Local and long-range structural effects caused by the removal of the N-terminal polypeptide fragment from immunoglobulin L chain λ

Biopolymers

Volumn 69, Issue 2, 2003, Pages 189-200

  Król, Marcin ^a   Roterman, Irena ^a,b   Piekarska, Barbara ^a   Konieczny, Leszek ^a   Rybarska, Janina ^a   Stopa, Barbara ^a  

^a JAGIELLONIAN UNIVERSITY MEDICAL COLLEGE   (Poland)

^b JAGIELLONIAN UNIVERSITY   (Poland)

Author keywords

Congo red; L chain; Long range effects; N terminal poplypeptide fragment; V domain stability

Indexed keywords

ADSORPTION; COMPUTER SIMULATION; HEATING; MOLECULAR DYNAMICS;

IMMUNOGLOBULIN;

POLYPEPTIDES;

CONGO RED; DIETHYLAMINOETHYL CELLULOSE; IMMUNOGLOBULIN LAMBDA CHAIN; PEPTIDE FRAGMENT; POLYPEPTIDE;

ADSORPTION; AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; HEATING; MOLECULAR DYNAMICS; OBSERVATION; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN DOMAIN; ROTATION; SIMULATION; TEMPERATURE SENSITIVITY;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITES; COLORING AGENTS; COMPUTER SIMULATION; CONGO RED; DISULFIDES; ENDOPEPTIDASES; HEAT; HUMANS; IMMUNOGLOBULIN FRAGMENTS; IMMUNOGLOBULIN LAMBDA-CHAINS; IMMUNOGLOBULIN VARIABLE REGION; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MYELOMA PROTEINS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SERINE ENDOPEPTIDASES; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; TRYPSIN;

EID: 0037642529     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.10355     Document Type: Article

References (57)

