Single-Molecule Study of Protein-Protein Interaction Dynamics in a Cell Signaling System

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 2, 2004, Pages 737-744

  Tan, Xin ^a   Nalbant, Perihan ^b   Toutchkine, Alexei ^b   Hu, Dehong ^a   Vorpagel, Erich R ^a   Hahn, Klaus M ^b   Lu, Peter ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; BIOSENSORS; CELLS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; DNA; DYES; FLUORESCENCE; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHOTODIODES; X RAY ANALYSIS;

CELL SIGNALING; CONFORMATIONAL DYNAMICS; SINGLE-MOLECULE SPECTROSCOPY;

PROTEINS;

EID: 1642485194     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0306491     Document Type: Article

References (52)

1. Zwanzig, R. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 148.
2. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
3. Wang, J.; Wolynes, P. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 4317.
4. Geva, E.; Skinner, J. L. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 225.
5. Yang, S. L.; Cao, J. S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6536.
6. Xie, X. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11024.
7. Jung, Y. J.; Barkai, E.; Silbey, R. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10980.
8. Papoian, G. A.; Ulander, J.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9170.
9. Iakoucheva, L. M.; Walker, R. K.; van Houten, B.; Ackerman, E. J. Biochemistry 2002, 41, 131.
10. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676.
11. Moerner, W. E.; Orrit, M. Science 1999, 283, 1670.
12. Mehta, A. D.; Rief, M.; Spudich, J. A.; Smith, D. A.; Simmons, R. M. Science 1999, 283, 1689.
13. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724.
14. Wazawa, T.; Ishii, Y.; Funatsu, T.; Yanagida, T. Biophys. J. 2000, 78, 1561.
15. Lu, H. P.; Xun, L. Y.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877.
16. Lu, H. P.; Iakoucheva, L. M.; Ackerman, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9184.
17. Edman, L.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8266.
18. Zhuang, X. W.; Bartley, L. E.; Babcock, H. P.; Russell, R.; Ha, T. J.; Herschlag, D.; Chu, S. Science 2000, 288, 2048.
19. Abdul-Manan, N.; Aghazadeh, B.; Liu, G. A.; Majumdar, A.; Ouerfelli, O.; Siminovitch, K. A.; Rosen, M. K. Nature 1999, 399, 379.
20. Rudolph, M. G.; Bayer, P.; Abo, A.; Kuhlmann, J.; Vetter, I. R.; Wittinghofer, A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 18067.
21. Erickson, J. W.; Cerione, R. A. Curr. Opin. Cell Biol. 2001, 13, 153.
22. Johnson, D. I. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999, 63, 54.
23. Kim, A. S.; Kakalis, L. T.; Abdul-Manan, M.; Liu, G. A.; Rosen, M. K. Nature 2000, 404, 151.
24. Rudolph, M. G.; Linnemann, T.; Grunewald, P.; Wittinghofer, A.; Vetter, I. R.; Herrmann, C. J. Biol. Chem. 2001, 276, 23914.
25. Nomanbhoy, T.; Cerione, R. A. Biochemistry 1999, 35, 15878.
26. Kraynov, V. S.; Chamberlain, C.; Bokoch, G. M.; Schwartz, M. A.; Slabaugh, S.; Hahn, K. M. Science 2000, 290, 333.
27. Toutchkine, A.; Kraynov, V.; Hahn, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4132.
28. Hahn, K.; Toutchkine, A. Curr. Opin. Cell Biol. 2002, 14, 167.
29. Hu, D. H.; Lu, H. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 618.
30. Bohmer, M.; Pampaloni, F.; Wahl, M.; Rahn, H.; Erdmann, R.; Enderlein, J. Rev. Sci. Instrum. 2001, 72, 4145.
31. Fries, J. R.; Brand, L.; Eggeling, C.; Köllner, M.; Seidel, C. A. M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6601.
32. Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C. M.; Kollman, P. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
33. Ewig, C. S.; Thacher, T. S.; Hagler, A. T. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6998.
34. Sagui, C.; Darden, T. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 155.
35. Hoffman, G. R.; Cerione, R. A. Cell 2000, 102, 403.
36. Ha, T.; Glass, J.; Enderle, T.; Chemla, D. S.; Weiss, S. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2093.
37. Ha, T.; Laurence, T. A.; Chemla, D. S.; Weiss, S. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6839.
38. English, D. S.; Furube, A.; Barbara, P. F. Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 15.
39. Shoemaker, B. A.; Portman, J. J.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8868.
40. Schmidt, T.; Schutz, G. J.; Baumgartner, W.; Gruber, H. J.; Schindler, H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17662.
41. Harms, G. S.; Orr, G.; Montal, M.; Thrall, B. D.; Colson, S. D.; Lu, H. P. Biophys. J. 2003, 85, 1826.
42. Barsegov, V.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 4240.
43. Ha, T. J.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893.
44. Agmon, N. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7830.
45. Agmon, N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1983, 78, 6947.
46. Schenter, G. K.; Lu, H. P.; Xie, X. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10477.
47. Anderson, P. W. J. Phys. Soc. Jpn. 1954, 9, 316.
48. Kubo, R. Fluctuation, Relaxation, and Resonance in Magnetic Systems; Oliver and Boyd: London, 1961.
49. McCammon, J. A.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
50. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct Biol. 2002, 9, 646.
51. Daggett, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 160.
52. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.