Describing topology of bound ligand by transferred nuclear overhauser effect spectroscopy and molecular modeling

Methods in Enzymology

Volumn 362, Issue , 2003, Pages 417-434

  Siebert, Hans Christian ^a   Jiménez Barbero, Jesús ^a   André, Sabine ^a   Kaltner, Herbert ^a   Gabius, Hans Joachim ^a  

^a UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALUMINUM OXIDE; CARBOHYDRATE; CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN; DIMETHYL SULFOXIDE; DISACCHARIDE; GALACTOSIDE; GALECTIN; HYDROXYL GROUP; IMMUNOGLOBULIN G; LACTOSE; LECTIN; LIGAND; N ACETYLGALACTOSAMINE; OLIGOSACCHARIDE;

ARTICLE; LIGAND BINDING; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR MODEL; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CARBOHYDRATE INTERACTION; PROTEIN CONFORMATION; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; TEMPERATURE;

EID: 0042528660     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)01029-2     Document Type: Article

References (65)

1. Y. C. Lee and R. T. Lee, J. Biomed. Sci. 3, 221 (1996).
2. K.-A. Karlsson, Mol. Microbiol. 29, 1 (1998).
3. H. Rüdíger, H.-C. Siebert, D. Solís, J. Jiménez-Barbero, A. Romero, C.-W. von der Lieth, T. Díaz-Mauriño, and H.-J. Gabius, Curr. Med. Chem. 7, 389 (2000).
4. N. Yamazaki, S. Kojima, N. V. Bovin, S. André, S. Gabius, and H.-J. Gabius, Adv. Drug Deliv. Rev. 43, 225 (2000).
5. G. Wagner, S. G. Hyberts, and T. F. Havel, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 21, 167 (1992).
6. M. W. MacArthur, P. C. Driscoll, and J. M. Thornton, Trends Biotechnol. 12, 149 (1994).
7. A. A. Bothner-By and R. Gassend, Ann. N. Y. Acad. Sci. 222, 668 (1973).
8. F. Ni, Prog. NMR Spectrosc. 26, 517 (1994).
9. L. Y. Lían, I. L. Barsukov, M. J. Sutcliffe, K. H. Sze, and G. C. K. Roberts, Methods Enzymol. 239, 657 (1994).
10. O. Jardetzky, Biochim. Biophys. Acta 621, 227 (1980).
11. J. P. Carver, Pure Appl. Chem. 65, 763 (1993).
12. H.-J. Gabius, Pharmaceut. Res. 15, 23 (1998).
13. A. Poveda and J. Jiménez-Barbero, Chem. Soc. Rev. 27, 133 (1998).
14. J. Jiménez-Barbero, J. L. Asensio, F. J. Cañada, and A. Poveda, Curr. Opin. Struct. Biol. 9, 549 (1999).
15. A. Imberty and S. Pérez, Chem. Rev. 100, 4567 (2000).
16. T. Peters, in "Carbohydrates in Chemistry and Biology," Part I: "Chemistry of Saccharides" (B. Ernst, G. W. Hart, and P. Sinay, eds.), Vol. 2, p. 1003. Wiley-VCH, Weinheim. Germany, 2000.
17. C. P. Glaudemans, L. Lerner, G. D. Daves, Jr., P. Kovac, R. Venable, and A. Bax, Biochemistry 29, 10906 (1990).
18. T. Scherf and J. Anglister, Biophys. J. 64, 754 (1993).
19. A. A. Bothner-By and J. H. Noggle, J. Am. Chem. Soc. 101, 5152 (1979).
