Analysis of the pyramidalization of the peptide group nitrogen: Implications for molecular mechanics energy functions

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 11, 2003, Pages 1825-1832

  Mannfors, Berit E ^a   Mirkin, Noemi G ^a   Palmo, Kim ^a   Krimm, Samuel ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE DISTRIBUTION; METHYLACETAMIDE; MOLECULAR MECHANICS; PEPTIDE; PYRAMIDALIZATION;

ATOMS; DEFORMATION; ELECTRIC FIELD EFFECTS; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; NUMERICAL ANALYSIS; POTENTIAL ENERGY;

ORGANIC COMPOUNDS;

EID: 0038061657     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0219606     Document Type: Article

References (31)

1. Buck, M.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9645-9658.
2. Carey, P. J. Biol. Chem. 1999, 274, 26625-26628.
3. Dian, B. C.; Longarte, A.; Zwier, T. S. Science 2002, 296, 2369-2373.
4. Winkler, F. K.; Dunitz, J. D. J. Mol. Biol. 1971, 59, 169-182.
5. Ermer, O.; Lifson, S. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 4121-4132.
6. Mannfors, B.; Sundius, T.; Palmo, K.; Pietila, L.-O.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 2000, 521, 49-75.
7. Mannfors, B.; Pietila, L.-O.; Palmo, K. J. Mol. Struct. 1991, 248, 289-316.
8. Mannfors, B.; Pietila, L.-O.; Palmo, K. J. Mol. Struct. 1994, 328, 287-295.
9. Halgren, T. A.; Nachbar, R. B. J. Comput. Chem. 1996, 17, 587-615.
10. Maple, J. R.; Hwang, M. J.; Jalkanen, K. J.; Stockfish, T. P.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1998, 19, 430-458.
11. Palmo, K.; Pietila, L.-O.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 1991, 12, 385-390.
12. Francl, M. M.; Chirlian, L. E. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; Wiley-VHC: New York, 2000; Vol. 14, pp 1-31.
13. Mannfors, B.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 2000, 556, 1-21.
14. Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1933-1943.
15. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montogomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
16. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
17. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361-373.
18. Spackman, M. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1-18.
19. Palmo, K.; Krimm, S. SPEAR: Spectroscopic Potential Energy Analytical Refinement-A Molecular Parametrization and Modeling Package. To be published.
20. Wilson, E. B., Jr.; Decius, J. C.; Cross, P. C. Molecular Vibrations. The Theory of Infrared and Raman Vibrational Spectra; Dover Publications: New York, 1980.
21. Bell, B. P. Trans. Faraday Soc. 1945, 41, 293-295.
22. Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 1998, 19, 754-768.
23. Palmo, K.; Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Biopolymers 2003, 68, 383-394.
24. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 1998, 19, 377-395.
25. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 334, 1-6.
26. MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1996, 264, 1180-1195.
27. Ramek, M.; Yu, C.-H.; Sakon, J.; Schäfer, L. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9636-9645.
28. Mirkin, N. G. Unpublished data.
29. Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Palmo, K.; Krimm, S. To be published.
30. Qian, W.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 125-129.
31. Lee, S.-H.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1067-1084.