Thermodynamic model of secondary structure for a-helical peptides and proteins

Biopolymers - Nucleic Acid Sciences Section

Volumn 42, Issue 2, 1997, Pages 239-269

  Lomize, Andrei L ^a   Mosberg, Henry I ^a   Sons, Inc ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

A helix stability; Micelles; Protein folding; Secondary structure prediction

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCULATIONS; FREE ENERGY; MICELLES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS; SOLUBILITY; STABILITY; STRUCTURE (COMPOSITION); SUBSTITUTION REACTIONS;

ALPHA HELIX STABILITY; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PROTEIN FOLDING; SECONDARY STRUCTURE;

MATHEMATICAL MODELS;

ARTICLE; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; MICELLE; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR MODEL; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STABILITY; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; THERMODYNAMICS;

ENZYMES; HYDROGEN BONDING; MICELLES; MODELS, CHEMICAL; MODELS, STRUCTURAL; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS; SOFTWARE; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 0031214521     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(sici)1097-0282(199708)42:2<239::aid-bip12>3.0.co;2-g     Document Type: Article

References (226)

1. Levitt, M. & Warshel, A. ( 1975) Nature 253, 694-698.
2. Nemethy, G. & Scheraga, H. A. (1990) FASEB J. 4, 3189-3197.
3. Srinivasan, R. & Rose, G. D. (1995) Proteins 22, 81-99.
4. Dill, K. A. (1985) Biochemistry 24, 1501-1509.
5. Shakhnovich, E., Farztdinov, G., Gutin, A. M. & Karplus, M. (1991) Phys. Rev. Lett. 67, 16651668.
6. Skolnick, J., Kolinski, A., Brooks, C. L., III, Godzik, A. & Rey, A. (1993) Curr. Biol. 3, 414-423.
7. Ptitsyn, O. B. & Finkelstein, A. V. (1980) in Protein Folding, Jaenicke, R., Ed., Eisevier Press, pp. 101-115.
8. Richardson, J. S. (1981) Adv. Protein Chem. 34, 167-339.
9. Chothia, C. (1984) Ann. Rev. Biochem. 53, 537572.
10. Cohen, F. E. & Kuntz, I. D. (1989) in Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation, Fasman, G. D., Ed., Plenum Press, New York, pp. 647-705.
