Class I Ribonucleotide Reductase Revisited: The Effect of Removing a Proton on Glu441

Journal of Computational Chemistry

Volumn 25, Issue 3, 2004, Pages 311-321

  Pelmenschikov, Vladimir ^a   Cho, Kyung Bin ^a   Siegbahn, Per E M ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

Catalytic mechanism; Class I ribonucleotide reductase; Density functional theory; Substrate reaction

Indexed keywords

CARBOXYLATION; CATALYSIS; COMPUTATIONAL METHODS; CRYSTAL STRUCTURE; DIMERS; DNA; HYDROGEN BONDS; KETONES; MICROORGANISMS; OPTIMIZATION; PARAMAGNETIC RESONANCE; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; REDOX REACTIONS; SULFUR; VISUALIZATION; X RAY ANALYSIS;

CATALYTIC MECHANISMS; CLASS I RIBONUCLEOTIDES REDUCTASE; PROTONATION; SUBSTRATE REACTIONS;

ENZYMES;

ASPARAGINASE; CYSTEINE; GLUTAMIC ACID; PROTON; RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE;

ARTICLE; BINDING SITE; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; ENZYMOLOGY; ESCHERICHIA COLI; HYDROGEN BOND; OXIDATION REDUCTION REACTION; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ASPARAGINASE; BINDING SITES; CATALYSIS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; CYSTEINE; ESCHERICHIA COLI; GLUTAMIC ACID; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; OXIDATION-REDUCTION; PROTONS; RIBONUCLEOTIDE REDUCTASES; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 0942299094     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10389     Document Type: Article

References (45)

1. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry; J Wiley and Sons, Inc.: New York, 1995.
2. Reichard, P. Science 1993, 260, 1773.
3. Eklund, H.; Uhlin, U.; Färnegårdh, M.; Logan, D. T.; Nordlund, P. Prog Biophys Mol Biol 2001, 77, 177.
4. Holmgren, A. Biol Chem 1989, 264, 13963.
5. Larsson, A.; Sjöberg, B.-M. EMBO J 1986, 5, 2037.
6. Larsson, A.; Sjöberg, B.-M.; Backes, G.; Loehr, T.; Sanders-Loehr, J. Biochem Biophys Res Commun 1990, 167, 813.
7. Siegbahn, P. E. M. Inorg Chem 1999, 38, 2880.
8. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A.; Crabtree, R. H. Theor Chem Ace 1997, 97, 289.
9. Siegbahn, P. E. M.; Eriksson, L.; Himo, F.; Pavlov, M. J Phys Chem B 1998, 102, 10622.
10. Sjöberg, B. M. Structure 1994, 2, 793.
11. Sjöberg, B.-M. Struct Bonding 1997, 88, 139.
12. Stubbe, J. Biol Chem 1990, 265, 5330.
13. Mao, S. S.; Holler, T. P.; Yu, G. X.; Bollinger, J. M.; Booker, S.; Johnston, M. I.; Stubbe, J. Biochemistry 1992, 31, 9733.
14. Stubbe, J.; van der Donk, W. A. Chem Rev 1998, 98, 705.
15. Nordlund, P.; Sjöberg, B.-M.; Eklund, H. Nature 1990, 345, 593.
16. Uhlin, U.; Eklund, H. Nature 1994, 370, 533.
17. Eriksson, M.; Uhlin, U.; Ramaswamy, S.; Ekberg, M.; Regnström, K.; Sjöberg, B.-M.; Eklund, H. Structure 1997, 5, 1077.
18. Persson, A. L.; Eriksson, M.; Katterle, B.; Pötsch, S.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J Biol Chem 1997, 272, 31533.
19. Persson, A. L.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J Biol Chem 1998, 273, 31016.
20. Lawrence, C. C.; Obias, H.; Stubbe, J.; Bennati, M.; Bar, G.; Griffin, R. G. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 8979.
21. Lenz, R.; Giese, B. J Am Chem Soc 1997, 119, 2784.
22. Siegbahn, P. E. M. J Am Chem Soc 1998, 120, 8417.
23. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. J Phys Chem B 2000, 104, 7502.
24. Cho, K.-B.; Himo, F.; Gräslund, A.; Siegbahn, P. E. M. J Phys Chem B 2001, 105, 6445.
25. Cho, K.-B.; Pelmenschikov, V.; Gräslund, A.; Siegbahn, P. E. M. J Phys Chem B, accepted.
26. Mohr, M.; Zipse, H. Chem Eur J 1999, 5, 3046.
27. Zipse, H. Org Biomol Chem 2003, 1, 692.
28. Zipse, H. J Am Chem Soc 1995, 117, 11798.
29. Fernandes, P. A.; Eriksson, L. A.; Ramos, M. A. Theor Chem Acc 2002, 108, 352.
30. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. Chem Rev 2003, published online.
31. Eriksson, S. Eur J Biochem 1975, 56, 289.
32. Jaguar 4.0-4.2. Schrödinger, Inc.: Portland, OR, 1991-2000.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millan, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T., Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
34. Becke, A. D. Phys Rev 1988 A38, 3098; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 1372; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
35. Becke, A. D. Phys Rev 1988 A38, 3098; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 1372; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
36. Becke, A. D. Phys Rev 1988 A38, 3098; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 1372; Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
37. Stevens, P. J.; Devlin, F. J.; Chablowski, C. F.; Frisch, M. J. J Phys Chem 1994, 98, 11623.
38. McQuarrie, D. A. Statistical Thermodynamics; Harper and Row: New York, 1973.
39. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Honig, B.; Ringnalda, M.; Goddard, W. A. III. J Am Chem Soc 1994, 116, 1875; Marten, B.; Kim, K.; Cortis, C.; Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Ringnalda, M. N.; Sitkoff, D.; Honig, B. J Phys Chem 1996, 100, 11775.
40. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Honig, B.; Ringnalda, M.; Goddard, W. A. III. J Am Chem Soc 1994, 116, 1875; Marten, B.; Kim, K.; Cortis, C.; Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Ringnalda, M. N.; Sitkoff, D.; Honig, B. J Phys Chem 1996, 100, 11775.
41. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem Rev 2000, 100, 421.
42. Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. Subcell Biochem 2000, 35, 405.
43. Siegbahn, P. E. M. Chem Phys Lett 2002, 351, 311.
44. Kasrayan, A.; Persson, A. L.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J Biol Chem 2001, 277, 5749.
45. Uhlin, U.; Eklund, H. J Mol Biol 1996, 262, 358.