Proteome characterization of human NK-92 cells identifies novel IFN-α and IL-15 target genes

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 1, 2005, Pages 75-82

  Rakkola, Riitta ^a   Matikainen, Sampsa ^a,b   Nyman, Tuula A ^a,c  

^a UNIVERSITY OF TURKU   (Finland)

^b NATIONAL PUBLIC HEALTH INSTITUTE   (Finland)

^c FINNISH INSTITUTE OF OCCUPATIONAL HEALTH   (Finland)

Author keywords

Interferon ; Interleukin 15; Mass spectrometry; NK cells; Two dimensional electrophoresis

Indexed keywords

ALPHA INTERFERON; INTERLEUKIN 15; INTERLEUKIN 2;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CELL ACTIVATION; CONTROLLED STUDY; DATA BASE; DOWN REGULATION; ELECTROPHORESIS; GENE TARGETING; HUMAN; HUMAN CELL; IMMUNITY; NATURAL KILLER CELL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS;

CELL LINE; CYTOKINES; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; GENE EXPRESSION REGULATION; HUMANS; INTERFERON-ALPHA; INTERLEUKIN-15; KILLER CELLS, NATURAL; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 14844337538     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049857b     Document Type: Article

References (67)

1. Biron, C. A.; Nguyen, K. B.; Pien, G. C.; Cousens, L. P.; Salazar-Mather, T. P. Annu. Rev. Immunol. 1999, 17, 189-220.
2. Robertson, M. J. K. Leukoc. Biol. 2002, 71, 173-183.
3. Fehniger, T. A.; Shah, M. H.; Turner, M. J.; VanDeusen, J. B.; Whitman, S. P.; Cooper, M. A.; Suzuki, K.; Wechser, M.; Goodsaid, F.; Caligiuri, M. A. J. Immunol. 1999, 162, 4511-4520.
4. Biron, C. A. Immunity 2001, 14, 661-664.
5. Sareneva, T.; Matikainen, S.; Kurimoto, M.; Julkunen, I. J. Immunol. 1998, 160, 6032-6038.
6. Sareneva, T.; Julkunen, I.; Matikainen, S. J. Immunol. 2000, 165, 1933-1938.
7. Matikainen, S.; Paananen, A.; Miettinen, M.; Kurimoto, M.; Timonen, T.; Julkunen, I.; Sareneva, T. Eur. J. Immunol. 2001, 31, 2236-2245.
8. Becker, T. C., Wherry, E. J., Boone, D., Murali-Krishna, K., Antia, R.; Ma, A.; Ahmed, R. J. Exp. Med. 2002, 195, 1541-1548.
9. Kennedy, M. K.; Glaccum, M.; Brown, S. N.; Butz, E. A.; Viney, J. L.; Embers, M.; Matsuki, N.; Charrier, K.; Sedger, L.; Willis, C. R.; Brasel, K.; Morrissey, P. J.; Stocking, K.; Schuh, J. C. L.; Joyce, S.; Peschon, J. J. J. Exp. Med. 2000, 191, 771-780.
10. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007-4021.
11. Kovanen, P. E.; Rosenwald, A.; Fu, J.; Hurt, E. M.; Lam, L. T.; Giltnane, J. M.; Wright, G.; Staudt, L. M.; Leonard, W. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 5205-5213.
12. Liu, K.; Catalfamo, M.; Li, Y.; Henkart, P.; Weng, N. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6192-6197.
13. Der, S. D.; Zhou, A.; Williams, B. R.; Silverman, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. 95, 15623-15628.
14. Nyman, T. A.; Matikainen, S.; Sareneva, T.; Julkunen, I.; Kalkkinen, N. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 4011-4019.
