Supramolecular structure of helical ribbons self-assembled from a β-sheet peptide

Journal of Chemical Physics

Volumn 118, Issue 1, 2003, Pages 389-397

  Hwang, Wonmuk ^a   Marini, Davide M ^a   Kamm, Roger D ^a   Zhang, Shuguang ^a  

^a Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHODS; NANOSTRUCTURED MATERIALS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PH; TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY;

ANALYTIC CONTINUUM ELECTROSTATICS MODEL; BETA-SHEET PEPTIDES; ELECTROSTATIC DOUBLE LAYER THEORY; HELICAL RIBBONS; SUPRAMOLECULAR STRUCTURE; TRIFLUOROACETIC ACID;

MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 0037259922     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.1524618     Document Type: Article

References (45)

1. S. Zhang, T. Holmes, C. Lockshin, and A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 3334 (1993).
2. T. C. Holmes, S. de Lacalle, X. Su, G. Liu, A. Rich, and S. Zhang, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 6728 (2000).
3. D. M. Marini, W. Hwang, D. A. Lauffenburger, S. Zhang, and R. D. Kamm, Nano Letters 2, 295 (2002).
4. M. R. Caplan, P. N. Moor, S. Zhang, R. D. Kamm, and D. A. Lauffenburger, Biomacromolecules 1, 627 (2000).
5. A. Aggeli, M. Bell, N. Boden, J. N. Keen, P. F. Knowles, T. C. B. McLeish, M. Pitkeathly, and S. E. Radford, Nature (London) 386, 259 (1997).
6. J. D. Kisiday, M. Jin, B. Kurz, H. Huang, C. E. Semino, S. Zhang, and A. J. Grodzinsky, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 9996 (2002).
7. M. Balbirnie, R. Grothe, and D. S. Eisenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 2375 (2001).
8. T. Kowalewski and D. M. Holtzman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 3688 (1999).
9. N. D. Lazo and D. T. Downing, Biochem. Biophys. Res. Commun. 235, 675 (1997).
10. J. J. Balbach, Y. Ishii, O. N. Antzukin, R. D. Leapman, N. W. Rizzo, F. Dyda, J. Reed, and R. Tycko, Biochemistry 39, 13748 (2000).
11. T. S. Burkoth, T. L. S. Benzinger, V. Urban, D. M. Morgan, D. M. Gregory, P. Thiyagarajan, R. E. Botto, S. C. Meredith, and D. G. Lynn, J. Am. Chem. Soc. 122, 7883 (2000).
12. T. L. S. Benzinger, D. M. Gregory, T. S. Burkoth, H. Miller-Auer, D. G. Lynn, R. E. Botto, and S. C. Meredith, Biochemistry 39, 3491 (2000).
13. T. L. S. Benzinger, D. M. Gregory, T. S. Burkoth, H. Miller-Auer, D. G. Lynn, R. E. Botto, and S. C. Meredith, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 13407 (1998).
14. O. N. Antzutkin, J. J. Balbach, R. D. Leapman, N. W. Rizzo, J. Reed, and R. Tycko, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 13405 (2000).
15. G. F. Egnaczyk, K. D. Greis, E. R. Stimson, and J. E. Maggio, Biochemistry 40, 11706 (2001).
16. J. D. Harper, S. S. Wong, C. M. Lieber, and P.T. Lansbury, Biochemistry 38, 8972 (1999).
17. K. A. Conway, S.-J. Lee, J.-C. Rochet, T. T. Ding, R. E. Williamson, and P. T. Lansbury, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 571 (2000).
18. M. P. Lambert, A. K. Barlow, B. A. Chromy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 6448 (1998).
19. M. J. Volles, S.-J. Lee, J.-C. Rochet, M. D. Shtilerman, T. T. Ding, J. C. Kessler, and P. T. Lansbury, Biochemistry 40, 7812 (2001).
20. R. Oda, I. Huc, M. Schmutz, S. J. Candau, and F. C. MacKintosh, Nature (London) 399, 566 (1999).
21. B. N. Thomas, C. M. Lindemann, and N. A. Clark, Phys. Rev. E 59, 3040 (1999).
22. B. Smith, Y. V. Zastavker, and G. B. Benedek, Phys. Rev. Lett. 87, 278101 (2001).
23. M. S. Spector, A. Singh, P. B. Messersmith, and J. M. Schnur, Nano Letters 1, 375 (2001).
24. E. Rogalska, M. Rogalski, T. Gulik-Krzywicki, A. Gulik, and C. Chipot, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 6577 (1999).
25. T. Gulik-Krzywicki, C. Fouquey, and J.-M. Lehn, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 163 (1993).
26. H. Engelkamp, S. Middelbeek, and R. J. M. Nolte, Science 284, 785 (1999).
27. I. A. Nyrkova, A. N. Semenov, A. Aggeli and N. Boden, Eur. Phys. J. B 17, 481 (2000).
28. I. A. Nyrkova, A. N. Semenov, A. Aggeli, M. Bell, and T. C. B. M. N. Boden, Eur. Phys. J. B 17, 499 (2000).
29. J. V. Selinger, F. C. MacKintosh, and J. M. Schnur, Phys. Rev. E 53, 3804 (1996).
30. A. Aggeli, I. A. Nyrkova, M. Bell, R. Harding, L. Carrick, T. C. B. McLeish, A. N. Semenov, and N. Boden, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 11857 (2001).
31. S. Zhang, C. Lockshin, R. Cook, and A. Rich, Biopolymers 34, 663 (1994).
32. M. Altman, P. Lee, A. Rich, and S. Zhang, Protein Sci. 9, 1095 (2000).
33. A. Aggeli, M. Bell, N. Boden, J. N. Keen, T. C. B. McLeish, I. Nyrkova, S. E. Radford, and A. Semenov, J. Mater. Chem. 7, 1135 (1997).
34. I. L. Shamovsky, G. M. Ross, and R. J. Riopelle, J. Phys. Chem. B 104, 11296 (2000).
35. M. R. Caplan, Ph.D. thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2001
36. L. Stryer, Biochemistry, 4th ed. (W. H. Freeman and Company, New York, 2000).
37. J. Israelachvili, Intermolecular and Surface Forces, 2nd ed. (Academic, London, 1992).
38. P. J. Kundrotas and A. Krashikoff, Phys. Rev. E 65, 011901 (2001).
39. T. W. Healy and L. R. White, Adv. Colloid Interface Sci. 9, 303 (1978).
40. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem. 4, 187 (1983).
41. M. Schaefer and M. Karplus, J. Phys. Chem. 100, 1578 (1996).
42. M. Schaefer, C. Bartels, and M. Karplus, J. Mol. Biol. 284, 835 (1998).
43. T. Simonson, G. Archontis, and M. Karplus, J. Phys. Chem. 101, 8349 (1997).
44. J. V. Selinger, M. S. Spector, and J. M. Schnur, J. Phys. Chem. B 105, 7157 (2001).
45. W. Humphrey, A. Dalke, and K. Schulten, J. Mol. Graphics 14, 33 (1996).