Structure-based prediction of binding affinities and molecular design of peptide ligands

Methods in Enzymology

Volumn 295, Issue , 1998, Pages 100-122

  Luque, Irene ^a   Freire, Ernesto ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; BINDING AFFINITY; ENTHALPY; ENTROPY; MATHEMATICAL ANALYSIS; MATHEMATICAL MODEL; MOLECULAR MODEL; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE;

EID: 0032318864     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(98)95037-6     Document Type: Article

References (61)

1. E. Freire and K. P. Murphy, J. Mol. Biol 222, 687 (1991).
2. K. P. Murphy and E. Freire, Adv. Protein Chem. 43, 313 (1992).
3. M. Straume, K. P. Murphy, and E. Freire, in "Biocatalysis at Extreme Temperatures: Enzyme Systems Near and Above 100°C" (M. W. W. Adams and R. M. Kelly, eds.), p. 122. ACS Books, Washington, DC, 1992.
4. K. P. Murphy, V. Bhakuni, D. Xie, and E. Freire, J. Mol. Biol. 227, 293 (1992).
5. K. P. Murphy, D. Xie, K. C. Garcia, L. M. Amzel, and E. Freire, Prot. Struct. Funct. Genet. 15, 113 (1993).
6. K. P. Murphy, D. Xie, K. Thompson, L. M. Amzel, and E. Freire, Prot. Struct. Funct. Genet. 18, 63 (1994).
7. D. Xie and E. Freire, J. Mol. Biol. 242, 62 (1994).
8. D. Xie and E. Freire, Prot. Struct. Funct. Genet. 19, 291 (1994).
9. E. Freire, Arch. Biochem. Biophys. 303, 181 (1993).
10. K. H. Lee, D. Xie, E. Freire, and L. M. Amzel, Prot. Struct. Funct. Genet. 20, (1994).
11. J. Gomez, J. V. Hilser, D. Xie, and E. Freire, Prot. Struct. Funct. Genet. 22, 404 (1995).
12. J. A. DAquino, J. Gómez, V. J. Hilser, K. H. Lee, L. M. Amzel, and E. Freire, Proteins 25, 143 (1996).
13. V. J. Hilser, J. Gomez, and E. Freire, Proteins 26, 123 (1996).
14. I. Luque, O. Mayorga, and E. Freire, Biochemistry 35, 13681 (1996).
15. J. S. Bardi, I. Luque, and E. Freire, Biochemistry 36, 6588 (1997).
16. I. Luque, J. Gomez, N. Semo, and E. Freire, Proteins 30, 74 (1998).
17. R. Lumry and S. Rajender, Biopolymers 9, 1125 (1970).
18. R. Lumry and R. Biltonen, in "Biological Macromolecules: Structure and Stability of Biological Macromolecules" (S. T. A. G. Fasman, ed.), Vol. II, Dekker, New York, 1969.
19. S. Cabani, P. Gianni, V. Mollica, and L. Lepori, J. Solution Chem. 10, 563 (1981).
20. T. Lazaridis, G. Archontis, and M. Karplus, Adv. Prot. Chem. 47, 231 (1995).
21. J. Gomez and E. Freire, J. Mol. Biol. 252, 337 (1995).
22. R. L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 8069 (1986).
23. J. A. Schellraan, C. R. Trav. Lab. Carlsberg Ser. Chim. 29, 223 (1955).
24. J. A. Schellman, C. R. Trav. Lab. Carlsburg Ser. Chim. 29, 230 (1955).
25. B. E. García-Moreno, Methods Enzymol. 259, 512 (1995).
26. B. E. García-Moreno, J. J. Dwyer, A. G. Gittis, E. E. Lattman, D. S. Spencer, and W. E. Stites, Biophys. Chem. 64, 211 (1997).
27. W. Kauzmann, Adv. Prot. Chem. 14, (1959).
28. J. Novotny, R. E. Bruccoleri, and F. A. Saul. Biochemistry 28, 4735 (1989).
29. J. Janin, Proteins 21, 30 (1995).
30. M. K. Gilson, J. A. Given, B. L. Bush, and J. A. McCammon, Biophys. J. 72, 1047 (1997).
31. P. Antonsson, R. A. Kammerer, T. Schulthess, G. Hanisch, and J. Engel, J. Mol. Biol. 257, 75 (1995).
32. B. Lee and F. M. Richards, J. Mol. Biol. 55, 379 (1971).
33. T. P. Creamer, R. Srinivasan, and G. D. Rose, Biochemistry 34, 16245 (1995).
34. S. Spinelli, Q. Z. Liu, P. M. Alzari, P. H. Hirel, and R. J. Poljak, Biochimie 73, 1391 (1991).
