Electronic and vibrational coherence in the core light-harvesting antenna of rhodopseudomonas viridis

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 50, 2000, Pages 12056-12071

  Novoderezhkin, Vladimir ^a   Monshouwer, René ^a   Van Grondelle, Rienk ^b  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARACTERIZATION; EIGENVALUES AND EIGENFUNCTIONS; EXCITONS; HAMILTONIANS; MOLECULAR DYNAMICS; THREE DIMENSIONAL; X RAY DIFFRACTION ANALYSIS;

LIGHT HARVESTING ANTENNA; NONLINEAR OPTICAL RESPONSE; RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS;

BACTERIA;

EID: 0034513377     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001881z     Document Type: Article

References (84)

1. Van Grondelle, R.; Dekker: J. P.; Gillbro, T.; Sundström, V. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1187, 1.
2. Fleming, G. R.; van Grondelle. R. Phys. Today 1994, 47, 48.
3. Sundstrom, V.; Pullerits, T., van Grondelle, R. J. Phys. Chetn. B 1999, 103, 2321.
4. Van Amerongen, H.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. Photosynthetic Excitons; World Scientific Publishers: Singapore, 2000.
5. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517.
6. Karrasch, S.; Bullough, P. A.; Ghosh, R. EMBO J. 1995,14, 631.
7. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581.
8. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanovic, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854.
9. Visscher, K. J.; Bergström, H.; Sundstrom, V.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Photosynth. Res. 1989, 22, 211.
10. Bergström, H.; van Grondelle, R.; Sundstrom, V. FEBSLett. 1989, 250, 503.
11. Beekman, L. M. P.; van Mourik, F.; Jones, M. R.; Visser H. M.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Biochemistry 1994, 33, 3143.
12. Martin, J.-L.; Breton, J.; Hoff, A. J.; Migus, A.; Antonetti, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 957.
13. Fleming, G. R.; Martin, J.-L.; Breton, J. Nature 1988, 333, 190.
14. Vos, M. H.; Rappaport, F.; Lambry, J.-Ch.; Breton, J.; Martin, J.L. Nature 1993, 363, 320.
15. Vos, M.; Jones, M R.; Hunter, C. N.; Breton, J.; Lambry, J.-Ch.; Martin, J.-L. Biochemistry 1994, 33, 6750.
16. Vos, M.. Jones, M. R.; Hunter, C. N.; Breton, J.; Martin, J.-L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 12701.
17. Vos, M.; Breton, J.; Martin, J.-L. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9820.
18. Vos, M.; Jones, M. R.; Martin, J.-L. Chem. Phys. 1998, 233, 179.
19. Streltsov, A. M.; Yakovlev, A. G.; Shkuropatov, A. Ya.; Shuvalov, V. A. FEBS Lett. 1996, 383, 129.
20. Streltsov, A. M.; Vulto, S. I. E.; Shkuropatov, A. Ya.; Hoff, A. J.; Aartsma, T. J.; Shuvalov, V. A. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 7293.
21. Arnett, D. C.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Scherer, N. F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2014.
22. Chachisvilis, M.; Pullerits, T.; Jones, M. R.; Hunter, C. N.; Sundström, V. Chem. Phys. Lett. 1994, 224, 345.
23. Chachisvilis, M.; Fidder, H.; Pullerits, T.; Sundstrom, V. J. Roman Spectrosc. 1995, 26, 513.
24. Chachisvilis, M.; Sundström, V. Chem. Phys. Lett. 1996,267, 165.
25. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; van Mourik, F.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179.
26. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Jonas, D. M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 700, 2399.
27. Jimenez, R.; van Mourik, F.; Yu, J. Y.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7350.
28. Kumble, R.; Palese, S.; Visschers, R. W.; Dutton, P. L.; Hochstrasser. R. M. Chem. Phys. Lett. 1996, 207, 396.
29. Monshouwer, R., Baltuška, A.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. A 1998, 702, 4360.
30. Savikhin, S.; Zhu, Y.; Lin, S.; Blankenship, R. E.; Struve, W. S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10322.
31. Savikhin, S.; van Noort, P. L; Zhu, Y.; Lin, S.; Blankenship, R. E.; Struve, W. S. Chem. Phys. 1995, 194, 245.
32. Agarval, R.; Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Yang, M.; Yom, J.; Mets, L.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2908.
33. Zuber, H.; Cogdell, R. J. In Anoxygenic Photosynthetic Bacteria; Blankenship, R. E., Madigan, M. T., Bauer, C. E., Eds.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, 1995; p 315.
34. Alden, R. G.; Johnson, E.; Nagarajan, V.; Parson, W. W.; Law, C. J.; Cogdell, R. J. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 4667.
35. Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Cogdell, R. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 703, 2543.