15. Rosengren, A.; Nyman, T. A.; Syyrakki, S.; Matikainen, S.; Lahesmaa, R. Proteomics, in press.
16. Strengell, M.; Sareneva, T.; Foster, D.; Julkunen I.; Matikainen, S. J. Immunol. 2002, 169, 3600-3605.
17. Strengell, M.; Matikainen, S.; Siren, J.; Lehtonen, A.; Foster, D.; Julkunen, I.; Sareneva, T. J. Immunol. 2003, 170, 5464-5469.
18. Lehtonen, A.; Lund, R.; Lahesmaa, R.; Julkunen, I.; Sareneva, T.; Matikainen, S. Cytokine 2003, 24, 81-90.
19. Strengell, M.; Julkunen, I.; Matikainen, S. J. Leukoc. Biol. 2004, 76, 416-422.
20. Sirén, J.; Sareneva, T.; Pirhonen, J.; Strengell, M.; Veckman, V.; Julkunen, I.; Matikainen, S. J. Gen. Virol. 2004, 05, 2357-2364.
21. Gong, J. H.; Maki, G.; Klingemann, H. G. Leukemia 1994, 8, 652-658.
22. Nyman, T. A.; Rosengren, A.; Syyrakki, S.; Pellinen, T. P.; Rautajoki, K.; Lahesmaa, R. Electrophoresis 2001, 22, 4375-4382.
23. Anderson, L.; Seilhamer, J. Electrophoresis 1997, 18, 533-537.
24. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730.
25. Khochbin, S.; Gorka, C.; Lawrence, J. J. FEBS Lett. 1991, 203, 65-67.
26. Rousseau, D.; Khochbin, S.; Gorka, C.; Lawrence, J. J. Eur. J. Biochem. 1992, 208, 775-779.
27. Kos, F. J. Immunol. Res. 1998, 17, 303-312.
28. Julkunen, I.; Matikainen, S.; Miettinen, M.; Sareneva, T. Rec. Res. Dev. Immunol. 1999, 1, 185-190.
29. Rautajoki, K.; Nyman, T. A.; Lahesmaa, R. Proteomics 2004, 4, 84-92.
30. Nobumoto, M.; Yamada, M.; Song, S.; Inouye, S.; Nakazawa, A. J. Biochem. (Tokyo) 1998, 123, 128-135.
31. Bruns, G. A.; Regina, V. M. Biochem. Genet. 1977, 15, 477-486.
32. Kohler, C.; Gahm, A.; Noma, T.; Nakazawa, A.; Orrenius, S.; Zhivotovsky, B. FEBS. Lett. 1999, 447, 10-12.
33. Van Loo, G.; Demol, H.; van Gurp, M.; Hoorelbeke, B.; Schotte, P.; Beyaert, R.; Zhivotovsky, B.; Gevaert, K.; Declercq, W.; Vandekerckhove, J.; Vandenabeele, P. Cell. Death Differ. 2002, 9, 301-308.
34. Girard, D.; Paquet, M. E.; Paquin, R.; Beaulieu, A. D. Blood 1996, 88, 3176-3184.
35. Chou, C. C.; Davis, R. C.; Fuller, M. L.; Slovin, J. P.; Wong, A.; Wright, J.; Kania, S.; Shaked, R.; Gatti, R. A.; Salser, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1987, 84, 2575-2579.
36. Miwa, T.; Manabe, Y.; Kurokawa, K.; Kamada, S.; Kanda, N.; Bruns, G.; Ueyama, H.; Kakunaga, T. Mol. Cell. Biol. 1991, 11, 3296-3306.
37. Charnock-Jones, D. S.; Day, K.; Smith, S. K. Int. J. Biochem. Cell. Biol. 1996, 28, 81-89.
38. Bourdi, M.; Demady, D.; Martin, J. L.; Jabbour, S. K.; Martin, B. M.; George, J. W.; Pohl, L. R. Arch. Biochem. Biophys. 1995, 323, 397-403.
39. Mazzarella, R. A.; Marcus, N.; Haugejorden, S. M.; Balcarek, J. M.; Baldassare, J. J.; Roy, B.; Li, L. J.; Lee, A. S.; Green, M. Arch. Biochem. Biophys. 1994, 300, 454-460.
40. Urade, R.; Oda, T.; Ito, H.; Moriyama, T.; Utsumi, S.; Kito, M. J. Biochem. (Tokyo) 1997, 122, 834-842.
