The catalytic domain of RNase E shows inherent 3′ to 5′ directionality in cleavage site selection

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 99, Issue 23, 2002, Pages 14746-14751

  Feng, Yanan ^a   Vickers, Timothy A ^b   Cohen, Stanley N ^a  

^a STANFORD UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b ISIS PHARMACEUTICALS   (United States)

Author keywords

Processive; RNA degradation; RNase G

Indexed keywords

RIBONUCLEASE; RIBONUCLEASE E; RIBONUCLEASE G; RNA BINDING PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; BACTERIUM COLONY; CATALYSIS; ENZYME ACTIVITY; ENZYME SUBSTRATE; NONHUMAN; PLASMID; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PURIFICATION; RNA DEGRADATION;

BASE SEQUENCE; CATALYTIC DOMAIN; ENDORIBONUCLEASES; ESCHERICHIA COLI; KINETICS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGORIBONUCLEOTIDES; PLASMIDS; SUBSTRATE SPECIFICITY;

BACTERIA (MICROORGANISMS); ESCHERICHIA COLI;

EID: 0037069357     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.202590899     Document Type: Article

References (69)

1. Gegeriheimer, P., Watson, N. & Apirion, D. (1977) J. Biol. Chem. 252, 3064-3073.
2. Ghora, B. K. & Apirion, D. (1978) Cell 15, 1055-1066.
3. Ono, M. & Kuwano, M. (1979) J. Mol. Biol. 129, 343-357.
4. Mudd,E. A., Carpousis, A. J. & Krisch. H. M. (1990) Genes Dev. 4,873-881.
5. Babitzke, P. & Kushner, S. R. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 1-5.
6. Melefors, O. & von Gabain A. (1991) Mol. Microbiol. 5, 857-864.
7. Taraseviciene, L., Miczak, A. & Apirion, D. (1991) Mol. Microbiol. 5, 851-855.
8. Coburn, G. A. & Mackie, G. A. (1999) Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 62, 55-108.
9. Steege. D. A. (2000) RNA 6, 1079-1090.
10. Lin-Chao, S. & Cohen, S. N. (1991) Cell 65, 1233-1242.
11. Huang, H., Liao, J. & Cohen, S. N. (1998) Nature 391, 99-102.
12. Walsh, A. P., Tock M. R., Mallen, M. H., Kaberdin, V. R., Gabain Av, A. & McDowall, K. J. (2001) Nucleic Acids Res. 29, 1864-1871.
13. Ehretsmann, C. P., Carpousis, A. J. & Krisch, H. M. (1992) Genes Dev. 6, 149-159.
14. Mackie, G. A. & Genereaux. J. L. (1993) J. Mol. Biol. 234, 998-1012.
15. Lin-Chao, S., Wong, T. T., McDowall K. J. & Cohen, S. N. (1994) J. Biol. Chem. 269, 10797-10803.
16. McDowall, K. J., Lin-Chao, S. & Cohen, S. N. (1994) J. Biol. Chem. 269 10790-10796.
17. Goodrich, A. F. & Steege, D. A. (1999) RNA 5, 972-985.
18. Mackie, G. A. (2000) J. Biol. Chem. 275, 25069-25072.
19. Spickler, C., Stronge, V. & Mackie, G. A. (2001) J. Bacteriol. 183, 1106-1109.
20. Mackie, G. A. (1998) Nature 395, 720-723.
21. Bouvet, P. & Belasco J. G. (1992) Nature 360, 488-491.
22. von Gabain, A., Belasco J. G., Schottel, J. L., Chang, A. C. & Cohen, S. N. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 653-657.
23. McDowall K. J. & Cohen, S. N. (1996) J. Mol. Biol. 255, 349-355.
24. Braun, F., Le Derout, J. & Régnier, P. (1998) EMBO J. 17, 4790-4797.
25. Joyce, S. A. & Dreyfus, M. (1998) J. Mol. Biol. 282, 241-54.
26. Vytvytska, O., Moll, I., Kaberdin, V. R.,von Gabain, A. & Blasi, U. (2000) Genes Dev. 14, 1109-1118.
27. Jerome, L. J., van Biesen, T. & Frost, L. S. (1999) J. Mol. Biol. 285, 1457-73.
28. Wachi, M. Umitsuki, G. & Nagai, K. (1997) Mol. Gen. Genet. 253, 515-519.
29. Li, Z., Pandit, S. & Deutscher, M. P. (1999) EMBO J. 18, 2878-2885.
30. Wachi, M., Umitsuki, G., Shimizu, M., Takada, A. & Nagai, K. (1999) Biochem. Biophys. Res. Commun. 259, 483-488.
31. Tock, M. R., Walsh, A. P., Carroll, G. & McDowall, K. J. (2000) Z. Biol. Chem. 275, 8726-8732.