36. Barz, W. P.; Verméglio, A.; Francia, F.; Venturoli, G.; Melandri, B. A.; Oesterhelt, D. 1995 Biochemistry 1995, 34, 15248.
37. McGlynn, P.; Westerhuis, W. H. J.; Jones, M. R.; Hunter, C. N. J. Biol. Chem 1996, 277, 3285.
38. Jungas, C.; Ra'nck, J.-L.; Rigaud, J,-L.; Joliot, P.; Verméglio, A. EMBO J. 1999, 18, 534.
39. Frese, R. N.; Olsen, J. D.; Branvall, R.; Westerhuis, W. H. J.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5197.
40. van Mourik, F.; Hawthornthwaite, A. M.; Vonk, C.; Evans, M. B.; Cogdell, R. J.; Sundstrom, V.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1992, 1140, 85.
41. Visser, H. M.; Somsen, O. J. G.; van Mourik, F.; Lin, S.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1995, 69, 1083.
42. Chachisvilis, M.; Kühn, O.; Pullerits, T.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7275.
43. Visschers, R. W.; Chang, M. C.; van Mourik, F.; Parkes-Loach, P. S.; Heller, B. A.; Loach, P. A.; van Grondelle, R. Biochemistry 1991, 30, 5734.
44. van Mourik, F.; van der Oord, J. R.; Visscher, K. J.; Parkes-Loach, P. S.; Loach, P. A.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1991, 7059, 111.
45. Novoderezhkin, V.; Monshouwer, R.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10540.
46. Savikhin, S.; Struve, W. S. Biophys. J. 1994, 67, 2002.
47. Novoderezhkin, V.; Monshouwer, R.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1999, 77, 666.
48. Monshouwer, R.; Visschers, R. W.; van Mourik, F.; Freiberg, A.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1995, 7229, 373.
49. Meier, T.; Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1997, 707, 8759.
50. Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1994, 101, 3049.
51. Mukamel, S. Principles of nonlinear optical spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
52. Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1996, 705, 4565.
53. Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 7, 1.
54. Jean, J. M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1995, 703, 2092.
55. Renger, Th.; May, V. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7232.
56. Renger, Th.; May, V. Photochem. Photobiol. 1997, 66(5), 618.
57. Meier, T.; Zhao, Y.; Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1997, 707, 3876.
58. Zhao, Y.; Brown, D. W.; Lindenberg, K. J. Chem. Phys. 1997, 707, 3159.
59. Brown, D. W.; Lindenberg, K.; Zhao, Y. J. Chem. Phys. 1997, 707,3179.
60. Davydov, A. S. Theory of molecular excitons; Plenum Press: New York, 1971.
61. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 70S, 7763.
62. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chemyak, V.; Mukamel, S. Philos. Trans. R. Soc. London A 1998, 356, 405.
63. Forster, T. In Modern Quantum Chemistry; Academic Press: NewYork, 1965; Vol. III, p 93.
64. Yan, Y. J.; Fried, L. E.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. 1989, 93, 8149.
65. Yan, Y. J.; Mukamel, S. Phys. Rev. A 1990, 41, 6485.
66. Leegwater, J. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11605.
67. Miller, K. R. Nature 1982, 300, 53.
68. Stark, W.; Kuhlbrandt, W.; Wildhaber, L; Wehrli, E.; Muhlethaler, K. EMBO J. 1984, 3, 777.
69. Zuber, H.; Brunisholz, R. A. In. The Chlorophylls; Scheer, H., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1991; p 627.
70. Walz, T.; Jamieson, S. J.; Bowers, C. M.; Bullough, P. A.; Hunter, C. N. J. Mol. Biol. 1998, 252, 833.
71. Ikedayamasaki, L; Odahara, T.; Mitsuoka, K.; Fujiyoshi, Y.; Murata, K. FEBS Lett. 1998, 425, 505.
72. Meier, T.; Chemyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7332.
73. Kühn, O.; Sundstrom, V. J. Chem. Phys. 1997, 707, 4154.
74. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 707, 7241.
75. van Mourik, F.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 1992, 193, 1.
76. Wendung, M. Personal communication.
77. Pollard, W. T.; Fragnito, H. L.; Bigot, J.-Y.; Shank, C. V.; Mathies, R. A. Chem. Phys. Lett. 1990, 168, 239.
78. Pollard, W. T.; Lee, S.-Y.; Mathies, R. A. J. Chem. Phys. 1990, 92, 4012.
79. Pollard, W. T.; Mathies, R. A. Annu. Reu. Phys. Chem. 1992, 43, 497.
80. Pollard, W. T.; Dexheimer, S. L.; Wang, Q.; Peteanu, L. A.; Shank, C. V.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6147.
81. Yang, T. S.; Chang, M.-S.; Chang, R.; Hayashi, M.; Lin, S. H.; Vohringer, P.; Dietz, W.; Scherer, N. F. J. Chem. Phys. 1999, 770, 12070.
82. de Boeij, W. P.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 700, 11806.
83. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996,104, 6089.
84. Cherepy, N. J.; Du, M.; Holzwarth, A. R.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. 1996, 700, 4662.