41. Okudo, H.; Kito, M.; Moriyama, T.; Ogawa, T.; Urade, R. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2002, 66, 1423-1426.
42. Lindquis, J. A.; Jensen, O. N.; Mann, M.; Hammerling, G. J. EMBO. J. 1998, 17, 2186-2195.
43. Hughes, E. A.; Cresswell, P. Curr. Biol. 1998, 8, 709-712.
44. Morrice, N. A.; Powis, S. J. Curr. Biol. 1998, 8, 713-716.
45. Radcliffe, C. M.; Diedrich, G.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Cresswell, P.; Rudd, P. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 46415-46423.
46. Kang, S. J.; Cresswell, P. J. Biol. Chem. 2002, 277, 44838-44844.
47. Pamer, E.; Cresswell, P. Annu. Rev. Immunol. 1998, 16, 323-358.
48. Johnston, J. A.; Bacon, C. M.; Finbloom, D. S.; Rees, R. C.; Kaplan, D.; Shibuya, K.; Ortaldo, J. R.; Gupta, S.; Chen, Y. Q.; Giri, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1995, 92, 8705-8709.
49. Matikainen, S.; Sareneva, T.; Ronni, T.; Lehtonen, A.; Koskinen, P. J.; Julkunen, I. Blood 1999, 93, 1980-1991.
50. Bhattacharyya, T.; Karnezis, A. N.; Murphy, S. P.; Hoang, T.; Freeman, B. C.; Phillips, B.; Morimoto, R. I. J. Biol. Chem. 1995, 270, 1705-1710.
51. Wu, R.; Zhao, Y. H.; Plopper, C. G.; Chang, M. M.; Chmiel, K.; Cross, J. J.; Weir, A.; Last, J. A.; Tarkington, B. Am. J. Physiol. 1999, 277, L511-522.
52. Schneider, J. J.; Hood, D. A. J. Endocrinol. 2000, 165, 9-17.
53. Carette, J.; Lehnert, S.; Chow, T. Y. Int. J. Radiat. Biol. 2002, 78, 183-190.
54. Kaul, S. C.; Duncan, E. L.; Englezou, A.; Takano, S.; Reddel, R. R.; Mitsui, Y.; Wadhwa, R. Oncogene 1998, 17, 907-911.
55. Kaul, S. C.; Reddel, R. R.; Sugihara, T.; Mitsui, Y.; Wadhwa, R. FEBS. Lett. 2000, 474, 159-164.
56. Wadhwa, R.; Yaguchi, T.; Hasan, M. K.; Taira, K.; Kaul, S. C. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 302, 735-742.
57. Xu, J.; Xiao, H. H.; Sartorelli, A. C. Oncol. Res. 1999, 11, 429-435.
58. Multhoff, G. Int. J. Hypothermia. 2002, 18, 576-585.
59. Korant, B. D.; Blomstrom, D. C.; Jonak, G. J.; Knight, E. J.r. J. Biol. Chem. 1984, 259, 14835-14839.
60. D'Cunha, J.; Knight, E., Jr.; Haas, A. L.; Truitt, R. L.; Borden, E. C. Proc. Natl. Acad. Sc. U S A. 1996, 93, 211-215.
61. Loeb, K. R.; Haas, A. L. J. Biol. Chem. 1992, 267, 7806-7813.
62. Hamerman, J. A.; Hayashi, F.; Schroeder, L. A.; Gygi, S. P.; Haas, A. L.; Hampson, L.; Coughlin, P.; Aebersold, R.; Aderem, A. J. Immunol. 2002, 168, 2415-2423.
63. Malakhov, M. P.; Kim, K. I.; Malakhova, O. A.; Jacobs, B. S.; Borden, E. C.; Zhang, D. E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 16608-16613.
64. Coux, O.; Tanaka, K.; Goldberg, A. L. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 801-847.
65. Kloetzel, P. M.; Ossendorp, F. Curr. Opin. Immunol. 2004, 16, 76-81.
66. Beninga, J.; Rock, K. L.; Goldberg, A. L. J. Biol. Chem. 1998, 273, 18734-18742.
67. Harris, C. A.; Hunte, B.; Krauss, M. R.; Taylor, A.; Epstein, L. B. J. Biol. Chem. 1992, 267, 6865-6869.