAamp DNA Blood Maxi Kit Handbook. 1999, QIAGEN Inc.: Valencia, CA.