11. Chou, K. C., Nemethy, G. & Scheraga, H.A. (1990) Ace. Chem. Res. 23, 134-141.
12. Karplus, M. & Weaver, D. L. (1994) Protein Sei. 3, 650-668.
13. Ptitsyn, O. B. & Semisotnov, G. V. ( 1991 ) in Conformations and Forces in Protein Folding, Nail,
14. B. T. & Dill, K. A., Eds., AAAS, Washington, pp. 155-168.
15. Fersht, A. R. (1993) FEES Lett. 325, 5-16.
16. Baldwin, R. L. (1993) Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 84-91.
17. Matthews, C. R. (1993) Ann. Rev. Biochem. 62, 653-683.
18. Dobson, C. M., Evans, P. A. & Radford, S. E. (1994) Trends Biochem. Sei. 19, 31-37.
19. Qian, H. & Schellman, J. A. (1992) J. Phys. Chem. 96, 3987-3994.
20. Finkelstein, A. V., Badretdinov, A. Y. & Ptitsyn, O. B. (1991) Proteins 10, 287-299.
21. Doig, A. J., Chakrabatty, A., Klinger, T. M. & Baldwin, R. L. (1994) Biochemistry 33, 3396-3403.
22. Shalongo, W. & Stellwagen, E. (1995) Protein Sei. 4, 1161-1166.
23. Stapley, B. J., Rohl, C. A. & Doig, A.J. (1995) Protein Sei. 4,2383-2391.
24. Munoz, V. & Serrano, L. (1995) J. Mol. Biol. 245, 275-296.
25. Munoz, V. & Serrano, L. ( 1995) J. Mol. Biol. 245, 297-308.
26. Skolnick, J. & Holtzer, A. (1982) Macromolecules 15, 303-314.
27. Soman, K. V., Karimi, A. & Case, D. A. (1993) Biopolymers 33, 1567-1580.
28. Jahnig, F. (1983) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 80, 3691-3695.
29. Hughson, F. M., Barrik, D. & Baldwin, R. L. ( 1991 ) Biochemistry 30, 4113-4118.
30. Milla, M. E., Brown, B. M., Waldburger, C. D. & Sauer, R. T. (1995) Biochemistry 34, 1391413919.
31. Itzhaki, L. S., Otzen, D. E. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 260-288.
32. Uchiyama, H., Perez-Prat, E. M., Watanabe, K., Kumagai, I. & Kuwajima, K. (1995) Protein Eng. 8, 1153-1161.
33. Zhu, Y., Chen, C. C., King, J. A. & Evans, L. B. (1992) Biochemistry 31, 10591-10601.
34. Bellman, R.E. (1957) Dynamic Programming, Princeton University Press, Princeton, NJ.
35. Scholtz, J. M. & Baldwin, R. L. ( 1992) Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 21, 95-118.
36. Ptitsyn, O. B. ( 1992) Curr. Opin. Struct. Biol. 2, 13-20.
37. Lyu, P. C., Gans, P. J. & Kallenbach, N. R. ( 1992) J. Mol. Biol. 223, 343-350.
38. Stellwagen, E., Park, S.-H., Shalongo, W. & Jain, A. (1992) Biopolymers 32, 1193-1200.
39. Scholtz, J. M., Qian, H., Robbins, V. H. & Baldwin, RVL. (1993) Biochemistry 32, 9668-9676.
40. Armstrong, K. M., Fairman, R. & Baldwin, R. L. (1993) J. Mol. Biol. 230, 284-291.
41. Padmanabhan, S. & Baldwin, R. L. ( 1994) Protein Sei. 3, 1992-1997.
42. Hermans, J. (1966) J. Phys. Chem. 70, 510-515.
43. Scholtz, J. M., Marqusee, S., Baldwin, R. L., York, E. J., Stewart, J. M., Santoro, M. & Bolen, D. W. ( 1991 ) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88,2854-2858.
44. O'Neil, K. T. & DeGrado, W. F. ( 1990) Science 250, 646-651.
45. Blaber, M., Zhang, X. J., Lindstrom, J. D., Pepiot, S. D., Baase, W. A. & Matthews, B. W. (1994) J. Mol. Biol. 235, 600-624.
46. Lyu, P. C, Liff, M. I., Marky, L. A. & Kallenbach, N. (1990) Science 250, 669-673.
47. Horovitz, A., Matthews, J. M. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 227, 560-568.
48. Chakrabatty, A., Doig, A. J. & Baldwin, R. L. (1993) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 90, 1133211336.
49. Doig, A. J. & Baldwin, R. L. (1995) Protein Sei. 4, 1325-1336.
50. Radzica, A. & Wolfenden, R. (1988) Biochemistry 27, 1664-1670.
51. Baker, E. N. & Hubbard, R. E. (1984) Prog. Biophys. Mol. Biol. 44, 97-179.
52. Shirley, B. A., Stanssens, P., Hahn, U. & Pace, C. N. (1992) Biochemistry 31, 725-732.
53. Chen, Y. W., Fersht, A. R. & Henrick, K. (1993) J. Mol. Biol. 234, 1158-1170.
54. Chakrabatty, A., Kortemme, T. & Baldwin, R. L. (1994) Protein Sei. 3, 843-852.
55. Nicholson, H., Anderson, D. E., Dao-Pin, S. & Matthews, B. W. (1991 ) Biochemistry 30, 9816-9828.
56. Sancho, J., Serrano, L. & Fersht, A. R. ( 1992) Biochemistry 31, 2253-2258.
57. Armstrong, K.M. & Baldwin, R. L. (1993) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 90, 11337-11340.
58. Zhou, H. X., Lyu, P. C., Wemmer, D. E. & Kallenbach, N. R. (1994) J. Am. Chem. Soc. 116, 11391140.
59. Serrano, L., Sancho, J., Hirshberg, M. & Fersht, A. (1992) J. Mol. Biol. 227, 544-559.
60. Yun, R. H., Anderson, A. & Hermans, J. (1991) Proteins 10, 219-228.
61. Hurley, J. H., Mason, D. A. & Matthews, B. W. (1992) Biopolymers 32, 1443-1446.
62. Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (1988) Science 240, 1648-1652.
