DNA, RNA, and DNA/RNA Oligomer Duplexes: A Comparative Study of Their Stability, Heat, Hydration, and Mg2+ Binding Properties

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 41, 1999, Pages 8759-8767

  Kankia, Besik I ^a   Marky, Luis A ^a  

^a UNIVERSITY OF NEBRASKA MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001331773     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp991614x     Document Type: Article

References (60)

1. Saenger, W. In Principles of Nucleic Acid Structure; Kantor, G. R., Ed.; Springer-Verlag: New York, 1984.
2. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 121.
3. Texter, J. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1978, 33, 83.
4. Westhof, E. Annu. Rev. Phys. Chem. 1988, 17, 125.
5. Berman, H. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1991, 1, 423.
6. Tunis, M.-J. B.; Hearst, J. E. Biopolymers 1968, 6, 1325.
7. Garcia, A. E.; Hummer, G.; Soumpasis, D. M. In Neutrons in Biology; Schoenborn, B. P., Knott, R., Eds.: Plenum Press: New York, 1996; pp 299-308.
8. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535.
9. Kopka, M. L.; Fratini, A. V.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 163, 129.
10. Alexeev, D. G.; Lipanov, A. A.; Skuratovskii, I. Ya. Nature 1987, 325, 821.
11. Kubinec, M. G.; Wemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8739.
12. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341.
13. Wang, A. H.-J.; Fujii, S.; van Boom, J. H.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3968.
14. Wang, A. H.-J.; Hakoshima, T.; van der Marel, G.; van Boom, J. H.; Rich, A. Cell 1984, 37, 321.
15. Westhof, E.; Prange, T.; Chevrier, B.; Moras, D. Biochimie 1985, 67, 811.
16. Chevrier, B.; Dock, A. C.; Hartmann, B.; Leng, M.; Moras, D.; Thuong, M. T.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1986, 188, 707.
17. Saenger, W.; Hunter, W. N.; Kennard, O. Nature 1986, 324, 385.
18. Rentzeperis, D.; Kupke, D. W.; Marky, L. A. Biopolymers 1993, 33, 117.
19. Mrevlishvili, G. M. Dokl. Akad. Nauk SSSR 1981, 200, 761.
20. Buckin, V. A.; Kankiya, B. I.; Bulichov, N. V.; Lebedev, A. V.; Gukovsky, V. P.; Sarvazyan, A. P.; Williams, A. R. Nature 1989, 340, 321.
21. Macgregor, R. B., Jr.; Chen, M. Y. Biopolymers 1990, 29, 1069.
22. Buckin, V. A.; Kankiya, B. I.; Sarvazyan, A. P.; Uedaira, H. Nucl. Acids Res. 1989, 17, 4189.
23. Umehara, T.; Kuwabara, S.; Mashimo, S.; Yagihara, S. Biopolymers 1990, 29, 649.
24. Preisler, R. S.; Chen, H. H.; Colombo, M. F.; Choe, Y.; Short, B. J., Jr.; Rau, D. C. Biochemistry 1995, 34, 14400.
25. Rentzeperis, D.; Kupke, D. W.; Marky, L. A. Biochemistry 1994, 33, 9588.
26. Frank, H. S.; Evans, M. W. J. Chem. Phys. 1945, 13, 507.
27. Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1959, 14, 1.
28. Millero, F. J. In Water and Aqueous Solutions; Horn, R. A., Ed.; Wiley-Interscience: New York, 1972; pp 519-595.
29. Buckin, V. A.; Kankiya, B. I.; Rentzeperis, D.; Marky, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9423.
30. Buckin, V. A.; Tran, H.; Morozov, V.; Marky, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7033.
31. Cantor, C. R.; Warshow, M. M.; Shapiro, H. Biopolymers 1970, 9, 1059,
32. Marky, L. A.; Blumenfeld, K. S.; Kozlowski, S.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1983, 22, 1247.
33. Millero, F. J.; Ward, G. K.; Chetirkin, P. V. J. Acoust. Soc. Am. 1977, 61, 1492.
34. Marky, L. A.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1987, 26, 1601.
35. Eggers, F.; Funck, T. Rev. Sci. Instrum. 1973, 44, 969.
36. Barnatt, S. J. Chem. Phys. 1952, 20, 278.
37. Shio, H.; Ogawa, T.; Yoshihashi, H. J. Am. Chem. Soc. 1955, 77, 4980.
38. Roberts, R. W.; Crothers, D. M. Science 1992, 258, 1463.
39. Ratmeyer, L.; Vinayak, R.; Zhong, Y. Y.; Zon, G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1994, 33, 5298.
40. Hall, K. B.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1991, 30, 10606.
41. Breslauer, K. J.; Frank, R.; Blocker, H.; Marky, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 3746.
42. Xia, T.; SantaLucia, J.; Burkard, M. E.; Kierzek, R.; Schroeder, S.; Jiao, X.; Cox, C.; Turner, D. H. Biochemistry 1998, 37, 14719.
43. Sugimoto, N.; Nakano, S.; Katoh, M.; Matsumura, A.; Nakamuta, H.; Ohmichi, T.; Yoneyama, M.; Sasaki, M. Biochemistry 1995, 34, 11211.
44. SantaLucia, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460.
45. Holbrook, J. A.; Capp, M. W.; Saecker, R. M.; Record, M. T., Jr. Biochemistry 1999, 38, 8409.
46. Chalikian, T. V.; Volker, J.; Plum, G. E.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 7853.
47. Marky, L. A.; Rentzeperis, D.; Luneva, N. P.; Cosman, M.; Geacintov, N. E.; Kupke, D. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3804.
48. Kankia, B. I.; Uedaira, H.; Ishimura, M.; Buckin, V. A. Submitted to J. Am. Chem. Soc.
49. Krakauer, H. Biopolymers 1972, 11, 811.
50. Solie, T. N.; Schellman, J. A. J. Mol. Biol. 1968, 33, 61.
51. Manning, G. Rev. Biophys. 1978, 11, 179.
52. Pezzano, H.; Podo, F. Chem. Rev. 1980, 80, 365.
53. Granot, J.; Feigon, J.; Kearns, D. R. Biopolymers 1982, 21, 181.
54. Kankia, B. I.; Funck, T.; Uedaira, H.; Buckin, V. A. J. Solution Chem. 1997, 26, 877.
55. Kankia, B. I.; Funck, T.; Marky, L. A. J. Solution Chem., in press.
56. Millero, F. J.; Ward, G. K.; Lepple, F. K.; Hoff, E. V. J. Phys. Chem. 1974, 75, 1636.
57. Skerjanc, J.; Strauss, U. P. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 3081.
58. Lown, D. A.; Thirsk, H. R.; Lord Wynne-Jones. Trans. Faraday Soc. 1968, 64, 2073.
59. Buckin, V. A. Biophys. Chem. 1988, 29, 283.
60. Marky, L. A.; Kupke, D. W. Methods Enzymol., in press.