What can atomic force microscopy tell us about protein folding?

Chemical Communications

Volumn 2, Issue 3, 2002, Pages 183-192

  Best, Robert B ^a   Clarke, Jane ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; COMPUTER SIMULATION; FORCE; MUTAGENESIS; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; SURFACE PROPERTY;

EID: 0037034096     PISSN: 13597345     EISSN: 1364548X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b108159b     Document Type: Article

References (60)

1. C. B. Anfinsen: Science 1973 181: 223.
2. U. Mayor, C. M. Johnson, V. Daggett, A. R. Fersht: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 13518.
3. J. Balbach, V. Forge, N. A. J. v. Nuland, S. L. Winder, P. J. Hore, C. M. Dobson: Nat. Struct. Biol. 1995 2: 865.
4. C. Levinthal: J. Chim. Phys. 1968 65: 44.
5. J. D. Bryngelson, J. Onuchic, N. D. Socci, P. G. Wolynes: Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995 21: 167.
6. J. N. Onuchic, H. Nymeyer, A. E. Garcia, J. Chahine, N. D. Socci: Adv. Prot. Chem. 2000 53: 87.
7. D. J. Wales, M. A. Miller, T. R. Walsh: Nature (London) 1998 394: 758.
8. J. D. Bryngelson, P. G. Wolynes: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987 84: 7524.
9. J. D. Bryngelson, P. G. Wolynes: J. Phys. Chem. 1989 93: 6902.
10. L. Mirny, E. Shakhnovich: Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001 30: 361.
11. D. K. Klimov, D. Thirumalai: J. Chem. Phys. 1998 109: 4119.
12. J.-E. Shea, J. N. Onuchic, C. L. B. III: J. Chem. Phys. 2000 113: 7663.
13. V. Daggett, A. Li, A. R. Fersht: J. Am. Chem. Soc. 1998 120: 12740.
14. T. Lazaridis, M. Karplus: Science 1997 278: 1928.
15. G. Binnig, C. F. Quate, C. Gerber: Phys. Rev. Lett. 1986 56: 930.
16. E. Evans, K. Ritchie, R. Merkel: Biophys. J. 1995 68: 2580.
17. M. Rief, M. Gautel, F. Oesterhelt, J. M. Fernandez, H. E. Gaub: Science 1997 276: 1109.
18. M. Rief, M. Gautel, A. Schemmel, H. E. Gaub: Biophys. J. 1998 75: 3008.
19. P.-F. Lenne, A. J. Raae, S. M. Saraste, J. K. H. Horber: FEBS Lett. 2000 476: 124.
20. M. Rief, J. Pascual, M. Saraste, H. E. Gaub: J. Mol. Biol. 1999 286: 553.
21. G. Yang, C. Cecconi, W. A. Baase, I. R. Vetter, W. A. Breyer, J. A. Haack, B. W. Matthews, F. W. Dahlquist, C. Bustamante: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 139.
22. A. A. Deniz, T. A. Laurence, G. S. Beligere, M. Dahan, A. B. Martin, D. S. Chemla, P. E. Dawson, P. G. Schultz, S. Weiss: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 5179.
23. X. Zhuang, T. Ha, H. D. Kim, T. Centner, S. Labeit, S. Chu: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 14241.
24. A. S. Dakkouri, D. M. Kolb, R. Edelstein-Shima, D. Mandler: Langmuir 1996 12: 2849.
25. J. L. Hutter, J. Bechhoefer: Rev. Sci. Instrum. 1993 64: 1868.
26. M. Carrion-Vazquez, A. F. Oberhauser, S. B. Fowler, P. E. Marszalek, S. E. Broedel, J. Clarke, J. M. Fernandez: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999 96: 3694.
27. A. F. Oberhauser, P. E. Marszalek, M. Carrion-Vazquez, J. M. Fernandez: Nat. Struct. Biol. 1999 6: 1025.
