An approach to understand the complexation of supramolecular dye Congo red with immunoglobulin L chain λ

Biopolymers

Volumn 77, Issue 3, 2005, Pages 155-162

  Król, Marcin ^a   Roterman, Irena ^a   Piekarska, Barbara ^a   Konieczny, Leszek ^a   Rybarska, Janina ^a   Stopa, Barbara ^a   Spólnik, Paweł ^a   Szneler, Edward ^b  

^a JAGIELLONIAN UNIVERSITY MEDICAL COLLEGE   (Poland)

^b JAGIELLONIAN UNIVERSITY   (Poland)

Author keywords

Congo red; L chain; N terminal polypeptide fragment; Supramolecular ligand; V domain

Indexed keywords

ADHESION; COMPLEXATION; COMPUTER SIMULATION; ELECTROPHORESIS; MOLECULAR DYNAMICS; POLYPEPTIDES; PROTEINS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

BINDING CAVITY; BINDING SITE; MOLECULAR DYNAMICS (MD) SIMULATION; PROTEIN INSTABILITY;

DYES;

CONGO RED; IMMUNOGLOBULIN LAMBDA CHAIN;

ADHESION; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; BINDING KINETICS; BINDING SITE; COMPLEX FORMATION; CROSS LINKING; ELECTROPHORESIS; ENVIRONMENTAL TEMPERATURE; IMMUNOGLOBULIN VARIABLE REGION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STABILITY; STRUCTURE ANALYSIS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY; TEMPERATURE DEPENDENCE;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; CONGO RED; IMMUNOGLOBULIN LAMBDA-CHAINS; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 14044264774     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20197     Document Type: Article

References (28)

1. Roterman, I.; No, K. T.; Piekarska, B.; Kaszuba, J.; Pawlicki, R.; Rybarska, J.; Konieczny, L. J Physiol Pharmacol 1993, 3, 213-232.
2. Piekarska, B.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Król, M.; Roterman, I.; Konieczny, L. Acta Biochim Pol 1999, 46, 841-851.
3. Rybarska, J.; Piekarska, B.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Konieczny, L.; Nowak, M.; Król, M.; Roterman, I.; Szymczakiewicz-Multanowska, A. Folia Histochem Cytobiol 2001 39, 307-314.
4. Stopa, B.; Piekarska, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Spólnik, P.; Zemanek, G.; Król, M.; Roterman, I. Acta Biochim Pol 2003, 50, 1213-1227.
5. Roterman, I.; Król, M.; Nowak, M.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Piekarska, B.; Zemanek, G. Med Sci Monitor 2001, 7, 771-784.
6. Maeda, N.; Chen, N.; Tirrell, M.; Israelachvili, J. N. Science 2002, 297, 379-382.
7. Roterman, I.; Rybarska, J.; Konieczny, L.; Skowronek, M.; Stopa, B.; Piekarska, B. Comput Chem 1998, 22, 61-70.
8. Stopa, B.; Górny, M.; Konieczny, L.; Piekarska, B.; Rybarska, J.; Skowronek, M.; Roterman, I. Biochimie 1998, 80, 963-968.
9. Zemanek, G.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Piekarska, B.; Spólnik, P.; Konieczny, L.; Roterman, L; Bugajski, A. Folia Histochem Cytobiol 2003, 41, 113-124.
10. Spólnik, P.; Piekarska, B.; Stopa, B.; Konieczny, L.; Zemanek, G.; Rybarska, J.; Król, M.; Nowak, M.; Roterman, I. Med Sci Monitor 2003, 9, 145-153.
11. Kim, Y-S.; Randolph, T. W.; Manning, M. C.; Stevens, F. J.; Carpenter, J. F. J Biol Chem 2003, 278, 10842-10850.
12. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P.E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235-242.
13. Król, M.; Borowski, T.; Roterman, I.; Piekarska, B.; Stopa, B.; Rybarska, J.; Konieczny, L. J. Comput Aided Mol Design 2004, 18, 41-53.
14. Piekarska, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Szneler, E.; Król, M.; Nowak, M.; Roterman, I. Biopolymers 2001 59, 446-456.
15. Król, M., Roterman, I.; Piekarska, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Stopa, B. Biopolymers 2003, 69, 189-200.
16. Huang, D. B.; Ainsworth, C. F.; Stevens, F. J.; Schiffer, M. Proc Natl Acad Sci U S A 1996, 93, 7017-7021.
17. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187-217.
18. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L, J Chem Phys 1983, 79, 926-935.
19. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J Comput Chem 1977, 23, 327-341.
20. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J Chem Phys 1995, 103, 4613-4621.
21. Skowronek, M.; Stopa, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Piekarska, B.; Szneler, E.; Bakalarski, G.; Roterman I. Biopolymers 1998, 46, 267-281.
22. Clarke, J.; Cota, E.; Fowler, S. B.; Hamill, S. J. Structure 1999, 7, 1145-1153.
23. Crystal, A. S.; Giasson, B. I.; Crowe, A.; King, M-P.; Zhuang, Z-P.; Trojanowski, J. Q.; Lee, V. M-Y. J Neurochem 2003, 86, 1359-1368.
24. Konomidou, V. A.; Chryssikos, G. D.; Gionis, V.; Hoenger, A.; Hamodraaka, S. J. Biopolymers 2003, 72, 185-192.
25. Zemanek, G.; Konieczny, L.; Piekarska, B.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Spólnik, P.; Urbanowicz, B.; Nowak, M.; Król, M.; Roterman, I. Folia Histochem Cytobiol 2003, 40, 311-318.
26. Wall, J. S.; Gupta, V.; Wikerson, M.; Schell, M.; Loris, R.; Adams, P.; Solomon, A.; Stevens, F.; Dealwis, C. J Mol Recogn 2004, 17, 323-331.
27. Dealwis, C. Wall, J. Curr Drug Targets 2004, 5, 159-171.
28. Piekarska, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Spólnik, P.; Roterman, I.; Król, M. J Physiol Pharmacol 2004, 55, 487-501.