63. Harper, E.T. & Rose, G. D. (1993) Biochemistry 32, 7605-7609.
64. Zhou, H. X., Lyu, P., VVemmer, D. E. & Kallenbach, N. R. (1994) Proteins 18, 1-7.
65. Bell, J. A., Becktel, W. J., Sauer, U., Baase, W. A. & Matthews, B. W. (1992) Biochemistry 31, 3590-3596.
66. Zhukovsky, E. A., Mulkerrin, M. G. & Presta, L. G. ( 1994) Biochemistry 33, 9856-9864.
67. elMastry, N. F. & Fersht, A. R. ( 1994) Protein Eng. 7, 777-782.
68. Seale, J. W., Srinivasan, R. & Rose, G. D. (1994) Protein Sei. 3, 1741-1745.
69. Munoz, V., Blanco, F. J. & Serrano, L. ( 1995) Nalure Struct. Biol. 2, 380-385.
70. Osterhout, J. J., Baldwin, R. L., York, E. J., Stewart, J.M., Dyson, H.J. & Wright, P.E. (1989) Biochemistry 28, 7059-7064.
71. Lyu, P. C., Wemmer, D. E., Zhou, H. X., Pinker, R. J. & Kallenbach, N. R. (1993) Biochemistry 32, 421-425.
72. Jimenez, M. A., Munoz, V., Rico, M. & Serrano, L. ( 1994) J. Mol. Biol. 242, 487-496.
73. Munoz, V. & Serrano, L. (1995) Biochemistry 34, 15301-15306.
74. Aurora, R., Srinivasan, R. & Rose, G. D. (1994) Science 264, 1126-1130.
75. Schellman, C. (1980) in Protein Folding, Jaenicke, R., Ed., Elsevier/North-Holland, New York, pp. 53-61.
76. Karle, I. L., Flippen-Andersen, J. L., Uma, K. & Balaram, P. (1993) Int. J. Peptide Protein Res. 42, 401-410.
77. Pervushin, K. V., Arseniev, A. S., Kozhich, A. T. & Ivanov, V. T. (1991) J. Biomol. NMR 1, 313-322.
78. Lomize, A. L., Pervushin, K. V. & Arseniev, A. S. (1992) J. Biomol. NMR 2, 361-372.
79. Macquaire, F., Baleux, F., Huynh-Dinh, T., Rouge, D., Neumann, J.-M. & Sanson, A. ( 1993) Biochemistry 32, 7244-7254.
80. Pervushin, K. V., Orekhov, V. Y., Popov, A. I., Musina, L. Y. & Arseniev, A. S. (1994) Eur. J. Biochem. 219,571-583.
81. Viguera, A. R. & Serrano, L. (1995) J. Mol. Biol. 251, 150-160.
82. Huyghues-Despointes, B. M., Scholtz, J. M. & Baldwin, R. L. (1993) Protein Sei. 2, 80-85.
83. Huyghues-Despointes, B. M., Scholtz, J. M. & Baldwin, R. L. (1993) Protein Sei. 2, 1604-1611.
84. Bernstein, F. C., Koetzle, T. F., Williams, J. B., Meyer, E. F., Brice, M. D., Rodgers, J. R., Kennard, O., Shimanouchi, T. & Tasumi, M. (1977) J. Mol. Biol. 112, 535-542.
