The substrate reaction mechanism of class III anaerobic ribonucleotide reductase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 27, 2001, Pages 6445-6452

  Cho, Kyung Bin ^a   Himo, Fahmi ^b   Gräslund, Astrid ^a   Siegbahn, Per E M ^c  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

^b SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^c STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBON DIOXIDE; CATALYSIS; CHEMICAL BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; PROTONS; QUANTUM THEORY; RATE CONSTANTS; RNA; SUBSTRATES; SULFUR; X RAY ANALYSIS;

RATE-LIMITING BARRIERS;

ENZYMES;

EID: 84961975090     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0107614     Document Type: Article

References (45)

1. Reichard, P. Science 1993, 260, 1773.
2. Jordan, A.; Reichard, P. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 71-98.
3. Sjöberg, B.-M. Struct. Bonding 1997, 88, 139-173.
4. Stubbe, J.; van der Donk, W.A. Chem. Rev. 1998, 98, 705-762.
5. Young, P.; Andersson, J.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20770-20775.
6. Ollagnier, S.; Mulliez, E.; Schmidt, P.P.; Eliasson, R.; Gaillard, J.; Deronzier, C.; Bergman, T.; Gräslund, A.; Reichard, P.; Fontecave, M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 24216-24223.
7. Tamarit, J.; Gerez, C.; Meier, C.; Mulliez, E.; Trautwein, A.; Fontecave, M. J. Biol. Chem. 2000, 275, 15669-15675.
8. Liu, A.; Gräslund, A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 12367-12373.
9. Mulliez, E.; Ollagnier, S.; Fontecave, M.; Eliasson, R.; Reichard, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 8759-8762.
10. Andersson, J.; Westman, M.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 2000, 275, 19449-19455. Bodevin, S.; Sjöberg, B.-M., personal communication.
11. Andersson, J.; Westman, M.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 2000, 275, 19449-19455. Bodevin, S.; Sjöberg, B.-M., personal communication.
12. Logan, D.T.; Andersson, J.; Sjöberg, B.-M.; Nordlund, P. Science 1999, 283, 1499-1504.
13. Uhlin, U.; Eklund, H. Nature 1994, 370, 533-539.
14. Stubbe, J. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1990, 63, 349-419.
15. Mao, S.S.; Holler, T.P.; Yu, G.X.; Bollinger, J.M.; Booker, S.; Johnston, M.I.; Stubbe, J. Biochemistry 1992, 31, 9733-9743.
16. Siegbahn, P.E.M.; Blomberg, M.R.A.; Crabtree, R.H. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 289-300.
17. Siegbahn, P.E.M.; Eriksson, L.; Himo, F.; Pavlov, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10622-10629.
18. Siegbahn, P.E.M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8417-8429.
19. Himo, F.; Siegbahn, P.E.M. J. Phys. Chem. 2000, 104, 7502-7509.
20. Zipse, H. Chem. Eur. J. 1999, 5, 3046-3054.
21. Åberg, A.; Hahne, S.; Karlsson, M.; Larsson, A.; Ormö, M.; Åhgren, A.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 12249-12252.
22. Mao, S.S.; Yu, G.X.; Chalfoun, D.; Stubbe, J. Biochemistry 1992, 31, 9752-9759.
23. Olcott, M.C.; Andersson, J.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 24853-24860.
24. Eklund, H.; Fontecave, M. Structure 1999, 7, R257-R262.
25. Frisch, M.J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H.B.; Scuseria, G.E.; Robb, M.A.; Cheeseman, J.R.; Zakrzewski, V.G.; Montgomery, J.A., Jr.; Stratrnann, R.E.; Burant, J.C.; Dapprich, S.; Millan, J.M.; Daniels, A.D.; Kudin, K.N.; Strain, M.C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G.A.; Ayala, P.Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D.K.; Rabuck, A.D.; Raghavachari, K.; Foresman, J.B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J.V.; Stefanov, B.B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R.L.; Fox, D.J.; Keith, T.; Al-Laham, M.A.; Peng, C.Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P.M.W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M.W.; Andres, J.L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E.S.; Pople, J.A. 1998 Gaussian 98, Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA.
26. Becke, A.D. Phys. Rev. 1988, A38, 3098. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
27. Becke, A.D. Phys. Rev. 1988, A38, 3098. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
28. Becke, A.D. Phys. Rev. 1988, A38, 3098. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372. Becke, A.D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
29. Stevens, P.J.; Devlin, F.J.; Chablowski, C.F.; Frisch, M.J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
30. Bauschlicher, C.W., Jr.; Ricca, A.; Partridge, H.; Langhoff, S.R. In Recent Advances in Density Functional Methods, Part II; Chong, D.P., Ed.; World Scientific Publishing Company: Singapore, 1997, p 165.
31. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 114, 117. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
32. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 114, 117. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
33. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 114, 117. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
34. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. 1998, 102, 1995-2001.
35. Prabhakar, R.; Blomberg, M.R.A.; Siegbahn, P.E.M. Theor. Chem. Acc. 2000, 104, 461-470.
36. Froese, D.J.; Humbel, S.; Svensson, M.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1997, 101, 227.
37. Curtiss, L.A.; Raghavachari, K.; Pople, J.A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1293.
38. Pople, J.A.; Head-Gordon, M.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 1987, 87, 5968.
39. Siegbahn, P.E.M.; Blomberg, M.R.A. Chem. Rev. 2000, 100, 421-437.
40. Wiberg, K.B.; Rablen, P.R.; Rush, D.J.; Keith, T.A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4261. Wiberg, K.B.; Keith, T.A.; Frisch, M.J.; Murcko, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 9072.
41. Wiberg, K.B.; Rablen, P.R.; Rush, D.J.; Keith, T.A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4261. Wiberg, K.B.; Keith, T.A.; Frisch, M.J.; Murcko, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 9072.
42. Liepinsh, E.; Otting, G. Magn. Resort. Med. 1996, 35, 30-42.
43. Leppänen, V.; Merckel, M.C.; Ollis, D.L.; Wong, K.K.; Kozarich, J.W.; Goldman, A. Structure 1999, 7, 733-744.
44. Becker, A.; Fritz-Wolf, K.; Kabsch, W.; Knappe, J.; Schultz, S.; Wagner, A. Nature Struct. Biol. 1999, 6, 969-975.
45. Wagner, A.; Frey, M.; Neugebaner, F.; Schäfer, W.; Knappe, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 996-1000.