Combined Quantum and Molecular Mechanics (QM/MM) Study of the Ionization State of 8-Methylpterin Substrate Bound to Dihydrofolate Reductase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 18, 2000, Pages 4503-4510

  Cummins, Peter L ^a   Gready, Jill E ^a  

^a Biology and Environment   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001685622     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp993153l     Document Type: Article

References (53)

1. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1998, 19, 977.
2. Cummins, P. L.; Gready, J. E. ACS Symp. Ser. 1998, 712, 250.
3. Thibault, V.; Koen, M. J.; Gready, J. E. Biochemistry 1989, 28, 6042.
4. Ivery, M. T. G.; Gready, J. E. Biochemistry 1995, 34, 3724.
5. Gready, J. E. Biochemistry 1985, 24, 4, 4761.
6. Cummins, P. L.; Gready, J. E. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 15, 426.
7. Jeong, S.-S.; Gready, J. E. Biochemistry 1995, 34, 3734.
8. Zheng, Y.-J.; Ornstein, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11237.
9. Barril, X.; Aleman, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1998, 32, 67.
10. Ivery, M. T. G.; Gready, J. E. J. Med. Chem. 1994, 37, 4211.
11. Blakley, R. L.; Appleman, J. R.; Freisheim, J. H.; Jablonsky, M. J. Arch. Biochem. Biophys. 1993, 306, 501.
12. Chen, Y.-Q.; Kraut, J.; Callender, R. Biophys. J. 1997, 72, 936.
13. Cannon, W. R.; Garrison, B. J.; Benkovic, S. J. J. Mol. Biol. 1997, 271, 656.
14. Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 154.
15. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 1989, 22, 184.
16. Stanton, R. V.; Perakyla, M.; Bakowies, D.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3448.
17. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, version A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
18. Hwang, J.-K.; King, G.; Creighton, S.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 5297.
19. Mezei, M.; Beveridge, D. L. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1986, 482, 1.
20. Muller, R. P.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17516.
21. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
22. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899.
23. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221.
24. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. K. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
25. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
26. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
27. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
28. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1496.
29. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1028.
30. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
31. Lee, F. S.; Chu, Z. T.; Bolger, M. B.; Warshel, A. Protein Eng. 1992, 5, 215.
32. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J.-E. Protein Eng. 1994, 7, 385.
33. Eichler, U.; Kolmel, C. M.; Sauer, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 463.
34. Gao, J. L.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. 1998, 102, 4714.
35. Zhang, Y. K.; Lee, T. S.; Yang, W. T. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46.
36. McTigue, M. A.; Davies, J. F.; Kaufman, B. T.; Kraut, J. Biochemistry 1992, 31, 7264.
37. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1598.
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
39. Åqvist, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1587.
40. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1977, 34, 1311.
41. Cummins, P. L. Molecular Orbital Programs for Simulations, 1996.
42. Dannenberg, J. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1997, 401, 279.
43. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
44. Hendsch, Z. S.; Sindelar, C. V.; Tidor, B. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4404.
45. Warshel, A.; Russell, S. T. Q. Rev. Biophys. 1984, 17, 283.
46. Warshel, A.; Papazyan, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 211.
47. Jeong, S.-S.; Gready, J. E. Eur. J. Biochem. 1994, 221, 1055.
48. Cocco, L.; Groff, J. P.; Temple, C., Jr.; Montgomery, J. A.; London, R. E.; Matwiyoff, N. A.; Blakely, R. L. Biochemistry 1981, 20, 3972.
49. Cocco, L.; Roth, B.; Temple, C., Jr.; Montgomery, J. A.; London, R. E.; Blakely, R. L. Arch. Biochem. Biophys. 1983, 226, 567.
50. London, R. E.; Howell, E. E.; Warren, M. S.; Kraut, J.; Blakely, R. L. Biochemistry 1986, 25, 7229.
51. Stone, S. R.; Morrison, J. F. Biochim. Biophys. Acta 1983, 745, 247.
52. Stewart, J. J. P. Int. J. Quantum Chem. 1996, 58, 133.
53. Stewart, J. J. P. MOPAC2000, 1999, Fujitsu Limited, Tokyo, Japan.