New developments in structure determination of pseudoknots

Biopolymers

Volumn 48, Issue 2-3, 1998, Pages 137-153

  Hilbers, Cornelis W ^a   Michiels, Paul J A ^a   Heus, Hans A ^a  

^a RADBOUD UNIVERSITY NIJMEGEN   (Netherlands)

Author keywords

Beet Western Yellows Virus; Hepatitis Delta Virus; Mouse Mammary Tumor Virus; Nmr; Pseudoknot; Ribozyme; RNA; Simian Retrovirus type 1; Translational frameshifting; Turnip Yellow Mosaic Virus; X ray diffraction

Indexed keywords

VIRUS RNA;

CONFORMATIONAL TRANSITION; FRAMESHIFT MUTATION; HEPATITIS DELTA VIRUS; NONHUMAN; REVIEW; RNA CONFORMATION; SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; STRUCTURE ANALYSIS; TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS;

BASE SEQUENCE; HEPATITIS DELTA VIRUS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA; RNA, CATALYTIC; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 0032419548     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-0282(1998)48:2<137::AID-BIP4>3.0.CO;2-H     Document Type: Article

References (47)

1. Crothers, D. M.; Cole, P. E.; Hilbers, C. W.; Shulman, R. G. J Mol Biol 1974, 87, 63-88.
2. Heus, H. A.; van Kimmenade, J. M. A.; van Knippenberg, P. H.; Haasnoot, C. A. G.; de Bruin, S. H.; Hilbers, C. W. J Mol Biol 1983, 170, 939-956.
3. Hilbers, C. W.; Haasnoot, C. A. G.; de Bruin, S. H.; Joordens, J. J. M.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H. Biochimie 1985, 67, 685-695.
4. Rietveld, K.; van Poelgeest, R.; Pleij, C. W. A.; van Boom, J. H.; Bosch, L. Nucleic Acids Res 1982, 10, 1929-1946.
5. Pleij, C. W. A. Trends Biochem Sci 1990, 15, 143-147.
6. Ten Dam, E. B.; Pleij, C. W. A.; Draper, D. E. Biochemistry 1992, 31, 11665-11676.
7. Pleij, C. W. A. Current Opin Struct Biol 1994, 4, 337-344.
8. Tang, C. K.; Draper, D. E. Cell 1989, 57, 531-536.
9. Pinck, M.; Yot, P.; Chapeville, F.; Duranton, H. Nature 1970, 226, 954-956.
10. Puglisi, J. D.; Wyatt, J. R.; Tinoco, I. J Mol Biol 1990, 214, 437-453.
11. Kolk, M. H.; van der Graaf, M.; Wijmenga, S. S.; Pleij, C. W. A.; Heus, H. A.; Hilbers, C. W. Science 1998, 280, 434-438.
12. Dumas, P.; Mora, D.; Florentz, C.; Giegé, R.; Verlaan, P.; van Belkum, A.; Pleij, C. W. A. J Biomol Struct Dynam 1987, 4, 707-728.
13. Van Belkum, A.; Wiersema, P. J.; Joordens, J.; Pleij, C. W. A.; Hilbers, C. W.; Bosch, L. Eur J Biochem 1989, 183, 591-601.
14. Heus, H. A.; Pardi, A. Science 1991, 253, 191-194.
15. Cai, Z.; Gorin, A.; Frederick, R.; Ye, X.; Hu, W.; Majumdar, A.; Kettani, A.; Patel, D. Nature Struct Biol 1998, 5, 203-212.
16. Legault, P.; Li, J.; Morgridge, J.; Lay, L. E.; Greenblatt, J. Cell 1998, 93, 289-299.
17. Abramovitz, D. L.; Pyle, A. M. J Mol Biol 1997, 274, 72-83.
