An automated matrix-assisted laser desorption/ionization quadrupole Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer for "bottom-up" proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 14, 2003, Pages 3419-3428

  Brock, Ansgar ^a   Horn, David M ^a   Peters, Eric C ^a   Shaw, Christopher M ^a   Ericson, Christer ^a   Phung, Qui T ^a   Salomon, Arthur R ^a  

^a GENOMICS INSTITUTE OF THE NOVARTIS RESEARCH FOUNDATION   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOTRON RESONANCE; DESORPTION; FOURIER TRANSFORMS; IONIZATION; MASS SPECTROMETRY; POLYPEPTIDES; PROTEINS;

MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION;

LASER BEAM EFFECTS;

ANGIOTENSIN; BOVINE SERUM ALBUMIN; NEUROTENSIN;

ACCURACY; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; AUTOANALYSIS; CALIBRATION; COMPUTER INTERFACE; COMPUTER PROGRAM; CYTOSOL; FOURIER ANALYSIS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETER; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEOMICS; STANDARD; VALIDATION PROCESS;

EID: 0242670001     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034215d     Document Type: Article

References (63)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
2. Karas, M.; Bachmann, D.; Bahr, U.; Hillenkamp, F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1987, 78, 53-68.
3. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299-2301.
4. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
5. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. I. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
6. Figeys, D.; Ducret, A.; Yates, J. R., 3rd; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1579-1583.
7. Ducret, A.; Van Oostveen, I.; Eng, J. K.; Yates, J. R.; 3rd; Aebersold, R. Protein Sci. 1998, 7, 706-719.
8. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
9. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
10. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9390-9395.
11. Ericson, C.; Phung, Q. T.; Horn, D. M.; Peters, E. C.; Fitchett, J. R.; Ficarro, S. B.; Salomon, A. R.; Brill, L. M.; Brock, A. Anal. Chem. 2003, 75, 2309-2315.
12. Ekstrom, S.; Nilsson. J.; Helldin, G.; Laurell, T.; Marko-Varga, G. Electrophoresis 2001, 22, 3984-3992.
13. Miliotis, T.; Kjellstrom, M. T.; Onnerfjord, P.; Nilsson, J.; Laurell, T.; Edholm, L. E.; Marco-Varga, G. J. Chromatogr., A 2000, 886, 99-110.
14. Laurell, T.; Nilsson, J.; Marko-Varga, G. J. Chromatogr., B 2001, 752, 217-232.
15. Preisler, J.; Hu, P.; Rejtar, T.; Moskovets, E.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2002, 74, 17-25.
16. Preisler, J.; Hu, P.; Rejtar, T.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2000, 72, 4785-4795.
17. Wall, D. B.; Berger, S. J.; Finch, J. W.; Cohen, S. A.; Richardson, K.; Chapman, R.; Drabble, D.; Brown, J.; Gostick, D. Electrophoresis 2002, 23, 3193-3204.
18. Lou, X.; van Dongen, J. L. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1308-1312.
19. Peters, E. C.; Brock, A.; Horn, D. M.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M. LCGC Eur. 2002, 15, 423-428.
20. Corthals, G. L.; Wasinger, V. C.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. Electrophoresis 2000, 21, 1104-1115.
21. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Wen, J.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2595-2599.
22. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. Science 1996, 273, 1199-1202.
23. Belov, M. E.; Gorshkov, M. V.; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 2271-2279.
24. Belov, M. E.; Nikolaev, E. N.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Masselon, C. D.; Gorshkov, M. V.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 253-261.
25. Bergquist, J.; Palmblad, M.; Wetterhall, M.; Hakansson, P.; Markides, K. E. Mass Spectrom Rev. 2002, 21, 2-15.
26. Hughey, C. A.; Rodgers, R. P.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2002, 74, 4145-4149.
27. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929.
28. Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Masselon, C. D.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Tolic, N.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 1185-1198.
29. Loboda, A. V.; Krutchinsky, A. N.; Bromirski, M.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1047-1057.
30. O'Connor, P. B.; Costello, C. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1862-1868.
31. Senko, M. W.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Shi, S. D.-H.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 970-976.
32. Beu, S. C.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1992, 64, 177-180.
33. O'Connor, P. B.; Costello, C. E. Anal. Chem, 2000, 72, 5881-5885.
34. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225.
35. Vojtek, A. B.; Hollenberg, S. M.; Cooper, J. A. Cell 1993, 74, 205-214.
36. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
37. Schuerenberg, M.; Luebbert, C.; Eickhoff, H.; Kalkum, M.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2000, 72, 3436-3442.
38. Phung, Q. T.; Brock, A.; Horn, D. M.; Peters, E. C.; Ericson, C., Orlando, Fl, American Society for Mass Spectrometry, June 2-6, 2002.
39. O'Connor, P. B.; Duursma, M. C.; van Rooij, G. J.; Heeren, R. M. A.; Boon, J. J. Anal. Chem. 1997, 69, 2751-2755.
40. Easterling, M. L.; Mize, T. H.; Amster, I. J. Int J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 169/170, 387-400.
41. Chen, L.; Wang, T. C.; Ricca, T. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 1987, 59, 449-454.
42. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35.
43. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
44. Horn, D. M.; Brock, A.; Peters, E. C.; Ericson, C.; Ficarro, S. B.; Phung, Q. T.; Salomon, A. R.; Shaw, C. M. Proc. Am. Soc. Mass Spectrom. Conf., Orlando, FL, 2002.
45. Wilcox, B. E.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 1304-1312.
46. Jensen, O. N.; Mortensen, P.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69, 1706-1714.
47. Gobom, J.; Schuerenberg, M.; Mueller, M.; Theiss, D.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2001, 73, 434-438.
48. Unpublished results.
49. Krutchinsky, A. N.; Loboda, A. V.; Spicer, V. L.; Dworschak, R.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 508-518.
50. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-2882.
51. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 2482-2489.
52. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
53. Masselon, C.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 1918-1924.
54. Goodlett, D. R.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Rist, B.; Pasa-Tolic, L.; Fiehn, O.; Smith, R. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2000, 72, 1112-1118.
55. Egelhofer, V.; Gobom, J.; Seitz, H.; Giavalisco, P.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2002, 74, 1760-1771.
56. Wattenberg, A.; Organ, A. J.; Schneider, K.; Tyldesley, R.; Bordoli, R.; Bateman, R. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 772-783.
57. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 215, 59-75.
58. Naito, Y.; Inoue, M. J. Mass. Spectrom. Soc. Jpn. 1994, 42, 1-9.
59. Mirgorodskaya, E.; O'Connor, P. B.; Costello, C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 318-324.
60. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
61. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047-4057.
62. Keough, T.; Lacey, M. P.; Youngquist, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2348-2356.
63. Sullivan, A. G.; Brancia, F. L.; Tyldesley, R.; Bateman, R.; Sidhu, K.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 210-211, 665-676.