Statistical analysis of computational docking of large compound data bases to distinct protein binding sites

Journal of Computational Chemistry

Volumn 20, Issue 15, 1999, Pages 1634-1643

  Godden, Jeffrey W ^a   Stahura, Florence L ^a   Bajorath, Jürgen ^b  

^a MDS Inc   (Canada)

^b UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

Computational docking; Protein ligand interactions; Score distributions; Skewness; Statistical analysis

Indexed keywords

EID: 0040570293     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19991130)20:15<1634::AID-JCC4>3.0.CO;2-1     Document Type: Article

References (26)

1. Burt, S. K.; Hutchins, C. W.; Greer, J. Curr Opin Struct Biol 1991, 1, 213.
2. Cherfils, J.; Janin, J. Curr Opin Struct Biol 1993, 3, 265.
3. Blaney, J. M.; Dixon, J. S. Perspect Drug Discov Des 1993, 1, 301.
4. Kuntz, I. D.; Meng, E. C.; Shoichet, B. K. Ace Chem Res 1994, 27, 117.
5. Lybrand, T. P. Curr Opin Struct Biol 1995, 5, 224.
6. Lengauer, T.; Rarey, M. Curr Opin Struct Biol 1996, 6, 402.
7. Kuntz, I. D. Science 1992, 257, 1078.
8. Greer, J.; Bush, B. L. Proc Natl Acad Sci USA 1978, 75, 303.
9. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Landgridge, R.; Ferrin, T. E. J Mol Biol 1982 161, 269.
10. Leach, A. R.; Kuntz, I. D. J Comput Chem 1992, 13, 730.
11. Lorber, D. M.; Shoichet, B. K. Protein Sci 1998, 7, 938.
12. Leach, A. R. J Mol Biol 1994, 235, 345.
13. Ring, C. S.; Sun, E.; McKerrow, J. H.; Lee, G. K.; Rosenthal, P. J.; Kuntz, I. D.; Cohen, F. E. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 3583.
14. Shoichet, B. K.; Stroud, R. M.; Santi, D. V.; Kuntz, I. D.; Perry, K. M. Science 1993, 259, 1445.
15. Makino, S.; Kuntz, I. D. J Comput Chem 1997, 18, 1812.
16. Meng, E. C.; Gschwend, D. A.; Blaney, J. M.; Kuntz, I. D. Proteins Struct Funct Genet 1993, 17, 266.
17. Scolnick, L. R.; Clements, A. M.; Liao, J.; Crenshaw, L.; Hellberg, M.; May, J.; Dean, T. R.; Christianson, D. W. J Am Chem Soc 1997, 119, 850.
18. Engh, R. A.; Girod, A.; Kinzel, V.; Hubert, R.; Bossemeyer, D. J Biol Chem 1996, 271, 26157.
19. Yamaguchi, H.; Hendrickson, W. A. Nature 1996, 384, 484.
20. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535.
21. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J Comput Chem 1986, 7, 230.
22. Connolly, M. L. J Appl Crystallogr 1983, 16, 548.
23. Zheng, J.; Knighton, D. R.; Ten Eyck, L. F.; Karlsson, R.; Xuong, N.; Taylor, S. S.; Sowadski, J. M. Biochemistry 1993, 32, 2154.
24. Garr, C. D.; Peterson, J. R.; Schultz, L.; Oliver, A. R.; Underiner, T. L.; Cramer, R. D.; Ferguson, A. M.; Lawless, A. S.; Patterson, D. E. J. Biomol Screening 1996, 1, 179.
25. Gasteiger, J.; Marsili, M. Tetrahedron 1980, 36, 3210.
26. Böhm, H. J. J. Comput Aided Mol Des 1994, 8, 243.