85. Lin, L., Pinker, R. J. & Kallenbach, N. R. (1993) Biochemistry 32, 12638-12643.
86. Piela, L., Nemethy, G. & Scheraga, H.A. (1987) Biopolymers 26, 1273-1286.
87. McGregor, M. J., Islam, S. A. & Sternberg, M. J. E. (1987) J. Mol. Biol. 198, 295-310.
88. Creamer, T. P. & Rose, G. D. (1995) Protein Sei. 4, 1305-1314.
89. Viguera, A. R. & Serrano, L. (1995) Biochemistry 34, 8771-8779.
90. Maslennikov, I. V., Lomize, A. L. & Arseniev, A. S. (1991) Bioorg. Chem. (Russian) 17, 14561469.
91. Barsukov, I. L., Nolde, D. E., Lomize, A. L. & Arseniev, A. S. ( 1992) Eur. J. Biochem. 206, 665672.
92. Jimenez, M. A., Bruix, M., Gonzalez, C., Blanco,
93. F. L, Nieto, J. L., Herranz, J. & Rico, M. (1993) Eur. J. Biochem. 211, 569-581.
94. Munoz, V., Serrano, L., Jimenez, M. A. & Rico, M. (1995) J. Mol. Biol. 247, 648-669.
95. Constantine, K. L., Mapelli, C, Meyers, C. A., Friedrichs, M. S., Krystek, S. & Mueller, L. ( 1993) J. Biol. Chem. 268, 22830-22837.
96. Roseman, M. A. (1988) J. Mol. Biol. 201, 621623.
97. Jacobs, R. E. & White, S. H. (1989) Biochemistry 28,3421-3437.
98. Wimley, H. & White, S. H. (1995) Biophys. J. 68, A300.
99. Deber, C. M. & Li, S.-C. ( 1995) Biopolymers (Pepr/We SeJ.) 37, 295-318.
100. Rose, G. D. (1978) Nature 272, 586-590.
101. Stille, C. J., Thomas, L. J., Reyes, V. E. & Humpreys, R. E. (1987) Mol. Immunol. 24,1021-1027.
102. Eisenberg, D., Weiss, R. M. & Terwilliger, T. C. (1982) Nature 299, 371-374.
103. Ptitsyn, O. B. & Finkelstein, A. V. (1983) Biopolymers 22, 15-25.
104. Israelachvili, J. N. (1992) Interinolecular and Surface Forces, Academic Press, New York, pp. 371 373.
105. Barlow, D. J. & Thornton, J. M. (1988) J. Mol. Biol. 201,601-619.
106. Chothia, C., Levitt, M. & Richardson, D. ( 1981 ) J. Mol. Biol. 145, 215-250.
107. Kicks, R. P., Beard, D. J. & Young, J. K. (1992) Biopolymers 32, 85-96.
108. Graham, W. H., Carter, E. S., II & Hicks, R. P. (1992) Biopolymers 32, 1755-1764.
109. Brown, J.W. & Huestis, W. H. (1993) J. Phys. Chem. 97, 2967-2973.
110. Ohno, Y., Segawa, M., Ohishi, H., Doi, M., Kitamura, K., Ishida, T., Inoue, M. & Iwashita, T. (1993) Eur. J. Biochem. 212, 185-191.
111. Young, J. K. & Hicks, R. P. (1994) Biopolymers 34,611-623.
112. Deber, C. M. & Behnam, B. A. (1984) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 81, 61-65.
113. White, S. H. & Wimley, W. C. (1994) Curr. Op. Struct. Biol. 4, 79-86.
114. Kemmink, J. & Creighton, T.E. (1993) J. Mol. Biol. 234,861-878.
115. Waltho, J. P., Feher, V. A., Merutka, G., Dyson, H.J. & Wright, P.E. (1993) Biochemistry 32, 6337-6347.
116. Shin, H.-C., Merutka, G., Waltho, J. P., Wright, P. & Dyson, H. J. (1993) Biochemistry 32, 63486355.
117. Dyson, H. J., Merutka, G., Waltho, J. P., Lerner, R. A. & Wright, P.E. (1992) J. Mol. Biol. 226, 795-817.
118. Dyson, H. J., Sayre, J. R., Merutka, G., Shin, H. C., Lemer, R. A. & Wright, P. E. ( 1992) J. Mol. Biol. 226, 819-835.