35. A. Wlodawer and J. W. Erickson, Annu. Rev. Biochem. 62, 543 (1993).
36. E. E. Kim, C. T. Baker, M. D. Dwyer, M. A. Murcko, B. G. Rao, R. D. Tung, and M. A. Navia, J. Am. Chem. Soc. 117, 1181 (1995).
37. L. Hong, A. Treharne, J. A. Hartsuck, S. Foundling, and J. Tang, Biochemistry 35, 10627 (1996).
38. M. Miller, J. Schneider, B. K. Sathyanaryayana, M. V. Toth, G. R. Marshall, L. Clawson, L. Selk, S. B. H. Kent, and A. Wlodawer, Science 246, 1149 (1989).
39. S. S. Abdel-Meguid, B. W. Metcalf, T. J. Carr, P. Demarsh, R. L. DesJarlais, S. Fisher, D. W. Green, L. Ivanoff, D. M. Lambert, K. H. M. Murthy, J. S. R. Petteway, W. J. Pitts, J. T. A. Tomaszek, E. Winborne, B. Baoguang Zhao, G. B. Dreyer, and T. D. Meek, Biochemistry 33, 11671 (1994).
40. S. S. Hoog, E. M. Towler, B. Zhao, M. L. Doyle, C. Debouck, and S. S. Abdel-Meguid, Biochemistry 35, 10279 (1996).
41. I. Luque, M. J. Todd, J. Gomez, N. Semo, and E. Freire, Biochemistry (1998). In press.
42. D. Xie, S. Gulnik, L. Collins, E. Gustchina, L. Suvorov, and J. W. Erickson, Biochemistry 36, 16166 (1997).
43. D. Bailey, J. B. Cooper, I. J. Tickle, B. Veepandian, T. L. Blundell, B. Atrash, D. M. Jones, and M. Szelke, Biochem. J. 289, 363 (1993).
44. T. L. Blundell, J. A. Jenkins, B. T. Sewell, L. H. Pearl, J. B. Cooper, I. J. Tickle, B. Veepandian, and S. P. Wood, J. Mol. Biol. 211, 919 (1990).
45. L. J. Hyland, J. T. A. Tomaszek, and T. D. Meek, Biochemistry 30, 8454 (1991).
46. R. Smith, I. M. Brereton, R. Y. Chai, and S. B. H. Kent, Nature Struct. Biol 3, 946 (1996).
47. Y. X. Wang, D. I. Freedberg, T. Yamazaki, P. T. Wingfield, S. J. Stahl, J. D. Kaufman, Y. Kiso, and D. A. Torchia, Biochemistry 35, 9945 (1996).
48. V. J. Hilser and E. Freire, J. Mol. Biol. 262, 756 (1996).
49. V. J. Hilser and E. Freire, Proteins 27, 171 (1997).
50. V. J. Hilser, B. D. Townsend, and E. Freire, Biophys. Chem. 64, 69 (1997).
51. H. Iijima, J. B. Dunbar, and G. R. Marshall, Proteins 2, 330 (1987).
52. J. Janin, S. Wodak, M. Levitt, and B. Maigret, J. Mol. Biol. 125, 357 (1978).
53. A. L. Swain, M. M. Miller, J. Green, D. H. Rich, J. Schneider, S. B. H. Kent, and A. Wlodawer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 8805 (1990).
54. B. M. Dunn, A. Gustchina, A. Wlodawer, and J. Kay, Methods Enzymol. 241, 254 (1994).
55. J. T. Griffiths, L. H. Phylip, J. Konvalinka, P. Strop, A. Gustchina, A. Wlodawer, R. J. Davenport, R. Briggs, B. M. Dunn, and J. Kay, Biochemistry 31, 5193 (1992).
56. A. H. Kaplan, S. F. Michael, R. S. Wehbie, M. F. Knigge, D. A. Paul, L. Everitt, D. J. Kempf, D. W. Nobeck, and J. W. Erickson, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 5597 (1994).
57. D. D. Ho, T. Toyoshima, H. Mo, D. J. Kempf, D. Norbeck, C. Chen, N. E. Wideburg, S. K. Burt, J. W. Erickson, and M. K. Singh, J. Virol. 68, 2016 (1994).
58. J. H. Condra, W. A. Schleif, O. M. Blahy, L. J. Gabryelski, D. J. Graham, J. C. Quintero, A. Rhodes, H. L. Robbins, E. Roth, M. Shivaprakash, D. Titus, T. Yang, H. Teppler, K. E. Squires, P. J. Deutsch, and E. A. Emini, Nature 374, 569 (1995).
59. N. A. Roberts, AIDS 9, S27 (1995).
60. Y. Lin, X. Lin, L. Hong, S. Foundling, R. L. Heinrikson, S. Thaisrivongs, W. Leelamanit, D. Raterman, M. Shah, B. D. Dunn, and J. Tang, Biochemistry 34, 1143 (1995).
61. E. T. Baldwin, T. N. Bhat, B. Liu, N. Pattabiraman, and J. W. Erickson, Nature Struct. Biol. 2, 244 (1995).