Strength of solvent-exposed salt-bridges

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 4, 1999, Pages 727-736

  Luo, Ray ^a,b   David, Laurent ^a   Hung, Howard ^c   Devaney, Judith ^c   Gilson, Michael K ^a,c  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND BIOTECHNOLOGY INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

^c NATIONAL INSTITUTE OF STANDARDS AND TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000972810     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp982715i     Document Type: Article

References (63)

1. Perutz, M. F. Q. Rev. Biophys. 1989, 22, 139-237.
2. Yip, K. S. P.; Stillman, T. J.; Britton, K. L.; Artymiuk, P. J.; Baker, P. J.; Sedelnikova, S. E.; Engel, P. C.; Pasquo, A.; Chiaraluce, R.; Consalvi, V.; Scandurra, R.; Rice, D. W. Structure 1997, 3, 1147-1158.
3. Salminen, T.; Teplyakov, A.; Kankare, J.; Cooperman, B. S.; Lahti, R.; Goldman, A. Protein Sci. 1996, 5, 1014-1025.
4. Russell, R. J. M.; Ferguson, J. M. C.; Hough, D. W.; Danson, M. J.; Taylor, G. L. Biochemistry 1997, 36, 9983-9994.
5. Aguilar, C. F.; Sanderson, I.; Moracci, M.; Ciaramella, M.; Nucci, R.; Rossi, M.; Pearl, L. H. J. Mol. Biol. 1997, 271, 789-802.
6. Hennig, M.; Sterner, R.; Kirschner, K.; Jansonius, J. N. Biochemistry 1997, 36, 6009-6016.
7. Pappenberger, G.; Schurig, H.; Jaenicke, R. J. Mol. Biol. 1997, 274, 676-683.
8. Lim, J. H.; Yu, Y. G.; Han, Y. S.; Cho, S. J.; Ahn, B. Y.; Kim, S. H.; Cho, Y. J. J. Mol. Biol. 1997, 270, 259-274.
9. Wallon, G.; Kryger, G.; Lovett, S. T.; Oshima, T.; Ringe, D.; Petsko, G. A. J. Mol. Biol. 1997, 266, 1016-1031.
10. Marqusee, S.; Sauer, R. T. Protein Sci. 1994, 3, 2217-2225.
11. Anderson, D. E.; Becktel, W. J.; Dahlquist, F. W. Biochemistry 1990, 29, 2403-2408.
12. Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1972, 64, 497-509.
13. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8898-8902.
14. Fairman, R.; Shoemaker, K. R.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 1990, 37, 107-119.
15. Huyghes-Despointes, B. M. P.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 1965-1970.
16. Lyu, P. C.; Gans, P. J.; Kallenbach, N. R. J. Mol. Biol. 1992, 223, 343-350.
17. Schneider, J. P.; Lear, J. D.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5742-5743.
18. Waldburger, C. D.; Schildbach, J. F.; Sauer, R. T. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 122-128.
19. Gilson, M. K.; Rashin, A. A.; Fine, R.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1985, 183, 503-516.
20. Varadarajan, R.; Lambright, D. G.; Boxer, S. G. Biochemistry 1989, 28, 3771-3781.
21. Dao-Pin, S.; Anderson, D. E.; Baase, W. A.; Dahlquist, F. W.; Matthews, B. W. Biochemistry 1991, 30, 11521-11529.
22. Stiles, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7-14.
23. Wimley, W. C.; Gawrisch, K.; Creamer, T. P.; White, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2985-2990.
24. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1994, 3, 211-226.
25. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671-679.
26. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1988, 4, 7-18.
27. Honig, B.; Sharp, K.; A.-S Yang. J. Phys. Chem 1993, 97, 1101-1109.
28. Serrano, L.; Horovitz, A.; Avron, B.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. Biochemistry 1990, 29, 9343-9352.
29. Dao-Pin, S.; Sauer, U.; Nicholson, H.; Matthews, B. W. Biochemistry 1991, 30, 7142-7153.
30. Rashin, A. A. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1992, 13, 120-131.
31. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
32. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005-3014.
33. Head, M. S.; Given, J. A.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 1609-1618.
34. Luo, R.; Head, M. S.; Moult, J.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6138-6146.
35. Springs, B.; Haake, P. Bioorg. Chem. 1977, 6, 181-190.
36. Waksman, G.; Kominos, D.; Robertson, S. C.; Pant, N.; Baltimore, D.; Birge, R. B.; Cowburn, D.; Hanafusa, H.; Mayer, B. J.; Overduin, M.; Resh, M. D.; Rios, C. B.; Silverman, L.; Kuriyan, J. Nature 1992, 358, 646-653.
37. Waksman, G.; Shoelson, S. E.; Pant, N.; Cowbum, D.; Kuriyan, J. Cell 1993, 72, 779-790.
38. Molecular Simulations Inc., Waltham, MA, 1996.
39. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092.
40. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069.
41. Justice, M.-C.; Justice, J.-C. J. Solution Chem. 1976, 5, 543-561.
42. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3770-3771.
43. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187-197.
44. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
45. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Biopolymers 1986, 25, 2097-2119.
46. Scholtz, J. M.; Qian, H.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1993, 32, 9668-9676.
47. Huyghues-Despointes, B. M. P.; Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1993, 2, 1604-1611.
48. Huyghues-Despointes, B. M. P.; Klingler, T. M.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1995, 34, 13267-13271.
49. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526-535.
50. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963-1974.
51. Doig, A. J.; Chakrabartty, A.; Klingler, T. M.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1994, 33, 3396-3403.
52. Munoz, V.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 6, 399-409.
53. Stapley, B. J.; Rohl, C. A.; Doig, A. J. Protein Sci. 1995, 4, 2383-2391.
54. Sheinerman, F. B.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10098-10103.
55. Kato, Y.; Conn, M. M.; Rebek, J., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3279-3284.
56. Barskaya, T. V.; Ptitsyn, O. B. Biopolymers 1971, 10, 2181-2197.
57. Bychkova, V. E.; Ptitsyn, O. B.; Barskaya, T. V. Biopolymers 1971, 10, 2161-2179.
58. Sueki, M.; Lee, S.; Powers, S. P.; Denton, J. B.; Konishi, Y.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1984, 17, 148-155.
59. Lee, L. P.; Tidor, B. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8681-8690.
60. Williams, D. H.; Cox, J. P. L.; Doig, A. J.; Gardner, M.; Gerhard, U.; Kaye, P. T.; Lal, A. R.; Nicholls, I. A.; Salter, C. J.; Mitchell, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7020-7030.
61. Page, M. I.; Jencks, W. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 1678-1683.
62. No, K. T.; Nam, K.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12917-12922.
63. Hermans, J.; Wang, L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2707-2714.