119. Kippen, A. D., Arcus, V. L. & Fersht, A. R. (1994) Biochemistry 33, 10013-10021.
120. Munier, H., Blanco, F. J., Prêcheur, B., Diesis, E., Nieto, J. L., Craescu, C. T. & Barzu, O. (1993) J. Biol. Chem. 268, 1695-1701.
121. Craescu, C. T., Bouhss, A., Mispelter, J., Diesis, E., Popescu, A., Chiriac, M. & Barzu, O. (1995) J. Biol. Chem. 31, 7088-7096.
122. Munier, H., Bouhss, A., Gilles, A.-M., Palibroda, N., Barzu, O., Mispelter, J. & Craescu, C. T. (1995) Arch. Biochem. Biophys. 320, 224-235.
123. van der Graaf, M., van Mierlo, C. P. M. & Hemminga, M. A. ( 1991 ) Biochemistry 30,5722-5727.
124. Prêcheur, B., Munier, H., Mispelter, J., Barzu, O. & Craescu, C. T. ( 1992) Biochemistry 31, 229-236.
125. Jarvis, J. A., Munro, S. L. & Craik, D.J. (1994) Biochemistry 33, 33-41.
126. Merutka, G., Morikis, D., Bruschweiler, R. & Wright, P.E. (1993) Biochemistry 32, 1308913097.
127. Knott, H. M., Berndt, M. C., Kralicek, A. V., O'Donoghue, S. I. & King, G. F. (1992) Biochemistry 31, 11152-11158.
128. Breeze, A. L., Harvey, T. S., Bazzo, R. & Campbell, I. D. (1991) Biochemistry 30, 575-582.
129. Blanco, F. J., Jimenez, A., Rico, M., Santoro, J., Herranz, J. & Nieto, J. L. (1992) Biochem. Biophys. Res. Commun. 182, 1491-1498.
130. Zagorski, M. G. & Barrow, C. (1992) Biochemistry 31,5621-5631.
131. Zhang, M. & Vogel, H. J. (1994) Biochemistry 33, 1163-1171.
132. Jimenez, M. A., Carreno, C., Andreu, D., Blanco, F. J., Herranz, J., Rico, M. & Nieto, J. L. (1994) Biopolymers 34, 647-661.
133. McLeish, M. J., Nielsen, K. J., Najbar, L. V., Wade, J. D., Lin, F., Doughty, M. B. & Craik, D. J. (1994) Biochemistry 33, 11174-11183.
134. Raj, P.A., Soni, S.D. & Levine, M. J. (1994) J. Biol. Chem. 269, 9610-9619.
135. Bradley, E. K., Thomason, J. F., Cohen, F. E., Kosen, P. A. & Kuntz, I. D. ( 1990) J. Mol. Biol. 215, 607-622.
136. Czisch, M., Liebers, V., Bernstein, R., Chen, Z., Baur, X. & Holak, T. A. (1994) Biochemistry 33, 9420-9427.
137. Xu, X., Cooper, L. G., DiMario, P. J. & Nelson, J. W. (1994) Biopolymers 35, 93-102.
138. Marqusee, S. & Sauer, R. T. (1994) Protein Sei. 3, 2217-2225.
139. Musco, G., Tziatzios, C., Schuck, P. & Pastore, A. (1995) Biochemistry 34, 553-561.
140. Burke, C., Mayo, K. H., Skubitz, A. P. N. & Furcht, L. T. (1991) J. Biol. Chem. 266, 19407-19412.
141. Young, J. K., Anklin, C. & Hicks, R. P. (1994) Biopolymers 34, 1449-1462.
142. Mulhern, T. D., Howlett, G. J., Reid, G. E., Simp-son, R. J., McColl, D. J., Anders, R. F. & Norton, R. S. (1995) Biochemistry 34, 3479-3491.
143. Morris, M. B., Ralston, G. B., Eiden, T. J., Browne, C. L., King, G. F. & lismaa, T. P. (1995) Biochemistry 34, 4538-4545.
