A study on the role of Mg2+ in a Ras protein by MD simulation

Chem-Bio Informatics Journal

Volumn 2, Issue 4, 2002, Pages 147-155

  Mori, Kenichi ^a   Hata, Masayuki ^a   Neya, Saburo ^a   Hoshino, Tyuji ^a  

^a CHIBA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

GDP dissociation; GEF; MD simulation; Mg2+; Ras

Indexed keywords

EID: 0141823090     PISSN: 13476297     EISSN: 13470442     Source Type: Journal    
DOI: 10.1273/cbij.2.147     Document Type: Article

References (26)

1. Y. Takai, T. Sasaki and T. Matozaki, Physiol. Rev., 54, 153-208 (2001).
2. D. Bar-Sagi and J. R. Feramisco, Cell, 42, 841-848 (1985).
3. N. Hagag, S. Halegoua, M. Viola, Nature, 319, 680-682 (1986).
4. J. R. Feramisco, M. Gross, T. Kamata, M. Rosenberg, R. W. Sweet, Cell., 38, 109-117 (1984).
5. A. Kauffmann-Zeh, P. Rodriguez-Viciana, E. Ulrich, C. Gilbert, P. Coffer, J. Downward, G. Evan, Nature, 385, 544-548 (1997).
6. A. A. Adjei, J. Natl. Cancer Inst., 42, 841-848 (2001).
7. M. V. Milburn, L. A. Tong, A. M. de Vos, A. Brunger, Z. Yamazaki, S. Nishimura, S. H. Kim, Science, 247, 939-945 (1990).
8. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. Madura, M. L. Klein, J. Chem. Phys., 19, 926-935 (1983).
9. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner, P. A. Kollman (2002), AMBER 7, University of California, San Francisco
10. J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 21, 1049-1074 (2000).
11. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J. R. Haak, J. Chem. Phys., 81, 3684-3690 (1984).
12. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys., 23, 327-341 (1977).
13. P. A. Boriack-Sjodin, S. M. Margarit, D. Bar-Sagi, J. Kuriyan, Nature, 394, 337-343 (1998).
14. C. L. Farnsworth, L. A. Feig Mol. Cell. Biol., 11, 4822-4829 (1991).
15. A. Hall, A. J. Self, J. Biol. Chem. 261, 10963-10965 (1986).
16. E. S. Barstein, W. H. Brondyk, I. G. Macara J. Biol. Chem., 267, 22715-22718 (1992).
17. S. Kornbluth, M. Dasso, J. Newport, J. Cell. Biol., 125, 705-719 (1994).
18. T. Simizu, K. Hiara, R. Maesaki, S. Kuroda, K. Kaibuchi, T. Hakoshima, J. Biol. Chem., 275, 18311-18317 (2000).
19. C. Lenzen, R. H. Cool, H. Prinz, J. Kuhlmann, A. Wittinghofer, Biochemistry, 37, 7420-7430 (1998).
20. R. Koradi, M. Billeter, K. Wüthrich, J. Mol. Graphics, 14, 51-55 (1996).
21. B. E. Hall, S. S. Yang, P. A. Boriack-Sjodin, J. Kuriyan, D. Bar-Sagi, J. Biol. Chem., 276, 27629-27637 (2001).
22. A. Shutes, R. A. Phillips, J. E. Corrie, M. R. Webb, Biochemistry, 41, 3828-3835 (2002).
23. J. John, H. Rensland, I. Schlichting, I. Vetter, G. D. Borasio, R. S. Goody, A. Wittinghofer, J. Biol. Chem., 268, 923-929 (1993).
24. R. Panniers, A. G. Rowlands, E. C. Henshaw, J. Biol. Chem., 263, 5519-5525 (1988).
25. J. Y. Pan, J. C. Sanford, M. Wessling-Resnick, J. Biol. Chem., 271, 1322-1328 (1996).
26. E. S. Burstein, I. G. Macara, Biochem. J., 282, 387-392 (1992).