20. S. R. Arepalli, C. P. J. Glaudemans, G. D. Daves, P. Kovac, and A. Bax, J. Magn. Reson. B 106, 195 (1995).
21. W. Massefsky and A. G. Redfield, J. Magn. Reson. 78, 150 (1988).
22. S. J. Vincent, C. Zwahlen, C. B. Post, J. W. Burgner, and G. Bodenhausen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 4383 (1997).
23. A. A. Bothner-By, R. L. Stephens, J.-M. Lee, C. D. Warren, and R. W. Jeanloz, J. Am. Chem. Soc. 106, 811 (1984).
24. A. Bax and D. G. Davis, J. Magn. Reson. 63, 207 (1985).
25. H. Kessler, C. Griesinger, R. Kerssebaum, K. Wagner, and R. R. Ernst, J. Am. Chem. Soc. 109, 607 (1987).
26. a H. Lahm, S. André, A. Hoeflich, J. R. Fischer, B. Sordat, H. Kaltner, E. Wolf, and H.-J. Gabius, Methods Enzymol. 362, [20] (2003) (this volume).
27. H.-C. Siebert, M. Gilleron, H. Kalmer, C.-W. von der Lieth, T. Kozár, N. V. Bovin, E. Y. Korchagina, J. F. G. Vliegenthart, and H.-J. Gabius, Biochem. Biophys. Res. Commun. 219, 205 (1996).
28. E. W. Sayers and J. H. Prestegard, Biophys. J. 82, 2683 (2002).
29. M. Gilleron, H.-C. Siebert, H. Kaltner, C.-W. von der Lieth, T. Kozár, K. M. Halkes, E. Y. Korchagína, N. V. Bovin, H.-J. Gabius, and J. F. G. Vliegenthart, Eur. J. Biochem. 252, 416 (1998).
30. T. Kozár and C.-W. von der Lieth, Glycoconj. J. 14, 925 (1997).
31. L. Poppe, C.-W. von der Lieth, and J. Dabrowski, J. Am. Chem. Soc. 112, 7762 (1990).
32. H.-C. Siebert, G. Reuter, R. Schauer, C.-W. von der Lieth, and J. Dabrowski, Biochemistry 31, 6962 (1992).
33. C.-W. von der Lieth, H.-C. Siebert, T. Kozár, M. Burchert, M. Frank, M. Gilleron, H. Kaltner, G. Kayser, E. Tajkhorshid, N. V. Bovin, J. F. G. Vliegenthart, and H.-J. Gabius, Acta Anat. 161, 91 (1998).
34. H. Kaltner and B. Stierstorfer, Acta Anat. 161, 162 (1998).
35. H.-J. Gabius, Biochimie 83, 659 (2001).
36. J. Jiménez-Barbero, J.-F. Espinosa, J. L. Asensio, F. J. Cañada, and A. Poveda, Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 56, 235 (2001).
37. J. F. Espinosa, F. J. Cañada, J. L. Asensio, M. Martin-Pastor, H. Dietrich, M. Martin-Lomas, R. R. Schmidt, and J. Jiménez-Barbero, J. Am. Chem. Soc. 118, 10862 (1996).
38. J. L. Asensio and J. Jiménez-Barbero, Biopolymers 35, 55 (1995).
39. J. Dabrowski, T. Kozár, H. Grosskurth, and N. E. Nifant'ev, J. Am. Chem. Soc. 117, 5534 (1995).
40. J. L. Asensio, J. F. Espinosa, H. Dietrich, F. J. Cañada, R. R. Schmidt, M. Martín-Lomas, S. André, H.-J. Gabius, and J. Jiménez-Barbero, J. Am. Chem. Soc. 121, 8995 (1999).
41. J. M. Alonso-Plaza, M. A. Canales, M. Jimenez, J. L. Roldan, A. Garcia-Herrero, L. Iturrino, J. L. Asensio, F. J. Cañada, A. Romero, H.-C. Siebert, S. André, D. Solís, H.-J. Gabius, and J. Jiménez-Barbero, Biochim. Biophys. Acta 1568, 225 (2001).