144. Freedman, S. J., Furie, B. C., Furie, B. & Baleja, J. D. (1995) J. Biol. Chem. 270, 7980-7987.
145. Aroeti, B., Kosen, P. A., Kuntz, I. D., Cohen, F.E. & Mostov, K.E. (1993) J. Cell. Biol. 123, 1149-1160.
146. Zhang, M. & Vogel, H.J. (1994) J. Biol. Chem. 269,981-985.
147. Zhang, M., Vogel, H. J. & Zwiers, H. (1994) Biochem. Cell. Biol. 72, 109-116.
148. Baumann, H. & Hard, T. (1995) Eur. J. Biochem. 230, 879-885.
149. Blanco, F. J. & Serrano, L. (1995) Eur. J. Biochem. 230, 634-649.
150. Munoz, V., Blanco, F. J. & Serrano, L. ( 1995) Protein Sei. 4, 1577-1586.
151. Viguera, A. R., Jimenez, M. A., Rico, M. & Serrano, L. (1996) J. Mol. Biol. 255, 507-521.
152. Itzhaki, L. S., Neira, J. L., Ruiz-Sanz, J., de Prat Gay, G. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 289-304.
153. Sancho, J., Neira, J. L. & Fersht, A. R. (1992) J. Mol. Biol. 224, 749-758.
154. Thornton, K., Wang, Y., Weiner, H. & Gorenstein, D. G. (1993) J. Biol. Chem. 268, 19906-19914.
155. Inagaki, F., Shimada, L, Kawaguchi, K., Hirano, M., Terasawa, L, Ikura, T. & Go, N. (1989) Biochemistry 28, 5985-5991.
156. Braun, W., Wider, G., Lee, K. H. & Wutrich, K. (1983) J. Mol. Biol. 169, 921-948.
157. Thornton, K. & Gorenstein, D. G. ( 1994) Biochemistry 33, 3532-3539.
158. Hammen, P. K., Gorenstein, D. G. & Weiner, H. (1994) Biochemistry 33, 8610-8617.
159. Lee, K. H., Fitton, J. E. & Wutrich, K. (1987) Biochim. Biophys. Acta 911, 144-153.
160. Hammen, P. K., Gorenstein, D. G. & Weiner, H. (1996) Biochemistry 35, 3772-3781.
161. Johansson, J., Szyperski, T. & Wuthrich, K. ( 1995) FEBSLett. 362,261-265.
162. van der Ven, F. J., van Os, J. W., Aelen, J. M., Wymenga, S. S., Remerowski, M. L., Konings, R. N. & Hilbers, C.W. (1993) Biochemistry 32, 83228328.
163. Motta, A., Pastore, A., Goud, N. A. & Morelli, M. A. C. ( 1991 ) Biochemistry 30, 10444-10450.
164. McLeish, M. J., Nielsen, K. J., Wade, J. D. & Craik, D. J. ( 1993) FEBS Lett. 315, 323-328.
165. Bairaktari, E., Mierke, D. F., Mammi, S. & Peggion, E. (1990) Biochemistry 29, 10090-10096.
166. Kallick, D. (1993) J. Am. Chem. Soc. 115, 93179318.
167. Rizo, J., Blanco, F. J., Kobe, B., Bruch, M. D. & Gierasch, L. M. (1993) Biochemistry 32, 48814894.
168. Zetta, L., Consonni, R., De Marco, A., Longhi, R., Manera, E. & Vecchio, G. (1990) Biopolymers 30, 899-909.
169. Pervushin, K. V. & Arseniev, A. S. (1992) FEBS Lett. 308, 190-196.
170. Kloosterman, D. A., Scahill, T. A. & Friedman, A. R. (1993) Peptide Res. 6, 211-218.
171. Improta, S., Pastore, A., Mammi, S. & Peggion, E. (1994) Biopolymers 34, 773-782.
172. Wilson, J. C., Nielsen, K. J., McLeish, M. J. & Craik, D. J. (1994) Biochemistry 33, 6802-6811.
173. Battistutta, R., Bisello, A., Mammi, S. & Peggion, E. (1994) Biopolymers 34, 1535-1541.
174. Gilbert, G. E. & Baleja, J. D. (1995) Biochemistry 34, 3022-3031.
175. Zhang, H., Kaneko, K., Nguyen, J. T., Livshits, T. L., Baldwin, M. A., Cohen, F. E., James, T. L. & Prusiner, S. B. (1995) J. Mol. Biol. 250, 514-526.
