Electrostatic role of phosphate 2485 in the large ribosomal unit from H. marismortui

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 9, 2003, Pages 2091-2097

  Spiegel, Katrin ^a   Carloni, Paolo ^a  

^a DEMOCRITOS NATIONAL SIMULATION CENTER   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE RELAY MECHANISM; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; POISSON - BOLTZMANN EQUATION; RIBOSOMAL SUBUNIT;

COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; ENZYME KINETICS; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEIC ACIDS; POISSON EQUATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

PHOSPHATES;

EID: 0037422362     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp026572i     Document Type: Article

References (43)

1. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1113-1131.
2. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
3. Egli, M.; Portmann, St.; Usman, N. Biochemistry 1996, 35, 8489-8494.
4. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science (Washington, D.C.) 2000, 289, 905-920.
5. Nissen, P.; Hansen, J.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science (Washington, D.C.) 2000, 289, 920-930.
6. Schmeing, T. M.; Seila, A. C.; Hansen, J. L.; Freeborn, B.; Soukup, J. K.; Scaringe, S. A.; Strobel, S. A.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 225-230.
7. Hansen, J. L.; Ippolito, J. A.; Ban, N.; Nissen, P.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Mol. Cell 2002, 10, 117-128.
8. Hansen, J. L.; Schmeing, T. M.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11670-11675.
9. Moore, P. B.; Steitz, T. A. Nature (London) 2002, 418, 229-235.
10. Edsall, J. T.; Wyman, J. Biophysical Chemistry; Academic Press: New York, 1958.
11. Stryer, L. Biochemistry, 4th ed.; W. H. Freeman and Company: New York, 1995; Chapter 2.
12. Muth, G. W.; Ortoleva-Donnelly, L.; Strobel, S. A. Science (Washington, D.C.) 2000, 289, 947-950.
13. Bayfield, M. A.; Dahlberg, A. E.; Schulmeister, U.; Dorner, S.; Barta, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10096-10101.
14. Polacek, N.; Gaynor, M.; Yassin, A.; Mankin, A. S. Nature (London) 2001, 411, 498-501.
15. Xiong, L.; Polacek, N.; Sander, P.; Bottger, E. C.; Mankin, A. RNA 2001, 7, 1365-1369.
16. Schluenzen, F.; Zarivach, R.; Harms, J.; Bashan, A.; Tocilj, A.; Albrecht, R.; Yonath, A. Nature (London) 2001, 413, 814-821.
17. The Ribosome: Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions; Garrett, R. A., Douthwaite, S. R., Liljas, A., Matheson, A. T., Moore, P. B., Noller, H. F., Eds.; ASM: Washington DC, 2000.
18. Vicens, Q.; Westhof, E. Structure (Camb.) 2001, 9, 647-658.
19. Joergens, W. L. J. Chem. Phys 1983, 79, 926-935.
20. Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 117, 5179-5197.
22. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M. F.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 5; University of California: San Francisco, CA, 1997.
23. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, H. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
24. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
25. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys 1984, 81, 3684-3690.
26. Barnett, R. N.; Landman, U. Phys. Rev. B 1993, 48, 2081-2097.
27. Hutter, J.; Alavi, A.; Deutsch, T.; Silvestri, W.; Parrinello, M. CPMD; MPI fur Festkorperforschung Stuttgard and IBM Zurich Research Laboratory[3.4]; http://www.cpmd.org; 2000.
28. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1943-2006.
29. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
30. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
31. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
32. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D. V. M. P. Science (Washington, D.C.) 1983, 220, 671.
33. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847-12865.
34. Alber, F.; Folkers, G.; Carloni, P. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6121-6126.
35. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
36. Lamm, G.; Pack, G. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 965-989.
37. Sulpizi, M.; Carloni, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10087-10091.
38. Volker, J.; Klump, H. H.; Manning, G. S.; Breslauer, K. J. J. Mol. Biol. 2001, 310, 1011-1025.
39. Muth, G. W.; Chen, L.; Kosek, A. B.; Strobel, S. A. RNA 2001, 7, 1403-1415.
40. Thompson, J.; Kim, D. F.; O'Connor, M.; Lieberman, K. R.; Bayfield, M. A.; Gregory, S. T.; Green, R.; Noller, H. F.; Dahlberg, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 9002-9007.
41. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Capel, M.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Nature (London) 1999, 400, 841-847.
42. Cox, S. R.; Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 304.
43. Silvestrelli, P. L.; Marzari, N.; Vanderbilt, D.; Parrinello, M. Solid State Commun. 1998, 107, 7.