Sequence dependence of fluorescent quenching of chromophores covalently bonded to oligo-DNAs before and after duplex formation

Supramolecular Chemistry

Volumn 15, Issue 2, 2003, Pages 149-154

  Ohya, Yuichi ^a   Yabuki, Kentaro ^a   Ouchi, Tatsuro ^a  

^a KANSAI UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

DNA; Duplex formation; Fluorescent probe; Quenching

Indexed keywords

COMPLEMENTARY DNA; DNA; DNA BASE; DOUBLE STRANDED DNA; EOSIN; FLUORESCENT DYE; GUANINE; TETRAMETHYLRHODAMINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHROMATOPHORE; COVALENT BOND; DNA BINDING; DNA DETERMINATION; DNA SEQUENCE; FLUORESCENCE; PHOTOCHEMICAL QUENCHING;

EID: 0037333563     PISSN: 10610278     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/1061027021000041799     Document Type: Article

References (27)

1. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078.
2. Nakatani, K.; Sando, S.; Saito, I. Nature Biotech. 2001, 19, 51.
3. Yu, C. J.; Wan, Y.; Yowanto, H.; Li, J.; Tao, C.; James, M. D.; Tan, C. L.; Blackburn, G. F.; Meade, T. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11155.
4. Boon, E. M.; Ceres, D. M.; Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Nature Biotech. 2000, 18, 1096.
5. Cardullo, R. A.; Agrawal, S.; Flores, C.; Zamecnik, P. C.; Wolf, D. E. Proc. Natl Acad. Soc. USA 1988, 85, 8790.
6. Mergny, J. L.; Garestier, T.; Rougee, M.; Lebedev, A. V.; Chassignol, M.; Thung, N. T.; Helene, C. Biochemistry 1994, 33, 15321.
7. Murchie, A. I. H.; Clegg, R. M.; von Kitzing, E.; Duckett, D. R.; Diekmann, S.; Lilley, D. M. J. Nature 1989, 341, 763.
8. Mergny, J. L.; Boutorine, A. S.; Garestier, T.; Belloc, F.; Rougee, M.; Bulychec, N. V.; Koshkin, A. A.; Bourson, J.; Levedev, A. V.; Valeur, B.; Thuong, N. T.; Helene, C. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 920.
9. Ota, N.; Hirano, K.; Warashina, M.; Andrus, A.; Mullah, B.; Hatanaka, K.; Taira, K. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 735.
10. Morrison, L. E.; Hadler, T. C.; Stols, L. M. Anal. Biochem. 1989, 183, 231.
11. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nature Biotech. 1996, 14, 303.
12. Clegg, R. M.; Murchie, A. I. H.; Zechel, A.; Lilley, D. M. J. Proc. Natl Acad. Soc. USA 1993, 90, 2994.
13. Morrison, L. E.; Stols, L. M. Biochemistry 1993, 32, 3095.
14. Magda, D.; Crofts, S.; Sessler, J. L.; Sansom, P.; Springs, S. L.; Ohya, Y. Tetrahed. Lett. 1997, 38, 5759.
15. Brum, A. M.; Harriman, A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3656.
16. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatilia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
17. Fukui, K.; Tanaka, K. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1998, 37, 158.
18. Meade, T. J.; Kayyem, J. F. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1995, 34, 352.
19. Ohya, Y.; Yabuki, K.; Tokuyama, M.; Ouchi, T. Supramol. Chem. 2003, 15(1), 45-54.
20. Ohya, Y.; Yabuki, K.; Komatsu, M.; Ouchi, T. Polym. Adv. Tecnol. 2000, 11, 845.
21. Telser, J.; Cruickshank, K. A.; Morrison, L. E.; Netzel, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 6966.
22. Mann, J. S.; Shibata, Y.; Meehan, T. Bioconjuate Chem. 1992, 3, 554.
23. Kierzek, R.; Li, Y.; Turner, H.; Bevilacqua, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4985.
24. Meggers, E.; Micheal-Beyerle, M. E.; Giese, B. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12950.
25. Giese, B.; Amaudrut, J.; Kohler, A. K.; Spormann, M.; Wessely, S. Nature 2001, 412, 318.
26. Lewis, F. D.; Wu, T.; Zhang, Y.; Letsinger, R. L.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Science 1997, 275, 1420.
27. Barnett, R. N.; Cleveland, C. L.; Joy, A.; Landman, U.; Schuster, G. B. Science 2001, 294, 567.