176. Rozek, A., Buchko, G. W. & Cushley, R. J. ( 1995) Biochemistry 34, 7401-7408.
177. Buchko, G. W., Rozek, A., Zhong, Q. & Cushley, R. J. ( 1995) Peptide Res. 8, 86-94.
178. Chupin, V., Killian, J. A., Breg, J., de Jongh, H. H. J., Boelens, R. & de Kruijff, B. (1995) Biochemistry 34, 11617-11624.
179. Buchko, G. W., Treleaven, W. D., Dünne, S. J., Tracey, A. S. & Cushley, R. J. (1996) J. Biol. Chem. 271, 3039-3045.
180. Endo, T., Shimada, L, Roise, D. & Inagaki, F. (1989) J. Biochem. 106, 396-400.
181. Chupin, V., Leenhouts, J. M., de Kroon, A. I. P. M. & de Kruijff, B. ( 1996) Biochemistry 35, 3141-3146.
182. Wakamatsu, K., Okada, A., Miyazawa, T., Ohya, M. & Higashijima, T. (1992) Biochemistry 31, 5654-5660.
183. Wang, Z., Jones, J. D., Rizo, J. & Gierasch, L. M. (1993) Biochemistry'52, 13991-13999.
184. Wright, P. E., Dyson, H. J. & Lerner, R. A. (1988) Biochemistry 27, 7167-7175.
185. Richards, F. M. (1977) Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 6, 151-176.
186. Zielenkiewicz, P. & Saenger, W. (1992) Biophys. J. 63, 1483-1486.
187. Mondragon, A., Subbiah, S., Almo, S. C., Drottar, M. & Harrison, S. C. (1989) J. Mol. Biol. 205, 189-200.
188. Kuo, C. F., McRee, D. E., Fisher, C. L., O'Handley, S., Cunningham, R. P. & Tainer, J. A. (1992) Science 258, 434-440.
189. Morize, L, Surcouf, E., Vaney, M. C., Epelboin, Y., Buehner, M., Fridlandsky, F., Milgrom, E. & Mornon, J. P. (1987) J. Mol. Biol. 194, 725-739.
190. Remington, S., Wiegand, G. & Huber, R. (1982) J.Mol. Biol. 158, 111-152.
191. Lawson, C. L., Zhang, R. G., Schevitz, R. W., Ot-winowski, Z., Joachimiak, A. & Sigler, P. B. (1988) Proteins 3, 18-31.
192. Yuan, H. S., Finkel, S. E., Feng, J. A., Johnson, R. C. & Dickerson, R. E. (1991) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 88, 9558-9562.