18. Kolk, M. H.; van der Graaf, M.; Fransen, C. T. M.; Wijmenga, S. S.; Pleij, C. W. A.; Heus, H. A.; Hilbers, C. W. EMBO J 1998, 17, 7498-7504.
19. Serra, M. J.; Lyttle, M. H.; Axenson, T. J.; Schadt, C. A.; Turner, D. H. Nucleic Acids Res 1993, 21, 3845-3849.
20. Hilbers, C. W.; Heus, H. A.; van Dongen, M. J. P.; Wijmenga, S. S. In Nucleic Acids and Molecular Biology; Eckstein, F., Liley, D., eds.; 1994; Vol 8, pp 56-104.
21. Chamorro, M.; Parkin, N.; Varmus, H. E. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 713-717.
22. Chen, X.; Chamorro, M.; Lee, S. I.; Shen, L.; Hines, J. V.; Tinoco, I., Jr.; Varmus, H. E. EMBO J 1995, 14, 842-852.
23. Shen, L. X.; Tinoco, I. J Mol Biol 1995, 247, 963-978.
24. Kang, H.; Hines, J. V.; Tinoco, I. J Mol Biol 1996, 259, 135-147.
25. Kang, H.; Tinoco, I. Nucleic Acids Res 1997, 25, 1943-1949.
26. Chen, X.; Kang, H.; Shen, L. X.; Chamorro, M.; Varmus, H. E.; Tinoco, Jr., I. J Mol Biol 1996, 260, 479-483.
27. Garcia, A.; van Duin, J.; Pleij, C. W. A. Nucleic Acids Res 1993, 21, 401-406.
28. Su, L.; Chen, L.; Egli, M.; Berger, J. M.;. Rich, A. Nature Struct Biol 1999, 6, 285-292.
29. Jaeger, J.; Restle, T.; Steitz, T. A. EMBO J 1998, 17, 4535-4542.
30. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510.
31. Du, Z.; Giedroc, D. P.; Hoffman, D. W. Biochemistry 1996, 35, 4187-4198.
32. Du, Z.; Holland, J. A.; Hansen, M. R.; Giedroc, D. P.; Hoffman, D. W. J Mol Biol 1997, 270, 464-470.
33. Ten Dam, E. B.; Verlaan, P. W. G.; Pleij, C. W. A. RNA 1995, 1, 146-154.
34. Sung, D.; Kang, H. Nucleic Acids Res 1998, 26, 1369-1372.
35. Jentsch, S. Science 1996, 271, 955-996.
36. Keiler, K. C.; Waller, P. R. H.; Sauer, R. T. Science 1996, 271, 990-993.
37. Felden, B.; Himeno, H.; Muto, A.; McCutcheon, J. P.; Atkins, J. F.; Gesteland, R. F. RNA 1997, 3, 89-103.
38. Nameki, N.; Felden, B.; Atkins, J. F.; Gesteland, R. F.; Himeno, H.; Muto, A. J Mol Biol 1999, 286, 733-744.
39. Ferré-D'Amaré, A. R.; Zhou, K.; Doudna, J. A. Nature 1998, 395, 567-574.
40. Perrotta, A. T.; Been, M. D. Nature 1991, 350, 434-436.
41. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Szewczak, A. A.; Kundrot, C. E.; Cech, Th. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678-1685.
42. Westhof, E.; Masquida, B.; Jaeger, L. Folding Design 1996, 1, R78-R88.
43. Florentz, C.; Briand, J. P.; Romby, P.; Hirth, L.; Ebel, J. P.; Giegé, R. EMBO J 1982, 1, 269-276.
44. Roberts, R. W.; Crothers, D. M. J Mol Biol 1996, 260, 135-146.
45. ten Dam, E. B.; Verlaan, P. W.; Pleij, C. W. RNA 1995, 1, 146-54.
46. Spedding, G.; Gluick, T. C.; Draper, D. E. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 4399-4403.
47. Philippe, C.; Eyermann, F.; Bénard, L.; Portier, C.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 4394-4398.