28. H. Li, A. F. Oberhauser, S. B. Fowler, J. Clarke, J. M. Fernandez: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 6527.
29. R. B. Best, B. Li, A. Steward, V. Daggett, J. Clarke: Biophys. J. 2001 81: 2344.
30. E. Evans: Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001 30: 105.
31. M. B. Viani, T. E. Schäffer, A. Chand, M. Rief, H. E. Gaub, P. K. Hansma: J. Appl. Phys. 1999 86: 2258.
32. M. B. Viani, T. E. Schäffer, G. T. Paloczi, L. I. Pietrasanta, B. L. Smith, J. B. Thompson, M. Richter, M. Rief, H. E. Gaub, K. W. Plaxco, A. N. Cleland, H. G. Hansma, P. K. Hansma: Rev. Sci. Instrum. 1999 70: 4300.
33. E. Evans, K. Ritchie: Biophys. J. 1997 72: 1541.
34. E. Evans, K. Ritchie: Biophys. J. 1999 76: 2439.
35. A. F. Oberhauser, P. E. Marszalek, H. P. Erickson, J. M. Fernandez: Nature (London) 1998 393: 181.
36. Y. Oberdorfer, H. Fuchs, A. Janshoff: Langmuir 2000 16: 9955.
37. P. Carl, C. H. Kwok, G. Manderson, D. Speicher, D. E. Discher: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001 100: 1.
38. A. Bateman, E. Birney, R. Durbin, S. R. Eddy, R. D. Finn, E. L. L. Sonnhammer: Nucleic Acids Res. 1999 27: 260
39. K. A. Scott, A. Steward, S. B. Fowler and J. Clarke, J. Mol. Biol., in press.
40. C. M. Goll, A. Pastore, M. Nilges: Structure (London) 1998 6: 1291.
41. P. Amodeo, F. Fraternali, A. M. Lesk, A. Pastore: J. Mol. Biol. 2001 311: 283.
42. J. G. Head, A. Houmeida, P. J. Knight, A. R. Clarke, J. Trinick, R. L. Brady: Biophys. J. 2001 81: 1570.
43. N. C. Gassner, W. A. Baase, J. D. Lindstrom, J. Lu, F. W. Dahlquist, B. W. Matthews: Biochemistry 1999 38: 14451.
44. L. Serrano, A. Matouschek and A. R. Fersht, J. Mol. Biol., 1992, 224
45. A. Matouschek, L. Serrano, A. R. Fersht: J. Mol. Biol. 1992 224: 819.
46. N. D. Socci, J. N. Onuchic, P. G. Wolynes: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999 96: 2031.
47. D. K. Klimov, D. Thirumalai: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999 96: 6166.
48. M. Rief, J. M. Fernandez, H. E. Gaub: Phys. Rev. Lett. 1998 81: 4764.
49. A. R. Fersht, Structure and mechanism in protein science, 1st edn. 1999, W. H. Freeman, New York
50. G. I. Bell: Science 1978 200: 618.
51. A. F. Oberhauser, P. K. Hansma, M. Carrion-Vazquez, J. M. Fernandez: Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2001 98: 468.
52. E. Paci, M. Karplus: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97: 6521.
53. E. Evans: Faraday Discuss. 1998 111: 1.
54. E. Evans, A. Leung, D. Hammer, S. Simon: Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 2001 98: 1.
55. H. Lu, B. Isralewitz, A. Krammer, V. Vogel, K. Schulten: Biophys. J. 1998 75: 662.
56. H. Lu, K. Schulten: Chem. Phys. 1999 247: 141.
57. H. Lu, K. Schulten: Biophys. J. 2000 79: 51.
58. S. B. Fowler, J. Clarke: Structure 2001 9: 355.
59. P. E. Marszalek, H. Lu, H. Li, M. Carrion-Vazquez, A. F. Oberhauser, K. Schulten, J. M. Fernandez: Nature (London) 1999 402: 100.
60. S. B. Fowler, R. B. Best, T. J. Rutherford, A. Steward, E. Paci, M. Karplus and J. Clarke, unpublished data