42. J.-F. Espinosa, F. J. Cañada, J. L. Asensio, H. Dietrich, M. Martín-Lomas, R. R. Schmidt, and J. Jiménez-Barbero, Angew. Chem. 108, 323 (1996).
43. J. F. Espinosa, E. Montero, A. Viãn, J. L. García, H. Dietrich, R. R. Schmidt, M. Martín-Lomas, A. Imberty, F. J. Cañada, and J. Jiménez-Barbero, J. Am. Chem. Soc. 120, 1309 (1998).
44. A. Garcia-Herrero, E. Montero, J. L. Muñoz, J. F. Espinosa, A. Vián, J. L. García, J. L. Asensio, F. J. Cañada, and J. Jiménez-Barbero, J. Am. Chem. Soc. 124, 4804 (2002).
45. H.-C. Siebert, S. André, J. L. Asensio, F. J. Cañada, X. Dong, J.-F. Espinosa, M. Frank, M. Gilleron, H. Kaltner, T. Kozár, N. V. Bovin, C.-W. von der Lieth, J. F. G. Vliegenthart, J. Jiménez-Barbero, and H.-J. Gabius, ChemBioChem 1, 181 (2000).
46. J. Dabrowski, H. Grosskurth, C. Baust, and N. E. Nifant'ev, J. Biomol. NMR 12, 161 (1998).
47. S. W. Homans, Prog. NMR Spectrosc. 22, 55 (1990).
48. H.-J. Gabius, Naturwissenschaften 87, 108 (2000).
49. E. Fischer, Ber. Dt. Chem. Ges. 27, 2985 (1894).
50. B. J. Hardy, J. Mol. Struct. 395-396, 187 (1997).
51. S. Roseman, J. Biol. Chem. 276, 41527 (2001).
52. L. Poppe, G. S. Brown, J. S. Philo, P. V. Nikrad, and B. H. Shah, J. Am. Chem. Soc. 119, 1727 (1997).
53. R. Harris, G. R. Kiddle, R. A. Field, M. J. Milton, B. Ernst, J. L. Magnani, and S. W. Homans, J. Am. Chem. Soc. 121, 2546 (1999).
54. M. Hricovini, M. Guerrini, and A. Bisio, Eur. J. Biochem. 261, 789 (1999).
55. R. Skinner, J.-P. Abrahams, J. C. Whisstock, A. M. Lesk, R. W. Carrel, and M. R. Wardell, J. Mol. Biol. 266, 601 (1997).
56. R. Roy, Trends Glycosci. Glycotechnol. 8, 79 (1996).
57. S. André, R. J. Pieters, I. Vrasidas, H. Kaltner, I. Kuwabara, F.-T. Liu, R. M. J. Liskamp, and H.-J. Gabius, ChemBioChem 2, 822 (2001).
58. E. W. Sayers, J. L. Weaver, and J. H. Prestegard, J. Biomol. NMR 12, 209 (1998).
59. J. L. Asensio, F. J. Cañada, M. Bruix, A. Rodriguez-Romero, and J. Jiménez-Barbero, Eur. J. Biochem. 230, 621 (1995).
60. J. L. Asensio, F. J. Cañada, M. Bruix, C. Gonzalez, N. Khiar, A. Rodriguez-Romero, and J. Jiménez-Barbero, Glycobiology 8, 569 (1998).
61. J. L. Asensio, H.-C. Siebert, C.-W. von der Lieth, J. Laynes, M. Bruix, U. M. Soedjanaatmadja, J. J. Beintema, F. J. Cañada, H.-J. Gabius, and J. Jiménez-Barbero, Proteins 40, 218 (2000).
62. J. F. Espinosa, J. L. Asensio, J. L. García, J. Laynez, M. Bruix, C. Wright, H.-C. Siebert, H.-J. Gabius, F. J. Cañada, and J. Jiménez-Barbero, Eur. J. Biochem. 267, 3965 (2000).
63. C. A. Bewley, Structure 9, 931 (2001).
64. M.-a. Sung, K. Fleming, H. A. Chen, and S. Matthews, EMBO Rep. 2, 621 (2001).
65. T. K. Dam and C. F. Brewer, Chem. Rev. 102, 387 (2002).