1. Kehoe, J. M. In Immunoglobulins; Litman, G. W.; Good, R. A, Eds.; Plenum Medical Book Company: New York, London, 1978; pp 173-196.
2. Weininger, R. B.; Richards, F. F. In Immunochemistry of Proteins; Atassi, M. Z, Ed.; Plenum Press: New York, London, 1979; Vol 3, pp 123-166.
3. Gerstein, M.; Lesk, A. M.; Chothia, C. Biochemistry 1994, 33, 6739-6749.
4. Guddat, L. W.; Shan, L.; Fan, Z.-C.; Andersen, K. N.; Rosauer, R.; Linthicum, D. S.; Edmundson, A. B. FASEB 1995, 9, 101-106.
5. Metzger, H. In Fc Receptors and the Action of Antibodies; Metzger, H., Ed.; American Society for Microbiology: Washington, DC, 1990; pp 7-11.
6. Stevens, F. J.; Chang, C.-H.; Schiffer, M. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 6895-6899.
7. Wilson, I. A.; Stanfield, R. L. Curr Opin Struct Biol 1994, 4, 857-867.
8. Roterman, I.; No, K. T.; Piekarska, B.; Kaszuba, J.; Pawlicki, R.; Rybarska, J.; Konieczny, L. J Physiol Pharmacol 1993, 44, 213-232.
9. Rybarska, J.; Konieczny, L.; Roterman, I.; Piekarska, B. Arch Immunol Ther Exp 1991, 39, 317-327.
10. Stopa, B.; Konieczny, L.; Piekarska, B.; Roterman, I.; Rybarska, J.; Skowronek, M. Biochimie 1997, 79, 23-26.
11. Stopa, B.; Górny, M.; Konieczny, L.; Piekarska, B.; Rybarska, J.; Skowronek, M.; Roterman, I. Biochimie 1998, 80, 963-968.
12. Kaszuba, J.; Konieczny, L.; Piekarska, B.; Rybarska, J.; Roterman, I. J. Physiol Pharmacol 1993, 44, 233-242.
13. Piekarska, B.; Skowronek, M.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Roterman, I.; Konieczny, L. Biochimie 1996, 78, 183-189.
14. Konieczny, L.; Piekarska, B.; Rybarska, J.; Skowronek, M.; Stopa, B.; Tabor, B.; Dabroś, W.; Pawlicki, R.; Roterman, I. Folia Histochem Cytobiol 1997, 35, 203-210.
15. Roterman, I.; Konieczny, L.; Stopa, B.; Rybarska, J.; Piekarska, B. Folia Biol 1994, 42, 115-128.
16. Piekarska, B.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Król, M.; Roterman, I.; Konieczny, L. Acta Biochem Polonica 1999, 46, 841-851.
17. Vermeer, A. W. P.; Norde W. Biophys J 2000, 78, 394-404.
18. Khurana, R.; Gillespie, J. R.; Talapatra, A.; Minert, L. J.; Ionescu-Zanetti, C.; Millertt, I.; Fink, A. L. Biochemistry 2001, 40, 3525-3535.
19. Redfield, C.; Smith, R. A. G.; Dobson, C. M. Struct Biol 1994, 1, 23-29.
20. Piekarska, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Szneler, E.; Król, M.; Nowak, M.; Roterman, I. Biopolymers 2001, 59, 446-456.
21. Ohage, E.; Steipe, B. J Mol Biol 1999, 291, 1119-1128.
22. Jung, S.; Spinelli, S.; Schimmele, B.; Honegger, A.; Pugliese, L.; Cambillau, C.; Plückthun, A. J Mol Biol 2001, 309, 701-716.
23. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comp Chem 1983, 4(2), 187-217.
24. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz- Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem 1998, B 102, 3586-3616.
25. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926-935.
26. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp Phys 1977, 23, 327-341.
27. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J Chem Phys 1995, 103, 4613-4621.
28. Mezei, M. J Comp Chem 1997, 18(6), 812-815.
29. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comp Phys Comm 1995, 91, 43-56.
30. Rybarska, J.; Piekarska, B.; Konieczny, L.; Roterman, I. Arch Immunol Ther Exp 1988, 36, 609-621.
31. Skowronek, M.; Stopa, B.; Konieczny, L.; Rybarska, J.; Piekarska, B.; Szneler, E.; Bakalarski, G.; Roterman, I. Biopolymers 1998, 46, 267-281.
32. Skowronek, M.; Roterman, I.; Konieczny, L.; Stopa, B.; Rybarska, J.; Piekarska, B. J Comp Chem 2000, 21, 656-667.
33. Roterman, I.; Rybarska, J.; Konieczny, L.; Skowronek, M.; Stopa, B.; Piekarska, B.; Bakalarski, G. Comput Chem 1998, 22, 61-70.
34. Rybarska, J.; Piekarska, B.; Stopa, B.; Zemanek, G.; Konieczny, L.; Nowak, M.; Król, M.; Roterman, I.; Szymczakiewicz-Multanowska, A. Folia Histochem Cytobiol. 2001, 39, 307-314.
35. Calmettes, P.; Cser, L.; Rajnavölgyi, É. Arch Biochem Biophys 1991, 291, 277-283.
36. Smith, T. J.; Olson, N. H.; Cheng, R. H.; Chase, E. S.; Baker, T. S. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 7015-7018.
37. Thouvenin, E.; Laurent, S.; Madelaine, M.-F.; Rasschaert, D.; Vautherot, J.-F.; Hewat, E. A. J Mol Biol 1997, 270, 238-246.
38. Takahashi, H.; Tamura, H.; Shimba, N.; Shimada, I.; Arata, Y. J Mol Biol 1994, 243, 494-503.
39. Yagami, T.; Ballard, R. T.; Padovan, J. C.; Chait, B. T.; Popowicz, A. M.; Manning, J. Protein Sci 2002, 11, 27-33.
40. Redfield, C.; Schulman, B. A.; Milhollen, M. A.; Kim, P. S.; Dobson, C. M. Nature Struct Biol 1999, 6; 948-952.
41. Esposito, G.; Michelutti, R.; Verdone, G.; Viglio, P.; Hernández, H.; Robinson, C. V.; Amoresano, A.; Piaz, F. D.; Monti, M.; Pucci, P.; Mangione, P.; Stoppini, M.; Merlini, G.; Ferri, G.; Bellotti, V. Protein Sci 2000, 9; 831-845.
42. Guddat, L. W.; Shan, L.; Anchin, J. M.; Linthicum, D. S.; Edmundson, A. B. J Mol Biol 1994, 236, 247-274.
43. Stanfield, R. L.; Wilson, I. A. TIBTECH 1994, 12, 275-279.
44. Yokoyama, H.; Mizutani, R.; Satow, Y.; Komatsu, Y.; Ohtsuka, E.; Nikaido, O. J Mol Biol 2000, 299, 711-723.
45. Colman, P. M.; Laver, W. G.; Varghese, J. N.; Baker, A. T.; Tulloch, P. A.; Air, G. M.; Webster, R. G. Nature 1987, 326, 358-363.
46. Lim, K.; Herron, J. N. Biochemistry 1995, 34, 6962-6974.
47. Tulip, W. R.; Varghese, J. N.; Webster, R. G.; Laver, W. G.; Colman, P. M. J Mol Biol 1992, 227, 149-159.
48. Tulip, W. R.; Varghese, J. N.; Laver, W. G.; Webster, R. G.; Colman, P. M. J Mol Biol 1992, 227, 122-148.
49. Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Fischmann, T. O.; Boulot, G.; Poljak, R. J. Nature 1990, 347, 483-485.
50. Constantine, K. L.; Friedrichs, M. S.; Metzler, W. J.; Wittekind, M.; Hensley, P.; Mueller, L. J Mol Biol 1994, 236, 310-327.
51. Schulze-Gahmen, U.; Rini, J. M.; Wilson, I. A. J Mol Biol 1993, 234, 1098-1118.
52. Pilz, I.; Kratky, O.; Licht, A.; Sela, M. Biochemistry 1975, 14, 1326-1333.
53. Jaton, J.-C.; Huser, H.; Braun, D. G.; Givol, D.; Pecht, I.; Schlessinger, J. Biochemistry 1975, 14, 5312-5315.
54. Chaffotte, A. F.; Guijarro, J. I.; Guillou, Y.; Delepierre, M.; Goldberg, M. E. J Protein Chem 1997, 16, 433-439.
55. Ptitsyn, O. B.; Bychkova, V. E.; Uversky, V. N. Phil Trans R Soc Lond 1995, B 348, 35-41.
56. Goto, Y.; Fink, A. L.; Biochemistry 1989, 28, 945-952.
57. Daggett, V.; Levitt, M. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 5142-5146.