193. Beamer, L.J. & Pabo, C. O. (1992) J. Mol. Biol. 227, 177-196.
194. Parker, M. W., Postma, J. P. M., Pattus, F., Tucker, A. D. & Tsernoglou, D. (1992) J. Mol. Biol. 224, 639-657.
195. Kissinger, C. R., Liu, B. S., Martin-Blanco, E., Kornberg, T. E. & Pabo, C. O. ( 1990) Cell 63, 579590.
196. Ramakrishnan, V., Finch, J. T., Graziano, V., Lee, P. L. & Sweet, R. M. ( 1993) Nature 362,219-223.
197. Baud, F., Pebay-Peyroula, E., Cohen-Addad, C., Odani, S. & Lehmann, M. S. (1992) J. Mol. Biol. 231, 877-887.
198. Kumar, V. D., Lee, L. & Edwards, B. F. P. (1990) Biochemistry 29, 1404-1412.
199. Babu, Y. S., Bugg, C. E. & Cook, W. J. (1988) J. Mol. Biol. 204, 191-204.
200. Svensson, L. A., Thulin, E. & Forsen, S. (1992) J. Mol. Biol. 223, 601-606.
201. Takano, T. (1977) J. Mol Biol 110, 569-584.
202. Steigemann, W. & Weber, E. (1979) J. Mol Biol 127, 309-338.
203. Arutyunyan, E.G., Kuranova, I. P., Vainshtein, B. K. & Steigemann, W. (1980) Kristallografiya (Russian) 25, 80-100.
204. Salemme, F. R., Freer, S. T., Xuong, N. H., Alden, R. A. & Kraut, J. (1973) J. Biol. Cliem. 248,39103921.
205. Weiss, M. S., Anderson, D. H., Raffioni, S., Bradshaw, R. A., Ortenzi, C., Luporini, P. & Eisenberg, D. (1995) Proc. Natl. Acad. Sei. USA 92, 1017210176.
206. Robien, M. A., Clore, G. M., Omichinski, J. G., Perham, R. N., Appella, E., Sakaguchi, K. & Gronenborn, A. M. (1992) Biochemistry 31, 3463-3471.
207. Rafferty, J. B., Somers, W. S., Saint-Girons, I. & Phillips, S. E. V. (1989) Nature 341, 705-710.
208. Deisenhofer, J. (1981) Biochemistry 20, 23612370.
209. Weir, H. M., Kraulis, P.J., Hill, C. S., Raine, A.R.C., Laue, E. D. & Thomas, J. O. (1993) EMBOJ. 12, 1311-1319.
210. Concha, N. O., Head, J. F., Kaetzel, M. A., Dedman, J. R. & Seaton, B. A. (1993) Science 261, 1321-1324.
211. Wlodawer, A., Pavlovsky, A. & Gustchina, A. (1992) FEBS Lett. 309, 59-64.
212. Aleshin, A. E., Hoffman, C., Firsov, L. M. & Honzatko, R. B. (1994) J. Mol. Biol. 238, 575-591.
213. Finzel, B. C., Poulos, T. L. & Kraut, J. (1984) J. Biol. Chem. 259, 13027-13036.
214. Finzel, B. C., Ohlendorf, D. H., Weber, P. C. & Sa-lemme, F. R. (1991) Acta Ctystallogr. B47, 558559.
215. Andersen, N. H., Chen, C. P., Marschner, T. M., Krystek, S. J. & Bassolino, D. A. (1992) Biochemistry 31, 1280-1295.
216. Lederer, F., Glatigny, A., Bethge, P. H., Bellamy, H. D. & Matthew, F. S. (1981) J. Mol. Biol. 148, 427-428.
217. Deisenhofer, J., Epp, O., Sinning, I. & Michel, H. (1995) J. Mol. Biol. 246, 429-457.
218. Wlodawer, A., Walter, J., Huber, R. & Sjolin, L. (1984) J. Mol. Biol. 180, 301-329.
219. Kabsch, W. & Sander, C. (1983) Biopolymers 22, 2577-2637.
220. Shin, H.-C., Merutka, G., Waltho, J. P., Tennant, L. L., Dyson, H.J. & Wright, P.E. (1993) Biochemistry 32, 6356-6364.
221. Maslennikov, I. V., Arseniev, A. S., Tchikin, L. D., Kozhich, A. T. & Ivanov, V.T. (1993) Bioorg. Chem. (Russian) 19, 5-20.
222. Tamm, L. K. (1994) in Membrane Protein Structure. Experimental Approaches, White, S. H., Ed., Oxford University Press, New York, pp. 283-313.
223. Okada, A., Wakamatsu, K., Miyazawa, T. & Higashijima, T. (1994) Biochemistry 33, 9438-9446.
224. Wimley, W. C. & White, S. H. ( 1993) Biochemistry 32, 6307-6312.
225. De Young, L. R. & Dill, K. A. (1990) J. Phys. Chem. 94,801-809.
226. Crick, F. H. C. (1953) Acta Crystallogr. 6, 689697.