Low-lying excited states of light-harvesting system II in purple bacteria

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 35, 2003, Pages 9589-9600

  Ng, Man Fai ^a   Zhao, Yang ^a   Chen, Guan Hua ^a  

^a UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPOSITION; COMPUTER SIMULATION; DIMERS; ELECTRON ENERGY LEVELS; ELECTRONIC STRUCTURE; ENERGY TRANSFER; EXCITONS; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; MONOMERS; NUMERICAL ANALYSIS;

BACTERIOCHLOROPHYLLS; LIGHT HARVESTING SYSTEM; LOCALIZED DENSITY MATRIX; RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM;

BACTERIA;

EID: 0141519586     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034320r     Document Type: Article

References (65)

1. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517.
2. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581.
3. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanovic, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854.
4. Förster, Th. Naturwissenschaften 1946, 33, 166.
5. Hess, S.; Visscher, K. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biochemistry 1994, 33, 8300.
6. Davydov, A. S. Theory of Molecular Excitons; Plenum Press: New York, 1971.
7. Sundström, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Chem. Phys. B 1999, 103, 2327.
8. Meier, T.; Zhao, Y.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3876.
9. Zhao, Y.; Meier, T.; Zhang, W. M.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3954.
10. Dahlbom, M.; Beenken, W.; Sundström, W.; Sundström, V.; Pullerits, T. Chem. Phys. Lett. 2002, 364, 556.
11. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7332.
12. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chenyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7763.
13. Leegwater, J. A. J. Chem. Phys. 1996, 100, 14403.
14. Pullerits, T.; Chachisvilis, M.; Sundström, V. J. Chem. Phys. 1996, 100, 10787.
15. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241.
16. Ray, J.; Makri, N. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9417.
17. Dahlbom, M.; Pullerits, T.; Mukamel, S.; Sunström, V. J. Phys. Chem. B 1999, 105, 9418.
18. Leupold, D.; Stiel, H.; Teuchner, K.; Nowak, F.; Sandner, W.; Ücker, B.; Scheer, H. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 4675.
19. Chacisvilis, M.; Kühn, O.; Pullerits, T.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7275.
20. Novoderezhkin, V.; Monshouwer, R.; van Goundelle, R. Biophys. J 1999, 77, 666.
21. Kühn, O.; Sundström, V.; Pullerits, T. Chem. Phys. 2002, 275, 15.
22. Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 1, 1.
23. Gouterman, M. J. Mol. Spectrosc. 1961, 6, 138.
24. Weiss, C. J. Mol. Spectrosc. 1972, 44, 37.
25. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4519.
26. Tretiak, S.; Middleton, C.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9540.
27. Cory, M. G.; Zerner, M. C.; Hu, X.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7640.
28. Takahashi, A.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2366.
29. Fukutome, H. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1989, 188, 337.
30. Soos, Z. G.; Ramasesha, S.; Galvo, D. S.; Etemad, S. Phys. Rev. B 1993, 47, 1742.
31. Liang, W. Z.; Yokojima, S.; Zhou, D. H.; Chen, G. H. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2445.
32. Liang, W. Z.; Wang, X. J.; Yokojima, S.; Chen, G. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11129.
33. Liang, W. Z.; Yokojima, S.; Ng, M.-F.; Chen, G. H.; He, G. Z. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9830.
34. Bacon, A. D.; Zerner, M. C. Theor. Chim. Acta 1979, 53, 21.
35. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209
36. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221.
37. Pople, J. A.; Segal, G. A. J. Chem. Phys. 1965, 43, S136.
38. Pople, J. A.; Beveridge, D. L.; Dobosh, P. J. Chem. Phys. 1967, 47, 2026.
39. Ridley, J.; Zerner, M. C. Theor. Chim. Acta 1973, 32, 111.
40. Yokojima, S.; Chen, G. H. Phys. Rev. B 1999, 58, 7259.
41. Yokojima, S.; Chen, G. H. Chem. Phys. Lett. 1998, 292, 379.
42. Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. Chem. Phys. Lett. 1998, 297, 357.
43. Edwards, L.; Dolphin, D. H.; Gouterman, M.; Adler, A. D. J. Mol. Spectrosc. 1971, 38, 16.
44. Baker, J. D.; Zerner, M. C. Chem. Phys. Lett. 1990, 175, 192.
45. Nakatsuji, H.; Hasegawa, J.; Hada, M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2321.
46. Gwaltney, S. R.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 6790.
47. Beekman, L. M. P.; et al. J. Chem. Phys. B 1997, 101, 7293.
48. Polívka, T.; et al. J. Chem. Phys. B 2002, 106, 11016.
49. He, Z.; Sundström, V.; Pullerits, T. Chem. Phys. Lett. 2001, 334, 159.
50. Kasha, M.; Rawls, H. R.; Ashraf El-Bayoumi, M. Pure Appl. Chem. 1965, 11, 371.
51. Damjanović, A.; Vaswani, H. M.; Fromme, P.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10251.
52. Poliakov, E.; Chernyak, V.; Tretiak, S.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8161.
53. Minami, T.; Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Lumin. 2000, 87-9, 115.
54. Linnanto, J.; Korppi-Tommola, J. E. I.; Helenius, V. M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8739.
55. Alden, R. G.; et al. J. Chem. Phys. B 1997, 101, 4667.
56. Polívka, T.; Pullerits, T.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Chem. Phys. B 2000, 104, 1088.
57. Karlsson, G.; Zerner, M. C. Int. J. Quantum Chem. 1973, 7, 35.
58. Karelson, M. M.; Zerner, M. C. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6949.
59. King, G.; Lee, F.; Warshel, A. J. J. Chem. Phys. 1991, 95, 4366.
60. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian98, revision x.x; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
61. Oelze, J. Methods Microbiol. 1985, 18, 257.
62. Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378.
63. Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Cogdell, R. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2543.
64. Timpmann, K.; et al. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8436.
65. Runge, E.; Gross, E. K. U. Phys. Rev. Lett. 1984, 52, 997.