Modeling molecular recognition: Theory and application

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics

Volumn 17, Issue SUPPL. 1, 2000, Pages 89-94

  Mardis, Kristy ^a   Luo, Ray ^c   David, Laurent ^d   Potter, Michael ^a   Glemza, Amy ^e   Payne, Greg ^b   Gilson, Michael K ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND BIOTECHNOLOGY INSTITUTE   (United States)

^b Baltimore County   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^e Science and Technology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; PROTEIN BINDING;

STATIC ELECTRICITY; THEORETICAL MODEL; THERMODYNAMICS;

LIGANDS; MODELS, THEORETICAL; PROTEIN BINDING; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

EID: 0005297294     PISSN: 07391102     EISSN: 15380254     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/07391102.2000.10506608     Document Type: Article

References (39)

1. Ajay and M. A. Murko, J. Med. Chem. 38, 4953-4967 (1995).
2. P. Kollman, Chem. Rev. 93, 2395-2417 (1993).
3. I. D. Kuntz, E. C. Meng, B. K. Shoichet, Acc. Chem. Res. 72, 117-123 (1994).
4. M. S. Head, J. A. Given, M. K. Gilson, J. Phys. Chem. A. 101, 1609-1618 (1997).
5. M. K. Gilson, Proteins: Struct. Funct. Genet. 15, 266-282 (1993).
6. B. Honig, K. Sharp, A.-S. Yang, J. Phys. Chem. 97, 1101-1109 (1993).
7. st ed.; Springer Series in Molecular Biology; Springer-Verlag: New York, 1985.
8. M. K. Gilson, J. A. Given, B. L. Bush, J. A. McCammon, Biophys. J. 72, 1047-1069 (1997).
9. R. Luo, M. S. Head, J. A. Given, M. K. Gilson, Biophys. Chem. 78, 183-193 (1999).
10. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 4, 187-217 (1983).
11. K. A. Sharp, A. Nicholls, R. Friedman, B. Honig, Biochemistry 30, 101-1109 (1991).
12. D. Sitkoff, K. A. Sharp, B. Honig, J. Phys. Chem. 98, 1978-1988 (1994).
13. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc. 112, 6127-6129 (1990).
14. D. Qiu, P. S. Shenkin, F. P. Hollinger, W. C. Still, J. Phys. Chem. A. 101, 3005-3014 (1997).
15. M. K. Gilson, B. Honig, Proteins: Struct. Funct. Genet. 4, 7-18 (1988).
16. M. K. Gilson, B. Honig, J. Computer-Aided Drug Design 5, 5 (1991).
17. L. David, R. Luo, M. S. Head, M. K. Gilson, J. Phys. Chem. B 103, 1031 (1999).
18. S. Marqusee, R. L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 84, 8898-8902 (1987).
19. B. M. P. Huyghes-Despointes, R. L. Baldwin, Biochemistry 36, 1965-1970 (1997)
20. P. C. Lyu, P. J. Gans, N. R. Kallenbach, J. Mol. Biol. 223, 343-350 (1992).
21. J. P. Schneider, J. D. Lear, W. F. DeGrado, J. Am. Chem. Soc. 119, 5742-5743 (1997).
22. C. D. Waldburger, J. F. Schildbach, R. T. Sauer, Nat. Struct. Biol. 2, 122-128 (1995).
23. R. Luo, L. David, H. Hung, J. Devaney, and M. K. Gilson, J. Phys. Chem. B. 103, 727-736 (1999).
24. B. Springs, P. Haake, Bioorg. Chem. 6, 181-190 (1977).
25. J. S. Binford, Jr., D. M. Holloway, J. Mol. Biol. 31, 91-99 (1968).
26. Y. Kyogoku, R. C. Lord, A. Rich, Biochim. Biophys. Acta 179, 10-17 (1969).
27. P. Carmona, M. Molina, A. Lasagabaster, R. Excobar, A. B. Altabef, J. Phys. Chem. 97, 9519-9524 (1993).
28. S. E. Krikorian, J. Phys. Chem. 86, 1875-1881 (1982).
29. F. Stoeckli, D. Huguenin, J. Chem. Soc. Faraday Trans. 88, 737 (1992).
30. E. A. Muller, L. F. Rull, L. F. Vega, K. E. Gubbins, J. Phys. Chem. 100, 1189 (1996).
31. M. A. Natal-Santiago, J. M. Hill, J. A. Dumesic, J. Molec. Catal. A. Chem. 140, 199 (1999).
32. A. J. Glemza, J. A. Koehler, B. J. Brune, G. F. Payne, Ind. Eng. Chem. Res. 37, 3685 (1998).
33. K. L. Mardis, A. J. Glemza, B. J. Brune, G. F. Payne, and M. K. Gilson, J. Phys. Chem. B. 103, 9879 (1999).
34. A. J. Glemza, K. L. Mardis, A. A. Chaudhry, M. K. Gilson, G. F. Payne, Ind. Eng. Chem. Res. accepted.
35. Y. Kiso, Biopolymer 40, 235 (1996).
36. E. T. Baldwin, T. N. Bhat, S. Gulnik, B. Liu, I. A. Topol, Y. Kiso, T. Mimoto, H. Mitsuya, J. W. Erickson, Structure 3, 581-590 (1995).
37. Y. Ohno, Y. Kiso, Y. Kobayashi, Bioorg. Med. Chem. 4, 1565 (1996).
38. M. A. Murcko, B. Govinda Rao, R. Gomperts, J. Comput. Chem. 18, 1151 (1997).
39. P. Y. S. Lam, Y. Ru, P. K. Jadhav, P. E. Aldrich, G. V. DeLucca, C. J. Eyermann, C-H. Chang, G. Emmet, E. R. Holler, W. F. Daneker, L. Li, P. N. Confalone, R. J. McHugh, Q. Han, R. Li, J. A. Markwalder, S. P. Seitz, T. R. Sharpe, L. T. Bacheler, M. M. Rayner, R. M. Klabe, L. Shum, D. L. Winslow, D. M. Kornhauser, D. A. Jackson, S. Erickson-Viitanen, C. N. Hodge, J. Med. Chem. 39, 3514-3525 (1996).