Modeling HIV-1 integrase complexes based on their hydrodynamic properties

Biopolymers

Volumn 68, Issue 1, 2003, Pages 110-120

  Podtelezhnikov, Alexei A ^a   Gao, Kui ^b   Bushman, Frederic D ^b   McCammon, J Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES   (United States)

Author keywords

Anti HIV drug design; Cross linking; Oligomerization; Time resolved fluorescence anisotropy

Indexed keywords

CROSSLINKING; HYDRODYNAMICS; MONOMERS; SUBSTITUTION REACTIONS;

TETRAMERIZATION;

BIOPOLYMERS;

INTEGRASE; INTEGRASE INHIBITOR;

ANISOTROPY; ARTICLE; COMPLEX FORMATION; CROSS LINKING; CRYSTAL STRUCTURE; DEPOLARIZATION; FLUORESCENCE; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; HYDRODYNAMICS; VIRUS REPLICATION;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 0037234457     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.10217     Document Type: Article

References (36)

1. Varmus, H.; Coffin, J. M.; Hughes, S. H. Retroviruses; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Plainview, NY; 1997.
2. Miller, M. D.; Farnet, C. M.; Bushman, F. D. J Virol 1997, 71, 5382-5390.
3. Patel, P. H.; Preston, B. D. Proc Nat Acad Sci USA 1994, 91, 549-553.
4. Hansen, M. S.; Carteau, S.; Hoffmann, C.; Li, L.; Bushman, F. Genet Eng (NY) 1998, 20, 41-61.
5. Cai, M.; Zheng, R.; Caffrey, M.; Craigie, R.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat Struct Biol 1997, 4, 567-577.
6. Chen, J. C.; Krucinski, J.; Miercke, L. J.; Finer-Moore, J. S.; Tang, A. H.; Leavitt, A. D.; Stroud, R. M. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97, 8233-8238.
7. Eijkelenboom, A. P.; Sprangers, R.; Hård, K.; Puras Lutzke, R. A.; Plasterk, R. H.; Boelens, R.; Kaptein, R. Proteins 1999, 36, 556-564.
8. Goldgur, Y.; Dyda, F.; Hickman, A. B.; Jenkins, T. M.; Craigie, R.; Davies, D. R. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 9150-9154.
9. Goldgur, Y.; Craigie, R.; Cohen, G. H.; Fujiwara, T.; Yoshinaga, T.; Fujishita, T.; Sugimoto, H.; Endo, T.; Murai, H.; Davies, D. R. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 13040-13043.
10. Lodi, P. J.; Ernst, J. A.; Kuszewski, J.; Hickman, A. B.; Engelman, A.; Craigie, R.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1995, 34, 9826-9833.
11. Maignan, S.; Guilloteau, J. P.; Zhou-Liu, Q.; Clément-Mella, C.; Mikol, V. J Mol Biol 1998, 282, 359-368.
12. Wang, J. Y.; Ling, H.; Yang, W.; Craigie, R. EMBO J 2001, 20, 7333-7343.
13. Gao, K.; Butler, S. L.; Bushman, F. EMBO J 2001, 20, 3565-3576.
14. Jenkins, T. M.; Esposito, D.; Engelman, A.; Craigie, R. EMBO J 1997, 16, 6849-6859.
15. Esposito, D.; Craigie, R. EMBO J 1998, 17, 5832-5843.
16. Heuer, T. S.; Brown, P. O. Biochemistry 1997, 36, 10655-10665.
17. Heuer, T. S.; Brown, P. O. Biochemistry 1998, 37, 6667-6678.
18. Dirac, A. M.; Kjems, J. Eur J Biochem 2001, 268, 743-751.
19. Leh, H.; Brodin, P.; Bischerour, J.; Deprez, E.; Tauc, P.; Brochon, J. C.; LeCam, E.; Coulaud, D.; Auclair, C.; Mouscadet, J. F. Biochemistry 2000, 39, 9285-9294.
20. Deprez, E.; Tauc, P.; Leh, H.; Mouscadet, J. F.; Auclair, C.; Brochon, J. C. Biochemistry 2000, 39, 9275-9284.
21. de la Torre, J. G.; Huertas, M. L.; Carrasco, B. Biophys J 2000, 78, 719-730.
22. Engelman, A.; Liu, Y.; Chen, H.; Farzan, M.; Dyda, F. J Virol 1997, 71, 3507-3514.
23. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 2nd ed.; Kluwer Academic/Plenum: New York, 1999.
24. Carrasco, B.; de la Torre, J. G. Biophys J 1999, 76, 3044-3057.
25. Garcia de la Torre, J.; Carrasco, B.; Harding, S. E. Eur Biophys J 1997, 25, 361-372.
26. Brochon, J. C. Methods Enzymol 1994, 240, 262-311.
27. Rotne, J.; Prager, S. J Chem Phys 1969, 50, 4831-4837.
28. Carteau, S.; Gorelick, R. J.; Bushman, F. D. J Virol 1999, 73, 6670-6679.
29. Carteau, S.; Batson, S. C.; Poljak, L.; Mouscadet, J. F.; de Rocquigny, H.; Darlix, J. L.; Roques, B. P.; Käs, E.; Auclair, C. J Virol 1997, 71, 6225-6229.
30. Engelman, A.; Hickman, A. B.; Craigie, R. J Virol 1994, 68, 5911-5917.
31. Rice, P. A.; Baker, T. A. Nat Struct Biol 2001, 8, 302-307.
32. Yang, Z. N.; Mueser, T. C.; Bushman, F. D.; Hyde, C. C. J Mol Biol 2000, 296, 535-548.
33. Chen, Z.; Yan, Y.; Munshi, S.; Li, Y.; Zugay-Murphy, J.; Xu, B.; Witmer, M.; Felock, P.; Wolfe, A.; Sardana, V.; Emini, E. A.; Hazuda, D.; Kuo, L. C. J Mol Biol 2000, 296, 521-533.
34. Dyda, F.; Hickman, A. B.; Jenkins, T. M.; Engelman, A.; Craigie, R.; Davies, D. R. Science 1994, 266, 1981-1986.
35. Zheng, R.; Jenkins, T. M.; Craigie, R. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 13659-13664.
36. Jenkins, T. M.; Engelman, A.; Ghirlando, R.; Craigie, R. J Biol Chem 1996, 271, 7712-7718.