32. McDowall, K. J., Hernandez, R. G. Lin-Chao, S. & Cohen S. N. (1993) J. Bacteriol. 175, 4245-4249.
33. Umitsuki, G., Wachi, M., Takada, A., Hikichi, T. & Nagai, K. (2001) Genes Cells 6, 403-410.
34. Jiang, X., Diwa, A. & Belasco, J. G. (2000) J. Bacteriol. 182, 2468-2475.
35. Lee, K., Bernstein, J. A. & Cohen, S. N. (2002) Mol. Microbiol. 43, 1445-1456.
36. McDowall, K. J., Kaberdin, V. R., Wu, S. W., Cohen, S. N. & Lin-Chao, S. (1995) Nature 374, 287-290.
37. Feng, Y. & Cohen, S. N. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 6415-6420.
38. Miczak, A., Kaberdin, V. R., Wei, C. L. & Lin-Chao, S. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 3865-3869.
39. Kaberdin V. R., Miczak, A., Jakobsen, J. S., Lin-Chao, S., McDowall K. J. & von Gabain, A., (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 11637-11642.
40. Vanzo, N. F., Li, Y. S., Py, B., Blum, E., Higgins, C. F., Raynal L. C., Krisch, H. M. & Carpousis, A. J. (1998) Genes Dev. 12, 2770-2781.
41. Lopez, P. J., Marchand, I., Joyce, S. A. & Dreyfus, M. (1999) Mol. Microbiol. 3, 188-199.
42. Ow, M. C., Liu, Q. & Kushner, S. R. (2000) Mol. Microbiol. 38, 854-866.
43. Cummins, L. L., Owens, S. R., Risen, L. M., Lesnik, E. A.,Freier,S. M.,McGee, D., Guinosso, C. J. & Cook, P. D. (1995) Nucleic Acids Res. 23, 2019-2024.
44. Carpousis, A. J., Van Houwe, G., Ehretsmann, C. & Krisch, H. M. (1994) Cell 76, 889-900.
45. Taraseviciene, L., Björk, G. R. & Uhlin, B. E. (1995) J. Biol. Chem. 270, 26391-26398.
46. Kaberdin, V. R., Chao, Y. H. & Lin-Chao, S. (1996) J. Biol. Chem. 271, 13103-13109.
47. Rapaport, L. R. & Mackie, G. A. (1994) J. Bacteriol. 176, 992-998.
48. Cormack, R. S., Genereaux, J. L. & Mackie, G. A. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 9006-9010.
49. Berg, O. G., Winter, R. B. & von Hippel, P. H. (1981) Biochemistry 20, 6929-6948.
50. Stanford, N. P., Szczelkun, M. D., Marko, J. F. & Halford, S. E. (2000) EMBO J. 19, 6546-6557.
51. Winters, M. A. & Edmonds, M. (1973) J. Biol. Chem. 248, 4763-4768.
52. Carey, D. C. & Strauss, P. R. (1999) Biochemistry 38, 16553-16560.
53. Regnier, P. & Hajnsdorf, E. (1991) J. Mol. Biol. 217, 283-292.
54. Mackie, G. A., Genereaux, J. L. & Masterman, S. K. (1997) J. Biol. Chem. 272, 609-616.
55. Hajnsdorf, E., Braun, F., Haugel-Nielsen, J., Le Derout, J. & Régnier, P. (1996) Biochimie 78, 416-424.
56. Hajnsdorf, E., Braun, F., Haugel-Nielsen, J. & Régnier, P. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 3973-3977.
57. O'Hara, E. B., Chekanova, J. A., Ingle, C. A., Kushner, Z. R., Peters, E. & Kushner, S. R. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 1807-1811.
58. Xu, F., Lin-Chao, S. & Cohen, S. N. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 6756-6760.
59. Xu, F. & Cohen, S. N. (1995) Nature 374, 180-183.
60. Feng, Y., Huang, H., Liao, J. & Cohen, S. N. (2001) J. Biol. Chem. 276, 31651-31656.
61. Cohen, S. N. & McDowall K. J. (1997) Mol. Microbiol. 23, 1099-1106.
62. Hamilton, R. W. & Lloyd, R. S. (1989) J. Biol. Chem. 264, 17422-17427.
63. Nyaga, S. G., Dodson, M. L. & Lloyd, R. S. (1997) Biochemistry 36, 4080-4088.
64. Krug, M. S. & Berger, S. L. (1991) Biochemistry 30, 10614 -10623.
65. Wilson, H. R., Yu, D., Peters, H. K., III, Zhou, J. G. & Court, D. L. (2002) EMBO J. 21, 4154-4161.
66. delCardayre S. B. & Raines, R. T. (1994) Biochemistry 33, 6031-6037.
67. Kelemen, B. R. & Raines, R. T. (1999) Biochemistry 38, 5302-5307.
68. Feng, S., Parrish, D. D. & Lambert, M. W. (1997) Carcinogenesis 18, 279-286.
69. Lambert, M. W. & Yang, L. (2000) Biochem. Biophys. Res. Commun. 271, 782-787.